RNA id: TU489569



Basic Information


Item Value
RNA id TU489569
length 5513
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 2
gene id G426343
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000304
NCBI id null
chromosome length 18613800
location 14235877 ~ 14241431 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


AGTCCTTTGAAGCTGCACTAAAACTGCAATTTGGACCTTCAACCCATTGAACCCTGTTGAAGTCCACTATATGGAGAAAAATCCTGGAATGTTTTCCTCAAAAACTTTAATTTCTTTTTGACTGAAGAAAGAAAGAAATGAACATCTCGGATTACATGGGGGTGAGTAAATTATCAGGAAATTTTAATTCTGAAATGAACCAATCCTTAAAAAGTAAAAAAATTAATGGGGTACATTTTAATTTCATGTTGATTTAAATAATTTGACTTTGATTTTGTTTGTATATATTTCTGCATTATGCATTTTTAATTTTCAGACTTTATTCTCATAAATTAATCTTAAATAGTAGTATAGTTCTTGTTTAATAATGTTTGCCGAGTATTAATGATGTTTTAGAGCTTAATGTTTTATTATAAAAATTGTGATATGTGATAAATATATAATATTGGTCACACTTTAGATTAGGGTCCAATTCTCACTATTAATTAACTATGAATTTTGCCTCAATAAACTCCTAATTACTGCTTATTAATAGTTAGTAAGGTAGTTGTTTAGTTTAGGTTTTGGGTAGGATTAAGGAATGTAGAATATGGTTATGCAGAATAAGGCATTAATATGTGCCTTATAAGTACTAATAAACAGCCAATATCCTAGTAATATACATGCTAATAAACAACCCTGATCAGAATTGGACCCTAAACTAAAGTGTAACCATAATATCTATTTAGTATTTATTTCCTGTGGCTACAAAACATTTTACCTCCTCCATAATACTGACTTCAGAGCAAGAAATTATTAAAAAGATAAACAGAATAATCAAAAGACCTGCGTGATGTATTCCAGCCTCCAGGTTCACTCCAAACGTCCCATGCGTCAACGCTCTTTGGCTAGTCTTCTGAGCAGCTGCTTATGATTCTCCCAGATATGTTTCACAATACAATCAGCAGAACAGAGATTAGTTCTTCATTAGCTGGTAGCGACAAGCAGCTGTAGATCCCCGATTTGGCTTCGTTATTGTATTAGCTGGACAGTTTTAGCAGAACCAGCGCACCTGTGGAGATCCATTGTGATAAATAGCTCTCTTGTCAGCAATTATACACATACACACCTCCTCTTTTCATGATGTACAGCATGCACCTCTCCCACAGCATTAAAAAATGCCCAGTATCTCCTTCTCAGCTGCAGTCTAATGCCGCAGGCCCCCTCTGTGGGTGCAGGATAATTGTACTGTGCCGTAGCCAGTCATTTGGGCCGTAGAGCTGGCTGGGTTTGCAGAACACGGATGTTGGGAAGAGCTGAGACACAGGAAATCAGACCTTATAGGGAGTCATTTATTTGCTGCAGTACAGATCAGCTCACCTGTTTTTTTTAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATTAATTACTCACCCTCATGTCGTTCTAAACCCGCAAGACCTTCGTTCATCTTCGGAACACAAATTAAGATATTTTTGATGAAATCCGAGAGGTATATGACTCGTCCATAGACGGAAATATAATCAACACTTTCAAGGTCCAGAAAGGAACTAAAGACATCGTTAAAACAGTCAACGTGACTGCAGTGGTTCAACCTTAATGTTATGAAGCGACGTGAATAGTTCTTGTTTAACAAAAAATCTTTTCTTCTGTGTCATTCTCATACGTTGTTTGAGAATAACACAGAAGGTTCTACGTCAGAACGCCAACTCATCATTGGCCGGCTCCTGCGTCAGCATCACACGCATGTGTCGTGCTGCTCACGTGATCAGCTTTGGCCAATACTGAGCCGGCATTTGCACAAACACGAAACCCTTCACTGTGTTTACTGTGTCACCTGCGTAAGAATAATGACAGGGAAGAGAAGAGGTTGTTGAATAAAGTCATTATTTTTGTTTTGTTTTTGCACACAAAGTATTCTCGTCACTTCATAAAATTAAGGTTGAACCACTGTAGTCATGTCGACTGTTTTAACAATGTCTTTAGTACCTCTATCAGAGGTCAGAAAGCTCTCAGATTTCATCAAAAATATCTTAATTTGTGTTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGACATGATGGTGAGTAGTTAATGACAGAATTTTACATTTTTGGGTGAACCAACCCTTTAAGTATGTGGTTTTACTAATGCTCGATTATGGTTTGTCATATCATAGCTTTTGTTAACTATTTTCTCATCAAGTTATTGGCATCACATAAGCATACAGTTGCAGGAAAAAATATGTGAACCCTTGGATTTAACAAGGATTTCTGCATAGATTCAATCACTCACAATAACAGGCAAAACAGGCTTAAATAGCAACCAAACGTATTTTTTTTTAACACACTTAATAGTGAGCATTCATAGTATAAGGTGGAAAAAGAATGCGAGTCAGCTAGCCTGGAGTCCAAACAATGAGACAAGATTTGAGGTGTTAGTCATATATATAATATATATATATATACATATATAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCCTCCTGCAGCCGAGCACCAGCATTATTTTAGTATTATTTATGTACTATTATAGTATTTATATGCTATTTTAGTATTAAACCATGTATTAACCTTATATTAACAGTAGTTTCTTAGGTAAGTACATAAGAGTGCATGTACTGTAAAATAAAGTGCAACCAAAACTTGAATACATACTAGTATACTGTATGCCTTTAGAATTCTGCAGAGAAGGAAGGAGATATATGTGAGGCAGAAAAAAAACTGAGTCTCCAAAAACCTCTGCTCAGTCTGTAGAGGGAAAAAAGAGAATTATGACAAGTATCATTTCCAGTTTGCCTCCGCTGAGCATTGAGATGCATTAGAGTTCTGCTGAGATGAATGCAGAGGTGTGATCGCTGTTGGCTGCGTACTATGAATAGAAAGCACATGTCAATGTAAAAGCAATGCATGCATGATTCCATTCACACGCTGACTCAGTTAAGATTGGATGAGTCAGTTATTGAGTGATTTTCCTCAATCAGCATGTTTCATTTTTTCTGTCACAATGAATCAACATCACAATTTCTCTAACGTATAAATGTGCGTGTGTGCACTGCTTATTTACCTCCGCAAAGTGTTCTCTGTGTCCCTCTGCGGTAGCATTTACATGTAACCATAACAACACCCTTCCTCTGTGTGATCAGAGAAAGAAATATACATCGCCTCATTCCGCTCATTATGCAAGAAACTCCAGTATGTGTGTAATTTGTCCAGTGCAAATGTAAATTCCAGAATATAAATTGCGAAGCTGTCTGGTTGGATTTATTTTGTGAGAAGTTGGCTGTGTTGTGTCGATGGACTGCGACAGTGAGAAAGCTATGGAGATTTCTTTTTTTAAAACCCTGCAAATAATACCATGAATATTGATGTTAAGTTCATGTGGTGGTGTTGTTTTTAGTTTAGATATCCAGTTTATGTTTAGCAGGAAAGGATGCCTAGGTTCTTACCCTGACCTAATATGTATGTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTAATAAACAGATTGCACATGAACACTCTAGAAACTACTTGGTACACATTAACAACCACATAGCAACACCCTGGCAACCACCATGAAGGTGGGCTCTTTTGACTTTAAGCGACCATCCTAACATTGTGACAGAGACTTTCTCACTAACTAACACCTCTCCCATTTCCTTCAGAAAATGTAAAAATGTAGTTATCACATAAAATCCCCAGTTGTTGCAGTGTATGTAATTCATTCTTGCAAATGTCAGCTAGGCTCCTGTTATTTCACTAGCCCAAGCTCTTATTGTTATGAGGCCGCTGATCTACACATACAGATAGCAGTCTACTTTACTCTCAGGGGGCTTTTAAACCACATTTCCCTGTAACAAGCAAAAGCACCACATTATCTACACCTTTGCCAGCACTCTGACACTTTCTCCTAGTTTGCGTGTTGTAGATGTAATGCTTTTTTTCCCTTTTGCCATGCTGATGGCTTCAGCTTTTATCTCTCTGCTTAGCAAATACTACACTTAATTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGACTGAGGCAGCACTCACTCTTAACAAATTATGTTACAGACATTTGCTGGTGTGGAAAATGCTGTCCATGAGGTTCACCACCCATGGATGTATCTTTTCTGCTGAGCACTGTATATTACACATACCTGGACTCTTGCTATTGCACAGAGATTCAGCCCTGCAGCTCTACTGCAAGACCCACACAATAAATCACAAGACAAAACACTCAGGAGCGAATTCCATTCACTAAACAGTTTCGGCACTTTTGCATGCAGTATTTCAGTGCACTAAGACTCAAACTAGTGTTGTTATTGTTAACTATTAACTATTAAAAATACTTTTCTTTATCTCACTGATTCTTGAGATAAGGGACAAAACATTTCAAAGCCCTCTTTATGTTAAAAATAAATTAATTATTTAAAATAAAAATACTTATAAAGTTACATCTAAAGGAAATCTGGATAATCAGTCAGGACATTAACTGCTTTTATTTTTAAATAACTTTGTTAGTATCATTTAAATGCACACTCTATACATGTAATATAGCCTGTCCTCAGCATGAGGTCACAATGTAAAATTGCCAAAGTGTTTAAAAATGCAACAAATTCAAAAATATACATTTACATTGAAAGGCAGAGATCTGTAATATATCAAACAATACAAAAAGTAAGTCTTGAATTATATCTTCCATAAAAAATGCCAAAGTTGTGACCTCACAACTTTGCGTCAACTCCGCCAGGATTTTTTATAATTCTGAATAAATCAGGCAATGTCATGGTCATCTTTAACTCTGAGGAGCACTTACTATTTTCTGCTCATTGTGGATCTCACAGTAGGACACATGGTCCTGGAAGTTTATATTTTTTTTTATATTTTATACAAACAATGTTGAAGTCTCTTCAACTGGACCTTTGTCTACACGTCAGTTTTTGTTAATTTTGAAAGAAATGTCTTATTCTTTTTTCAATTCCTTGTGTTAAAATATTAAAACATCAACCAAACTACATGATATCATGTCTTTTACTCAAGAACATTGGTTTTATATGTTTAAAATTAAAAAGGAGGGTAGAGAATTAAGAAATTTAGAAACTGGATTGTAAAATTAACCCAATAAAAAAATTTAGAGAATTTATTTTTTTCACTTAGCTCCTTTACTGAACGCCATTGTTACATAAATGAAGACTTTACACTGTTGTTGGATGGATCAAATTAAAATATCATGCTTTTTATTGCATCTGACAAAGTTGCAAAGTTTTTGTGACATATCAGAACACAAATTTGTATAATGACATGGGTATGACATAGGATTTACAAGGAGAGGGTGACTTATGAGGACATTACCCCATGTCCCCATTTTTCAAAAGGCTTATAAATCATACAGAATGAGTTTTTTTTTTTGAGAAAGTAAAAATGTGCACAGTTTCCTGTGATGGGTAGGTTTAGGTGTAGGGTAGGTGTAGGGCAATGACCATTACACCTATGGAATGTCCCC

