RNA id: TU487808



Basic Information


Item Value
RNA id TU487808
length 14343
lncRNA type read_through
GC content 0.36
exon number 3
gene id G424806
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000304
NCBI id null
chromosome length 18613800
location 10565628 ~ 10580012 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Loading

Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TU487898 lncRNA upstream 133952 10713964 ~ 10723908 (-) True G424891
TU487820 lncRNA upstream 189703 10769715 ~ 10822649 (-) True G424818
TU487899 lncRNA upstream 198744 10778756 ~ 10785257 (-) True G424892
TU487914 lncRNA upstream 269189 10849201 ~ 10849483 (-) True G424907
CI01000304_10350748_10388571.mRNA mRNA downstream 177026 10349869 ~ 10388602 (-) True CI01000304_10350748_10388571
CI01000304_10284509_10291314.mRNA mRNA downstream 274314 10284509 ~ 10291314 (-) True CI01000304_10284509_10291314
CI01000304_10220812_10226103.mRNA mRNA downstream 339525 10219589 ~ 10226103 (-) True CI01000304_10220812_10226103
CI01000304_10209150_10210418.mRNA mRNA downstream 354737 10208635 ~ 10210891 (-) True CI01000304_10209150_10210418
CI01000304_10191594_10192287.mRNA mRNA downstream 373271 10191398 ~ 10192357 (-) False CI01000304_10191594_10192287
CI01000304_10812673_10812980.mRNA mRNA upstream 232521 10812533 ~ 10815238 (-) False CI01000304_10812673_10812980
CI01000304_11065581_11077156.mRNA mRNA upstream 485227 11065239 ~ 11077156 (-) True CI01000304_11065581_11077156
CI01000304_11083948_11091592.mRNA mRNA upstream 503826 11083838 ~ 11091592 (-) True CI01000304_11083948_11091592
CI01000304_11110559_11121354.mRNA mRNA upstream 530451 11110463 ~ 11122171 (-) True CI01000304_11110559_11121354
CI01000304_11124801_11135838.mRNA mRNA upstream 544145 11124157 ~ 11137342 (-) True CI01000304_11124801_11135838
TU487810 other downstream 22963 10444355 ~ 10542665 (-) True G424808
TU487433 other downstream 372733 10192696 ~ 10192895 (-) True G424459
TU487428 other downstream 401298 10153446 ~ 10164330 (-) False G424458
TU487429 other downstream 401298 10153859 ~ 10164330 (-) True G424458
TU487077 other downstream 826157 9739353 ~ 9739471 (-) True G424168
TU488239 other upstream 767008 11354883 ~ 11357146 (-) False G425194
TU488240 other upstream 767008 11354883 ~ 11357146 (-) True G425194
TU488688 other upstream 1288665 11868677 ~ 11872906 (-) True G425580
TU489285 other upstream 1756689 12336701 ~ 12340228 (-) True G426106
TU489325 other upstream 1978842 12558854 ~ 12560135 (-) False CI01000304_12559311_12559998

Expression Profile


TU487808 Expression in PRJCA010000

Bar chart with 27 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 6.
End of interactive chart.

TU487808 Expression in each Bioproject

Bar chart with 43 bars.
TU487808 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 300.
End of interactive chart.

Homologous


species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00006043 True 635 lncRNA 0.38 2 NC_007121.7 23513122 ~ 23519215 (-)