RNA id: TCONS_00019517


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00019517
length 118
RNA type rRNA
GC content 0.50
exon number 1
gene id XLOC_009755
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 12300169 ~ 12300286 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTAGATGGCCATATTACCCTGCAGCTCAAAGATTGGTTACTCaccgaagctaagcagggctgagcctggtcagtacctggatgtgagaccacatgggaaagctaggttgcagttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000116381

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019512 lncRNA upstream 54045 12243583 ~ 12246124 (+) True XLOC_009752
TCONS_00021898 lncRNA upstream 160833 12117631 ~ 12139336 (+) True XLOC_009751
TCONS_00021897 lncRNA upstream 181643 12117631 ~ 12118526 (+) False XLOC_009751
TCONS_00019501 lncRNA upstream 590671 11708510 ~ 11709498 (+) True XLOC_009744
TCONS_00021687 lncRNA upstream 716291 11580652 ~ 11583878 (+) True XLOC_009737
TCONS_00019528 lncRNA downstream 440626 12740912 ~ 12744284 (+) False XLOC_009761
TCONS_00019529 lncRNA downstream 446932 12747218 ~ 12748918 (+) True XLOC_009761
TCONS_00021899 lncRNA downstream 662674 12962960 ~ 12963877 (+) True XLOC_009764
TCONS_00021688 lncRNA downstream 811978 13112264 ~ 13115609 (+) True XLOC_009765
TCONS_00021900 lncRNA downstream 868586 13168872 ~ 13172698 (+) True XLOC_009766
TCONS_00019516 mRNA upstream 5701 12286148 ~ 12294468 (+) True XLOC_009754
TCONS_00019515 mRNA upstream 5706 12281032 ~ 12294463 (+) False XLOC_009754
TCONS_00019514 mRNA upstream 23944 12267672 ~ 12276225 (+) True XLOC_009753
TCONS_00019513 mRNA upstream 23973 12265158 ~ 12276196 (+) False XLOC_009753
TCONS_00019510 mRNA upstream 45175 12240605 ~ 12254994 (+) False XLOC_009752
TCONS_00019519 mRNA downstream 217249 12517535 ~ 12560722 (+) False XLOC_009757
TCONS_00019520 mRNA downstream 221586 12521872 ~ 12560342 (+) True XLOC_009757
TCONS_00019521 mRNA downstream 311076 12611362 ~ 12617155 (+) True XLOC_009758
TCONS_00019523 mRNA downstream 332142 12632428 ~ 12639753 (+) False XLOC_009759
TCONS_00019522 mRNA downstream 332142 12632428 ~ 12639753 (+) True XLOC_009759
TCONS_00019511 other upstream 54273 12241490 ~ 12245896 (+) False XLOC_009752
TCONS_00019500 other upstream 596832 11700646 ~ 11703337 (+) False XLOC_009744
TCONS_00019483 other upstream 1009286 11242560 ~ 11290883 (+) False XLOC_009731
TCONS_00019473 other upstream 1443760 10841164 ~ 10856409 (+) False XLOC_009727
TCONS_00019457 other upstream 1975504 10324549 ~ 10324665 (+) True XLOC_009715
TCONS_00019518 other downstream 80444 12380730 ~ 12380846 (+) True XLOC_009756
TCONS_00019534 other downstream 1124262 13424548 ~ 13441633 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019535 other downstream 1124265 13424551 ~ 13441595 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019585 other downstream 3565938 15866224 ~ 15867165 (+) True XLOC_009800
TCONS_00019587 other downstream 3854038 16154324 ~ 16154458 (+) True XLOC_009803