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU489577 lncRNA upstream 97228 14137145 ~ 14138649 (+) True G426351
TU489578 lncRNA upstream 112396 14115749 ~ 14123481 (+) True G426352
TU489601 lncRNA upstream 140255 14085038 ~ 14095622 (+) True G426375
TU489588 lncRNA upstream 173833 14051748 ~ 14062044 (+) True G426362
TU489532 lncRNA upstream 257715 13976965 ~ 13978162 (+) True G426307
TU489605 lncRNA downstream 33046 14274477 ~ 14288222 (+) True G426379
TU489596 lncRNA downstream 62281 14303712 ~ 14303850 (+) True G426370
TU489905 lncRNA downstream 154952 14396383 ~ 14396619 (+) True G426675
TU489906 lncRNA downstream 157118 14398549 ~ 14398910 (+) True G426676
TU489908 lncRNA downstream 159113 14400544 ~ 14400954 (+) True G426678
CI01000304_14179009_14221165.mRNA mRNA upstream 12744 14179009 ~ 14223133 (+) True CI01000304_14179009_14221165
CI01000304_14131633_14155156.mRNA mRNA upstream 80599 14130839 ~ 14155278 (+) False CI01000304_14131633_14155156
CI01000304_14108490_14112755.mRNA mRNA upstream 122816 14108490 ~ 14113061 (+) True CI01000304_14108490_14112755
CI01000304_14011581_14044797.mRNA mRNA upstream 190917 14011326 ~ 14044960 (+) True CI01000304_14011581_14044797
CI01000304_14005720_14006514.mRNA mRNA upstream 229017 14005720 ~ 14006860 (+) True CI01000304_14005720_14006514
CI01000304_14304022_14317252.mRNA mRNA downstream 62591 14304022 ~ 14318025 (+) False CI01000304_14304022_14317252
CI01000304_14331169_14331855.mRNA mRNA downstream 89633 14331064 ~ 14331973 (+) True CI01000304_14331169_14331855
CI01000304_14352375_14355516.mRNA mRNA downstream 110944 14352375 ~ 14355516 (+) True CI01000304_14352375_14355516
CI01000304_14356867_14373980.mRNA mRNA downstream 115155 14356586 ~ 14374666 (+) True CI01000304_14356867_14373980
CI01000304_14695603_14740389.mRNA mRNA downstream 454172 14695603 ~ 14741079 (+) True CI01000304_14695603_14740389
TU489575 other upstream 657030 13556451 ~ 13573943 (+) True G426349
TU488854 other upstream 1796791 12434972 ~ 12439086 (+) False CI01000304_12437868_12439019
TU488858 other upstream 1796791 12436554 ~ 12436605 (+) True G425718
TU488852 other upstream 1796791 12437804 ~ 12439086 (+) True CI01000304_12437868_12439019
TU487556 other upstream 3680173 10555614 ~ 10555704 (+) True G424559
TU489538 other downstream 88617 14330048 ~ 14330886 (+) True G426312
TU490061 other downstream 707459 14948890 ~ 14950592 (+) True G426828
TU491290 other downstream 1644023 15885454 ~ 15889591 (+) True G427860
TU491458 other downstream 1841799 16083230 ~ 16083714 (+) True G428017
TU491561 other downstream 2263431 16513714 ~ 16541045 (+) True G428096

Expression Profile