RNA id: TU480823


Basic Information

Item Value
RNA id TU480823
length 12779
lncRNA type read_through
GC content 0.39
exon number 2
gene id G418590
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000304
NCBI id null
chromosome length 18613800
location 963739 ~ 1020047 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TCCCAGAAGCAGTTCAGCTCATTTTTATTGTACAATCAGTTTCATGGATATTTGTCATGGTGAACATTTATTGTTTTTTTCGAATGCAAGTTTGAATGACAGAATGTTGATTAACAGAGTCTAAGCCTAAATGGCAAAACAACACACAATTATATTATGGAGTGATGAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACACTAAAAATAAGGTTTTGTTGATGTACCCAAAGACTGCAAATATCTCTTATTGTCATTGCTATATTAAAATATAGATTTATAGATGCTAGATTCCATAAGGCCCAGATAATAAATAAATAAATAACAAATAAATAAAGAAAATAAATACAGTAAAACGGGCCACATTTCATGAAAGAGGAAACATAGGGGAAAAGGCCTTCACACACTAGAGCCAGGAGCTTTATAGTGAGCTCTAGGGTTAAAAGTGTTGCCTGTGTAACCAGTTCTTTTGTTTTGCAAGCTGGATAGACTATTAGAGGCTATTTTCAGTAAACCCTTGTGAATACATAAGTTACTGTAGTAATCTGGTGACGCAAACATAACAAAATACTGTACAACAGGTGATTTGTTCTTTAAATGATCACATATATATACATAAACATGATGAGAAATAACAAGACACAAAGGAACACTTTGAATATAATGTAACTTTCTACATGGATAGCAATGGACAAATGTAAAAAAGTGATCTGGACAATAACTAATAAAATAAAATATAGGAATAAAAATGATGTCAGTATCATAAAAGTGGTGCTATAACTTTCCCACAATGCATTGCTTGAAAAGCCAATGAGCATGATCGACAAAGTGAGCCATATATTCAGTCATAAATCAGTAATCAGATATAATGGCTTTCTCATAGAACTAATGTCCGCTATACATGACAGCCATAATATAAAATGATTATGTTTCATTAATAGCTGATCGTACATGATTTGCTTCCTGTGAATTTTTTTCTTTTCTTAATTCTATAGCTTTTGAATTGTCTTGTTTTCAGTTTGCAGCAGCCTCACATCAATATTTTAAATCAAAATGCAAAAATAATTATCAATGTAAAAAAAAAAAACATTCTTGCCAAGTCAGGTTAAATCTAATTTTCAAGGCCAGTCCTGGCGAGCAGCCGCTCTGGACGTCTCTCATATCTGACACAGCTCAGTTCATGGAGCTGATCATCTGAATCAGGTGTGTTAAATATGGGAGACATACAAAATGGACCCGGATCAGGATTGAAAACCACTAGGCTAAGAGACCATAATGCATTTTTACACATTTTAATCAGAATTCAAACATGGAGTGCTGGTGGATTTTTTTTTTTCTTTCAGTCACAAATTATTTATTTTGTTGCCTCAAAGTCGTGAATATATGGCCCAGTGTCATAATGCAGATCTTCTTTTTTCAAACTGAAATTAAAAGGCACCATTGATTATATTTTTTCTGCCATTGAAATACTGTGACCTTAGCTACATGTGAATGGCACTTTTTTCCATGACACAAACACGTTGCACACATTATAAAAGTCTTTGTTTCACTACATCACTAAAATAAAAGTTTAAGTTTTTCTTTTCGCAATACTTAATTATAGAAAATAAAGGTTTAGTGGTGATTTTTTTCTTCAATGCATCTTTCAAACAGCTATAGGATCTTGGTTGGCCATGACGGCCGTCAGTCTGCTCTGCAGGTCGTGTTGCGGCGAGAGGTGCAGTGCGGGGTTAGTTCTGCTGCCCTCCAGCCCGTCCAGAATGACTGACCCAGCAGCCGTGGCCAGAGGGTTCTGTAAGCCGAGAAACGGTGTGTCCTCTCCCACCCGCTCATCCTCTGTCTCGCTCTCTGAGCTGCTGCTCTCTGAGTTACTGCCGCTGACGGGCTCCGGCGCCGTCTGGCCGCTCGACTGAGTTCTTGTACTGCGCTGAGCGGTGGCGCTGGGGCTGTGAAGGGGGGAGGACGGTGCGGCCGCTGCAGCTGTGCTTGTGTACTGCTGTGAACTCTCGTACTCCTCGTGCTCTGCAATGTGCAGAGGGCTGGCCGGAGGGCTGGGCAGGTCCAGGCCGTGATTGTAGTGGGCTGAGTTGCGGAGATTATGGCCCTTCTGGCCCTGGTTTGAACTGGATTTGTCACGCAGGATTGGCGGTGTCCGGAACAGCAGGGGGCGCTCCTCCTCTCCTGAGGGACTGGTTGCCATAGAAGGAACAGAGGTTGCCAGGCTGGAGAGAGGAGCCGACATCTCAGAGGGAGGCGAGGAAGGTGTCTCTGGAGAGAGAAGCCCCATGGGGGACAGACGGGTGGGTGTAGTCATGGCTGAAACATACCTGGCAGAAAAAAAACAGAATCACTTTACAGCAAATATCATAACTACTGCCTCATCAGCAACTGATAAACTGTCTCTTTTCATAGGCTGTGCCCTCCAGAGGTCGCATTTGTTAATTACTGTAAGTTCTTTCTTACTTTGGAATGTAATGCTTACTTTTCTGAAATGAGGCACCCTTGTTGACGTATGTGTCTGACAAATGCGACCTACAGAGGGCACAGCCTTCAAAACAATACAAAGCAATTGTGTTGGAGAAGCTGCTATAAAACTGTACCAAGCTACAAGCCACTCATAATTTACAGTAGTTCAATGAAACATAGTACTCTTTTGTACTACTCTTTGTCATACTCTTTTGAAACATAGTTGGCTATATTACTAAGACTTAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATTAAATACTCACTCTCATGTTGAACAAACCACTTCCGTGCTGCGTAACACACGAGAATGAACCTCATTGGTTCTCGCGTGCATCAAGCAAACATGTTTCAGCTTTCCTTTCGTTTTGAATGTGTGAATAAAAGCCTAAATTCAATCTGTTCATCATATAAAGTAATTGTATCTCTTCAGAAAATTTGGACTAAACCACTCGAATCATATGGATTTTAACCTTTTGAAGCGTCAAAGTGTCAGTTTGCGTAGCTGTCTATGGAGGGACAGAAAGCTCTCAGATTTCATCAAAAAGATCTTCACTTGTGTTCCGAAGATGAACGAAAGTCTTACGGGTTTGGAACGACATGAAGGTGAGTATTTAATGACAGAATTTTCATTTTTTGGTGAACTATTCCTTTAAGGTCTGGGTATACTTTGTTTCTTGTGCTCTGCTCCATTTTGTGCACAGTTGAGTGCACAGGCATTTTAAAGTATGCTCCATGGACACATTTGGTGCATACACACTACCTAGTGCAGTGATTCCCAACTCTGGTCCAAGAGTACCCACAACACATTTTGTCTCCTAATCAAACACACCTGATTCAGTGCATAAGCTCATTAGGCTCCAAGACCTGAAATGGGTGTGTCTGATAATGGAGACATTCAAAATGTGCAGTGTTGAGGGTTCTCCAGGACCAGTGTTGGGAACCACTGATCTTTTTCACTTGTTCGCTGTTGTCCACACACAAGTAGATGGTGGCAGATGCAAGCAGATGGTGTGCGCAGACATGAGTGGACTGTGTTAGCGACAAACATTCGGTCACATGTACTGTCGTGAGATAGAGCGGAACACAAACAAGATTGAATGTATGGTCTGGGCTAAAGGTCTGCAATCCACGGAGCCTGAAACAACAGAGTGCAGATGGGAAAAAAATTGAATTGCTGAGTGCGAGAGGGAAGATTTTGATGTGTGTGCAAGAAGTGGGAGAAAGAAATGACTCGGGGCTCCTGCAAAATATATTTTTTTTTTAAATATCTTAAGATAAAATAAAAGCTACTCAAATAAACAGTATTTTATGTTTTTAAGGCACAGAATGTTATTCATCTATCAAGCAACTAAAATAAATGGTTAACAGGCGTAGAGTTGGATATTCCGATAAGGCAAAGCACCTTTCTTTTGCCTGCTTTGACAATTGCAACAAAGCAAGGTCTGAAGCGTTGTATGTTTGGGAGAACTGGAAAAAATAGCTTACTGCACCAGAGCAAGAGAGAATCTTATGAGAGAGGGGCTGTAAATCTGCTTAGACATCTACATGTGGGCATTTGCGGGCGGGAGCGGACAAAACATTAAAGTTAAGGGCAGATGCAGGAGTAAAAACATTACAAAACACGGGAGTGGGACAGAATCCCGTGGGAGCAGAACTAAAAATTCCATCCTGTGCAGACCTCTACTTTGGGCTGAAGTAGTTAACTACATGAAGTGCTACTCAGTGAATGCTACCTCTCGCTGTAGGGGGAGTCTCTACAGGAGCCCTGGGTTTCTCTGGAGTTCTTCAGGTAATCGTTGAGCTGATGGACGCCTCCAGTAGCATTCAGACGCCCCCTGTGACCGGGTGTTCCATGCCGGCAGTTCTCCAGCGATGACTTCACCAGGACTGCATGACTGTCAGAAACCATGCTGTCTGCTTTCCCATTACTCCAGCTGTGAGAGCGCAAAGCAAAGCCCCTCAACATACATATTATATAGAGATGTGTTGTTCTCAATGTTTATACGTTAAAACAACAGCGACTGTTCCAGACATATTTTCCAATATTCACCATAGCATAAAAAAAAACAAAAAAAACAGAAAACTGAAACCAGCTCTGTGATGCTTGAAAATCAAAAAAATTACAAAGGTAGACTTTGTACTTGTGAGGGAATGATCGTACTACTCATTCCTGTGTACTGTGAAAATCGCTATACAAATAAATATGACTTAATTTGATTCAGATTTCATCTTGACAGTTTCTAGCTAGTAATCTTGTGTGTATGATGCTGTGTGTGATATATGGGATTGTACTGTACCACTGGCTGGAGGAGTGAGTGACAGCAGTGGACGGATGTGTTGATGTTGTGAACTCGGTGGAGAGAGATGTTTCCGCTTCTCTATCTGTCACATGCACGTGAGGAGGGATGGGATTTTTCGGCATGTAATGCTGAAATCAGACAAAAGTTGATTGGTGTATCTATTTTTTTCTTATAGCGTATAATACACTTTTCTGAGGTCAACTTTAACT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU480834 lncRNA downstream 12617 950880 ~ 951122 (-) True G418601
TU480831 lncRNA downstream 29375 934135 ~ 934364 (-) True G418598
TU480814 lncRNA downstream 36956 926504 ~ 926783 (-) True G418584
TU480793 lncRNA downstream 47161 909640 ~ 916578 (-) False G418576
TU480862 lncRNA upstream 610 1020657 ~ 1020941 (-) True G418629
TU480826 lncRNA upstream 152151 1172198 ~ 1172813 (-) True G418593
TU480828 lncRNA upstream 153134 1173181 ~ 1175223 (-) True G418595
TU480880 lncRNA upstream 155720 1175767 ~ 1176008 (-) True G418647
TU480827 lncRNA upstream 157734 1177781 ~ 1178694 (-) True G418594
CI01000304_00877256_00878179.mRNA mRNA downstream 85560 876134 ~ 878179 (-) True CI01000304_00877256_00878179
CI01000304_00862451_00870277.mRNA mRNA downstream 91310 862153 ~ 872429 (-) True CI01000304_00862451_00870277
CI01000304_00852998_00861119.mRNA mRNA downstream 102372 852946 ~ 861367 (-) True CI01000304_00852998_00861119
CI01000304_00843412_00844705.mRNA mRNA downstream 119034 843295 ~ 844705 (-) True CI01000304_00843412_00844705
CI01000304_00748608_00750261.mRNA mRNA downstream 212207 748315 ~ 751532 (-) True CI01000304_00748608_00750261
CI01000304_01030191_01033191.mRNA mRNA upstream 9125 1029172 ~ 1033191 (-) True CI01000304_01030191_01033191
CI01000304_01054942_01133130.mRNA mRNA upstream 34895 1054942 ~ 1133130 (-) True CI01000304_01054942_01133130
CI01000304_01186035_01200177.mRNA mRNA upstream 165814 1185861 ~ 1200808 (-) True CI01000304_01186035_01200177
CI01000304_01216763_01232729.mRNA mRNA upstream 196669 1216716 ~ 1232729 (-) True CI01000304_01216763_01232729
CI01000304_01365055_01365447.mRNA mRNA upstream 344754 1364801 ~ 1365447 (-) False CI01000304_01365055_01365447
TU481692 other upstream 1209337 2229384 ~ 2236106 (-) False G419353
TU481693 other upstream 1209337 2229384 ~ 2236106 (-) False G419353
TU481701 other upstream 1242455 2262502 ~ 2265185 (-) False G419354
TU481700 other upstream 1242691 2262738 ~ 2265340 (-) False G419354
TU481699 other upstream 1243045 2263092 ~ 2265185 (-) False G419354

Expression Profile