RNA id: TU493332



Basic Information


Item Value
RNA id TU493332
length 9502
lncRNA type sense_over
GC content 0.38
exon number 1
gene id CI01000304_18356754_18371739
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000304
NCBI id null
chromosome length 18613800
location 18349995 ~ 18373932 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


GTACACTCATTTCATCAAGCAAGACGAAGTGGGAACCTTCTAAATGGCATCCATTGGATTAATACAGTATGTCTTTGCTTTTTCCACTTTTTAATACATAAATTCAAGAGATAGATGCAGTAGCCCACAGATGATTCAGAGTCATACAGATAATTGATGTTTCCTGTTCCTCCAGGATGGGACAGGCTGTCAGTTTCATTGTCATTTACTGTGTTGTTCATATCTGCTGTTGGACAGAAGACATGCAGCATATTTTTAGTAATATAATACACCATCACTAAACTGACAGCAGGAACCACCACAGAAACCACCCAGTATCTCTTTCAACTAACAACAGTATGATGTCAAATCGTCTTGTGTTTTATCATCACTGCTGCATATCAGTCTGTTTTCCCCTGAGACGCTTGTGATGGCTGTTTATAATCAGACTGCATTGGATATTTGGGAAAAAAACTGCAGGGATTGGTCGCAATGGTTGACTAGTCGACTGGTTTATCTAGAATTTCTTTTTATTTATCTTTTTATCTTTTTTATATTTATCTCTGATATTTTTTGTAACAGTGTTTTAATTAGTGTGTTGACAGCTGTTGCATCTTTAATTCTTTTCTATATTTAGACTAATTTAATTGTTCAGTCAACACAATAACTAGTTGACTTTGAAAATGTAGTTCTGAACATGCCTAGAAAGCAGGAAACCAGTATATTCAAATTGAACCACATTTAGAGAACAATAATTGTTTGTTCTTTGGGTTATATATAACATGAGATTTCGGCTGTTAGAATGAGAAGTTCATTTCCTATGATCTGTCATCCAAGTTTAATTTAGCTTCCTGAATCATTGAGGATTAAAGGGATTTTTAGAGGGCCAAGACATAAATAGTGTGAAATGGAATTTCTAAACTGTAGTGTACAGCACCAGTGTTGTTGGTTTCTGGATACAGTGGCCTTTCTAATAATCAGCACTGATGTCACTTCCTAAAAACTGGAGAAGTGGTTGATGCGGGCTATATTTGGAATGCTAGCTCACTACTTCCTAAAAACGTCAAAGTTTATACTGTATAATGCATACTGTTTTTAAAAAGGAAGTGAAACAGTAAAAGTATTGGTAACACTTTATTTTAGAGTCTTTTAACTAGTTGCTTAGACTGGACATTTAAAAGTCATTTAATGCTTTGGAGTACAGGAGAATATTGCAGAAATATCCCACAAATGAAAAGTTGTTTTCTAAAGAGGAATGATCAGATGTTATTTTTCAACAAGACAATGCTCCTGCCCAAATTGCAAAGACAACCAAGAAGTGGTTTGACAACAAGTCCATCAGGCTCATGTCTTGGCCTGGTCAGAGTCCAGATTTGAACACTATAGTGGATATTTGGTCTAACTCAAATGAACTGGGAGACATTTTTCAACTACTTATGAACAGTTTGAAGCCATTTACATTGAGTGGAACAACACTGACTCTTCTTCTTGTAAAAAGCTGTCTGCAAGTTGGTGAAGGCTATTCCGTGCTAAGTTACTTTAAGTATCTACAGTATCTGTGCAATTCTTGCTAATTTCCTGACCAGTGATTTGTGATTTAAAATGGTTAAGACCATTAAAAGACCACAAATTGTTTTTCTTCCCATTTTTGGCTAGGCTCTTTTTTTTTCTTCCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTGCCCAGAAGTGTAGTCGTAGACAAGAATCCAGATTGAGTGGTTCCAGACCTACTAGTTGAACAGTTTTTATACACTACCGTTAAAAGGTTTTGGATCAATACGTTTTTGAAAGTCTTTTATGCTCACAAAGACTGCATTCATTTGATCAAAAATTCAGTAAAAACAGTAATATTTTTTTTTATTTTATTATATTGTTATATTATTACAATTTAAAATAACTGTTTTCTATTTTAATATATTTTAAAATGTAATTTGTTTCTGTGATCTGTCAGAACAGTTGTTCGGAACAGTCGTACCATTTAGTATTTAATATTTGTGTGGAAAGAGTGATGCAGTTTTTTTACTAGATTTTTTGATGAATAGAAAGTTCAAAAGAACAGCATTTATTTGAAGTAGAAATATTTTGTAACATAAATATCTTTTGATCAATTTAATGCATCTATGCTGCTATTCAGCTATTCTTGCAGACCCCAAATTTTTAACTCTAGTGTATGCTTATATAGCATCTTTGGCCAGATAATGTTACTGTGAAGCTCATATTTATGAAGTATGTATGTGGTTGTAGAGCCTTGTATGTCATAAAGCGACTTTAAGAAATGGATTACGTCCAAATAGCTTGTCTCAGATAATTTAGTATTTTAGAAATGTGATTAATCCATTTGAAAACGCAGAATTCCTTGTTTGGGAATGTCCACAAGAATTGTTGAGTATCTGGCAGCAGACATTTCTTTGGCATTCAAAACTCAAGAATAGGTTTTCCTATGAAGTATGCTTCCAAAATTTGGGTTTAAAAGCTTTTGTTCTCATTTTTCAGTGGCGTGTTGAAGCTATGCAGTTTACAGCCTCATATGTCTGTCCGGCGTCTTGTGTTGGTGGGTCTCCAGCATGAACGCCTGCAGTCTGTGAGGCCCAGTGTTCATGAAGTATTTTAGTCTGGCCTGAAAGCCCCTGTAAGCACACATAGGCCCCACAGCAATGCAGCCAACATGGTGAAAGGGACTTAACTGCTATCAATTAAGCACAGACAAATGAGCAGTGAAATAAATGAGGATTCAATGGGCAAGCGTAAGAGTCTCCGTCATTGATTCCCCTCTCACACGACGACAGGGTTGGAACGAGCTTAGCGTGGCCCCTCTAAAGCTTGAAAAGACGCGGCTCCTCTACCCAAGGCTTAAGTCCACTTCAGCCCCCTTTAGTCGGGTGTCAGCTGTCTTTCTCTGTCAGCCAAACCTTCATGCAGCTTACATCTGAATTCTGCTTAGGCTTTTAGGATTTAATTTATAGAAAACAGCAGTTGAAACTCTTTAAGGGATAGTTCACACAAAGATGAAAACTCACTTTTAATATAACAAAAGTCAGTGAGGACAGAGACTGTCAAGGTTCAAAAAAGATGCAAGAAGTATAAAAGTAGTCCATATGACTCTTGTGGTATATTCCACATCTTCTTAAGTCATATGATATGCTTTATGTGAAGAACAGACTAAAATTTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATTATTTACTCACCCTCATGTCGTCCTGAACCCGTAAGACTTTCATTCATCTTTAGAACATAAATGAAGATATTTTTAATAAAATCTGAGCAATTTCTGTCCCTCCATTGACAAAAAGCCGCTTCAAAAAGTTCATAAAGAGATCGTAAAACTAATCCATATGAATTGAGCGGTTTAGTCCAAATTTTCTGAAGAGACACGATGGCTTTATATGAACAGATGTAATTTAGGCTTTTATTCACATATAAACATCATTGGTTCTTATGGAAGCTCAAATGTGCTGCGTAACACAAGAATGAACCTCATTGGTTCTCGCACGTCAAGCAAACATGCTTGAGCTTCTGTTTACCACAACTGATGTGTGAGGTGATGAATGTTTATATGTGAGTAAAAGCCTAAATTCAATCTGTTCAGCGTATAAAGCAATCGTGTATCTTCAGAAAATTTGGACTAAACCGATCAATTCATATGGATTAGTCAGAATTTGCATTTTTGGGTGAACTAATTAAGTTGTTATTCACTAATAATGTTCCCTTCCAGTGAACTGCTGTGACTGGATCGAGTCAATGAGTTGAATTTGAGAACTGGTTCATGGATGAATCATTCAGATTACTTCTGTGAACTAGATCAACTGATTCGTTGAAAAAAATCGGACTCAAAACAATGATTCATTCATGAATCAAACATCACTACTTGAACTCGGTGATTTAACAACTTCAGTTTCCGTTTGTTGTTCAAACAAAGCTATCATATGACTTCCGAACACTATGCGAGTTATATGAAGCATTTTTATGGTACTTTTTTTTTGGTAATTTTGGAGCTTGACATCCCCGGTCCTCATTTTTTTCATTAAATTCAGAAGAGTGTCCTGGATGTTCTTCAAAAATTCATATTGTCTTCCACAGATGAAAGATAGTAATTCGAGATTGGATTGGCCTGAGGGTGAGTAAATAATTTAAATTTTTGGGTGAACTTTGGGTACGTTGAATTGGAGGGAAAGCCAGTCGTTTTGTTTTCCATACTTTCCTGTTTAAACTGACAGAGGGAGTCGAGCTGCTTTTATTTTAGGAGGGATTTTTCCGCCTTCACCTCTGCTCTCGGATGACTCTTCCAGATGTAGCGGCGCGAACCCGGCTTGAAATCCTGCTGGTTCAGCAAAACCAAGTCCAGCTGGCAGCCGAGTCGAGCTGCAACTCGTTGGTTACAGCTGTGCTTAGATTTATGCGATGGCTGAACAAATAAATTAGTGGATTTGATCGGGAGAAAGCTGAAGCTTTTGTTTCAGTGAGGCGTGGGTCCACAGAAAGGCAGAGAACACCAGTGTCCTGAAAGGTTTTCTTTGTCATTTCAAACGATGAACTGTTGTTGCAACATTCTCATTTGAGGTTTCGGCAAATCGCCATAAACAGACTTTATGATTTTGTTTATGTGCACAATCTTACACCGATTATGCTCAAAAAGCTGAAAACATCATGACTGTCTAAAAAATCTTCTTGCTTGTAAATGATTTGAACAGCACACCTAGATTTCTGTTACCGCTGTTTTGCTCTATATGTACAGACGTTTATTGCCATTCTGTCAGCTTATTCAATGTGCATATATGTTTACATTTTGGTGTCAAGACAAACTTATAATTTCTTGTGTAAACATGGTTTTCTTGCGTTGTTGGGTTGCTATAATGAGTAAATTTTTTAACATTATCAGCATTTTGCTGCACTTATCGTAAACATTATGCTCAAAGCTCAAATTACTTCTGATGTAAACAAATGTGTACGAAACTGCTTTGTGTTCAAAAATGTATTG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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU493336 