RNA id: TCONS_00021695


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021695
length 246
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_009792
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 14638045 ~ 14638290 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAAGAGTTTATCTTTTAATGGTGGGATTAGTGTTTGGCTGTAGCAATTATAAAACGATATGATGCTTCTATTTAGCTAGCTAAACTCTTTGGGCTTATGATGTCATTTGCCATATTGGATCAACAGCAGTGCTAAAGCACATATGATGCCTGCGTCTTGACTGTTATTTCAGTTAGTGAATACACATAAAAGGGATGTTTACATACCATAACACTATCTACTCAGATCTTGCATGGATGTTGTTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021694 lncRNA upstream 15280 14622524 ~ 14622765 (+) True XLOC_009791
TCONS_00019572 lncRNA upstream 129845 14479551 ~ 14508200 (+) False XLOC_009789
TCONS_00019573 lncRNA upstream 129845 14505804 ~ 14508200 (+) True XLOC_009789
TCONS_00019571 lncRNA upstream 153678 14479160 ~ 14484367 (+) True XLOC_009788
TCONS_00021693 lncRNA upstream 156244 14474856 ~ 14481801 (+) True XLOC_009787
TCONS_00021696 lncRNA downstream 2709 14640999 ~ 14641398 (+) True XLOC_009793
TCONS_00021697 lncRNA downstream 259681 14897971 ~ 14898281 (+) True XLOC_009795
TCONS_00021905 lncRNA downstream 502612 15140902 ~ 15143506 (+) True XLOC_009796
TCONS_00021698 lncRNA downstream 693572 15331862 ~ 15332147 (+) True XLOC_009797
TCONS_00021906 lncRNA downstream 731402 15369692 ~ 15371261 (+) True XLOC_009798
TCONS_00019576 mRNA upstream 35626 14588149 ~ 14602419 (+) True XLOC_009790
TCONS_00019570 mRNA upstream 357445 14249546 ~ 14280600 (+) True XLOC_009785
TCONS_00019568 mRNA upstream 406733 14216581 ~ 14231312 (+) False XLOC_009784
TCONS_00019566 mRNA upstream 422428 14201401 ~ 14215617 (+) False XLOC_009783
TCONS_00019565 mRNA upstream 549262 14078751 ~ 14088783 (+) False XLOC_009781
TCONS_00019577 mRNA downstream 46626 14684916 ~ 14744309 (+) False XLOC_009794
TCONS_00019578 mRNA downstream 69670 14707960 ~ 14800345 (+) False XLOC_009794
TCONS_00019579 mRNA downstream 72146 14710436 ~ 15048525 (+) False XLOC_009794
TCONS_00019580 mRNA downstream 174295 14812585 ~ 15050842 (+) True XLOC_009794
TCONS_00019581 mRNA downstream 459473 15097763 ~ 15147228 (+) False XLOC_009796
TCONS_00019534 other upstream 1196412 13424548 ~ 13441633 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019535 other upstream 1196450 13424551 ~ 13441595 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019518 other upstream 2257199 12380730 ~ 12380846 (+) True XLOC_009756
TCONS_00019517 other upstream 2337759 12300169 ~ 12300286 (+) True XLOC_009755
TCONS_00019511 other upstream 2392149 12241490 ~ 12245896 (+) False XLOC_009752
TCONS_00019585 other downstream 1227934 15866224 ~ 15867165 (+) True XLOC_009800
TCONS_00019587 other downstream 1516034 16154324 ~ 16154458 (+) True XLOC_009803
TCONS_00019609 other downstream 2878658 17516948 ~ 17517082 (+) True XLOC_009816
TCONS_00019610 other downstream 2932520 17570810 ~ 17570934 (+) True XLOC_009818
TCONS_00019630 other downstream 4427055 19065345 ~ 19128471 (+) False XLOC_009830