RNA id: TCONS_00019554


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00019554
length 667
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_009779
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 13993285 ~ 14025096 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTCGTTTGCGTATATTAGTTTCGAGTGtctgtgtttataaatatgtaaaacttTCTGTTAAAAGTTAAAGCATCTACACATCTTCCATTTCATCACACCAGAGCTTGAAACACTTCGGCAGGCAACAAGAAAGCCATGAGCTCTGCAATCTCAAAATCTACTCAGAGCCTCTCTACTGCTAAGGACATGAGGGAGCAAACCGAAATAATAATGCATCCCTATGTCAACTGGGGAAAGTATCTGATTCCGGGGCCTCTATCTATAGCCATTCTAGGAGAGCTGGTTTTCATCTCATCCTCAACAGATTTCTCTATCAATAAAAATCCTCCTAAAGAGGGTTACAAATTCATCAAATACCCTGATTCTTTCCGTGCTTGCCTCATGCAAGTGTGCAACACTGGTTGGTGGGCATTTAATGAAGCCCATACGAGCATGGATCAGATCCGTCTTTATACGGCCCAAGTTCCCGATTACATGAAGAATGCTGTGAAGATTCTGTTCCAAGATGATGATGAAATTGTCAAAGCGCTTCTTCCTAATCAGATGGACAATATCAGAGATATCGCAGATGAATGTTTGACTTTGTCTGCTGCTACTGAAAAGAGTTTTGGTAATGTCATCAATATCATCCAAGAGCTGCTGGAAGCTTGTATGAATGCAAACCGCT

Function

GO:

id name namespace
GO:0005575 cellular_component cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050809-100 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000139130

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021690 lncRNA upstream 39138 13950017 ~ 13954147 (+) True XLOC_009777
TCONS_00021902 lncRNA upstream 47709 13942073 ~ 13945576 (+) True XLOC_009776
TCONS_00019547 lncRNA upstream 134456 13857574 ~ 13858829 (+) True XLOC_009772
TCONS_00019546 lncRNA upstream 136719 13855732 ~ 13856566 (+) False XLOC_009772
TCONS_00021901 lncRNA upstream 379097 13612654 ~ 13614188 (+) True XLOC_009769
TCONS_00019559 lncRNA downstream 6697 14010172 ~ 14011596 (+) False XLOC_009779
TCONS_00021903 lncRNA downstream 84896 14088371 ~ 14091845 (+) True XLOC_009781
TCONS_00021904 lncRNA downstream 150515 14153990 ~ 14158725 (+) True XLOC_009782
TCONS_00019567 lncRNA downstream 205641 14209116 ~ 14212495 (+) True XLOC_009783
TCONS_00019569 lncRNA downstream 213308 14216783 ~ 14220351 (+) True XLOC_009784
TCONS_00019553 mRNA upstream 16350 13965923 ~ 13976935 (+) True XLOC_009778
TCONS_00019551 mRNA upstream 87652 13898399 ~ 13905633 (+) False XLOC_009775
TCONS_00019552 mRNA upstream 87753 13902371 ~ 13905532 (+) True XLOC_009775
TCONS_00019549 mRNA upstream 104580 13883872 ~ 13888705 (+) False XLOC_009774
TCONS_00019550 mRNA upstream 104586 13883982 ~ 13888699 (+) True XLOC_009774
TCONS_00019557 mRNA downstream 6545 14010020 ~ 14025096 (+) False XLOC_009779
TCONS_00019558 mRNA downstream 6551 14010026 ~ 14023131 (+) False XLOC_009779
TCONS_00019560 mRNA downstream 6767 14010242 ~ 14022138 (+) True XLOC_009779
TCONS_00019561 mRNA downstream 25808 14029283 ~ 14055309 (+) False XLOC_009780
TCONS_00019562 mRNA downstream 25928 14029403 ~ 14050929 (+) False XLOC_009780
TCONS_00019534 other upstream 551652 13424548 ~ 13441633 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019535 other upstream 551690 13424551 ~ 13441595 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019518 other upstream 1612439 12380730 ~ 12380846 (+) True XLOC_009756
TCONS_00019517 other upstream 1692999 12300169 ~ 12300286 (+) True XLOC_009755
TCONS_00019511 other upstream 1747389 12241490 ~ 12245896 (+) False XLOC_009752
TCONS_00019585 other downstream 1862749 15866224 ~ 15867165 (+) True XLOC_009800
TCONS_00019587 other downstream 2150849 16154324 ~ 16154458 (+) True XLOC_009803
TCONS_00019609 other downstream 3513473 17516948 ~ 17517082 (+) True XLOC_009816
TCONS_00019610 other downstream 3567335 17570810 ~ 17570934 (+) True XLOC_009818
TCONS_00019630 other downstream 5061870 19065345 ~ 19128471 (+) False XLOC_009830

Expression Profile

//