lncRNA downstream 1557 18349995 ~ 18357526 (-) True CI01000304_18356754_18371739
TU493352 lncRNA downstream 27051 18331736 ~ 18332032 (-) True G429697
TU493158 lncRNA downstream 67334 18291504 ~ 18291749 (-) True G429525
TU493020 lncRNA downstream 124480 18232712 ~ 18234603 (-) True G429396
TU493002 lncRNA downstream 323096 18035487 ~ 18035987 (-) True G429381
TU493334 lncRNA upstream 1089 18405891 ~ 18406249 (-) True G429679
TU493341 lncRNA upstream 12371 18380955 ~ 18387866 (-) True G429686
TU493360 lncRNA upstream 44300 18412884 ~ 18413096 (-) True G429705
TU493343 lncRNA upstream 97195 18465779 ~ 18476268 (-) True G429688
TU493365 lncRNA upstream 157497 18526081 ~ 18526328 (-) True G429710
CI01000304_18343532_18348936.mRNA mRNA downstream 9450 18343281 ~ 18349633 (-) False CI01000304_18343532_18348936
CI01000304_18021327_18022049.mRNA mRNA downstream 336974 18021051 ~ 18022109 (-) True CI01000304_18021327_18022049
CI01000304_18018841_18019759.mRNA mRNA downstream 338589 18018841 ~ 18020494 (-) True CI01000304_18018841_18019759
CI01000304_18010568_18011800.mRNA mRNA downstream 347249 18010254 ~ 18011834 (-) True CI01000304_18010568_18011800
CI01000304_18007357_18007779.mRNA mRNA downstream 351061 18007055 ~ 18008022 (-) True CI01000304_18007357_18007779
CI01000304_18419836_18444486.mRNA mRNA upstream 50490 18419074 ~ 18444486 (-) True CI01000304_18419836_18444486
CI01000304_18456463_18461381.mRNA mRNA upstream 87777 18456361 ~ 18461381 (-) True CI01000304_18456463_18461381
CI01000304_18481215_18483117.mRNA mRNA upstream 112540 18481124 ~ 18484668 (-) True CI01000304_18481215_18483117
CI01000304_18541563_18569559.mRNA mRNA upstream 172694 18541278 ~ 18569559 (-) True CI01000304_18541563_18569559
TU493132 other downstream 120764 18237719 ~ 18238319 (-) True G429499
TU492948 other downstream 434399 17923863 ~ 17924684 (-) True G429331
TU492202 other downstream 1491845 16867107 ~ 16867238 (-) True G428668
TU492197 other downstream 1578124 16780110 ~ 16780959 (-) True G428665
TU490768 other downstream 3097678 15258964 ~ 15261405 (-) True G427376
TU493327 other upstream 217858 18586442 ~ 18591856 (-) False G429673
TU493326 other upstream 220742 18589326 ~ 18591856 (-) True G429673

Expression Profile