RNA id: TCONS_00021690


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021690
length 275
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_009777
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 13950017 ~ 13954147 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTGACCCCTATTACTTGAATTCACTCCCTCACagtcagatagaaccttttaatcatttaaagacAAATTAATTATAGCAGTAAGTGATCTTTATATAGACAAAATATTTGCTTCATTCACTCAGCTTAGAGAAAAGTTTGGGTTACCTACCCTTCAGTGTATCAGGTGTTGTTTTATTAGCACTAATCTCCAATACTGTACAAGGAAGACCATagggtttaaatttttttgtttgtgtgcgcAAGAAATGGGCAGGGCTTAAGTTCCATATCGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021902 lncRNA upstream 4441 13942073 ~ 13945576 (+) True XLOC_009776
TCONS_00019547 lncRNA upstream 91188 13857574 ~ 13858829 (+) True XLOC_009772
TCONS_00019546 lncRNA upstream 93451 13855732 ~ 13856566 (+) False XLOC_009772
TCONS_00021901 lncRNA upstream 335829 13612654 ~ 13614188 (+) True XLOC_009769
TCONS_00021689 lncRNA upstream 448052 13499361 ~ 13501965 (+) True XLOC_009768
TCONS_00019559 lncRNA downstream 56025 14010172 ~ 14011596 (+) False XLOC_009779
TCONS_00021903 lncRNA downstream 134224 14088371 ~ 14091845 (+) True XLOC_009781
TCONS_00021904 lncRNA downstream 199843 14153990 ~ 14158725 (+) True XLOC_009782
TCONS_00019567 lncRNA downstream 254969 14209116 ~ 14212495 (+) True XLOC_009783
TCONS_00019569 lncRNA downstream 262636 14216783 ~ 14220351 (+) True XLOC_009784
TCONS_00019551 mRNA upstream 44384 13898399 ~ 13905633 (+) False XLOC_009775
TCONS_00019552 mRNA upstream 44485 13902371 ~ 13905532 (+) True XLOC_009775
TCONS_00019549 mRNA upstream 61312 13883872 ~ 13888705 (+) False XLOC_009774
TCONS_00019550 mRNA upstream 61318 13883982 ~ 13888699 (+) True XLOC_009774
TCONS_00019548 mRNA upstream 79118 13860299 ~ 13870899 (+) True XLOC_009773
TCONS_00019553 mRNA downstream 11776 13965923 ~ 13976935 (+) True XLOC_009778
TCONS_00019554 mRNA downstream 39138 13993285 ~ 14003475 (+) False XLOC_009779
TCONS_00019555 mRNA downstream 39204 13993351 ~ 14022175 (+) False XLOC_009779
TCONS_00019556 mRNA downstream 48797 14002944 ~ 14005010 (+) False XLOC_009779
TCONS_00019557 mRNA downstream 55873 14010020 ~ 14025096 (+) False XLOC_009779
TCONS_00019534 other upstream 508384 13424548 ~ 13441633 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019535 other upstream 508422 13424551 ~ 13441595 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019518 other upstream 1569171 12380730 ~ 12380846 (+) True XLOC_009756
TCONS_00019517 other upstream 1649731 12300169 ~ 12300286 (+) True XLOC_009755
TCONS_00019511 other upstream 1704121 12241490 ~ 12245896 (+) False XLOC_009752
TCONS_00019585 other downstream 1912077 15866224 ~ 15867165 (+) True XLOC_009800
TCONS_00019587 other downstream 2200177 16154324 ~ 16154458 (+) True XLOC_009803
TCONS_00019609 other downstream 3562801 17516948 ~ 17517082 (+) True XLOC_009816
TCONS_00019610 other downstream 3616663 17570810 ~ 17570934 (+) True XLOC_009818
TCONS_00019630 other downstream 5111198 19065345 ~ 19128471 (+) False XLOC_009830