RNA id: TU495746


Basic Information

Item Value
RNA id TU495746
length 4741
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 2
gene id G431746
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000306
NCBI id null
chromosome length 11491657
location 1727489 ~ 1732425 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

CAAAATTGAGTTATAAAGTCAGAATTGAGTGATATAAACTCATAATTGTGAGTTATAAAGTCAAAATTGAGTTATAAAGTCAGAATTGAGTGATATAAACTCATAATTGTGAGTTATAAAGTCAAAATTGAGTTATAAAGTCAGAATTTGTGTGATTAAAAATTGCAATTTCTTTTATTTATTTTTATTCTGTGGTGGAAACAAGCTTCCATAACACACACACACACACACACACACACAAACATACATATATAAAACATATATATTTTACAGTATGTATATTTTTGTGAGGAGATCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGAGGACAGAAAAGTTTATATGAAGCAAAATCCATGTAACAGGAATGTTTTGTGCTGAATACAAGTTAAAGTTTGTTTGTAAGGTTGCTTGTTTGCTCAAACTGATGTAGTGTAGATGATGACTTACAGCGATGCATGTGTGATCGAGCTGAAGCTGATGTGATCCTGAAACCTTCTCTCTGTCTCGTTTGTGATATCTTTGGGTCAGTGAGGAAGAATCCCTCATTACCACGGCAACAGCAGCCCTCCTCATCCTCACACACACACACACACACACACAGACACACACACACACACACACACACAGTCAGAGGACAGCGTAAGTCCTTTATCAGAGTTAATGTGTTTTGTGCGTCCAGCAGCGGGTGTCCTTCTCCTCTCAGATGAATATTAAACAGACTGTGTGTGTCATTATATTAACCTGTGTGTCCTCTGAGGAACTTCTGTGATTGCGATCAGACGCCCTTCATCTGTCTGAGACATCAGCACATCACAACCACACAGACGTGAATGATTGTAAAGCTGGTCGCTAACTTTATATATGAAGTGCGACATTAAACATGATCATTTTTAATAGTCTGATCCTCTCAGTAAACGAAAGCTCTTCAAATCACCAAATTAAACGTTTGGTTTAACTACAAAAATATGTTGCTACTGTAATTGTATAATAAAATGCATTTACCAAAAATAGTAGTAACAATACCATTTAAATTATAAGAACAACTACAAGAAATATTTATTTTAAGCAATATCATGCAATCAAGAGATTTTTCATCCATGTTGTAAAATTCACAGCAGCACTTTATTTGACAAAAATTAATGTCAATAATTGGTAAATTAATTATTTTCCTTTGATTACATTTTAAAAGATTGAATAGGCCTAAATTGTTGAAGTTTTATGAATTACATTGATTTGATATGATTCTAATGACTACAATTTAATTAAAATGCAATCCAGAAAAAATGAAATAGGAAAAATGGAATAACAATTTAATCAATCTTTGTACCCTATGAAATCAATTTAAAAGCTTTATGAGTTCAATTGATATAATATATATATATATATATATAATTTTTTTTTTTTTTTTTATGACTAAAACTTAATTGAAACAGAAAAAATAGGAAAAAACAGAATTTGGGACAAAAAATAAAACTGATTTTATAGTGGCCTACTATATTAATTGCTGCAACTCGTTCATCTGTTACTACTATTTTTCTGTTCTATTCATTTTTCAATTAAATAATGTAAAATACAGTTTATTGCGATGGTTCAGTGTTTCTCAGAGTGACTTTTAAGTTATTTTGGACTGCCTGTATGTCAATTTCTAAAGAAAATCTGAAGCTCTTTAAATATTCAGATGTTTACTTGTGTGTTTGGTGGGAGGGGAAACACAAGCTCCGCCCACTCATATTCTCTCTGATTAGAGTTACTGTGTGTGTTTGTACTGTAAGTCATGGCAGGCGTCCTTCAGTCTTATTTGAGTCTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGTCATGTAGCTTCCCCTGCTGATGTTGTGACTTCCTTTGATGTGATTCTATTCATAACTTCAGGATTCATGACGGGGTCAGAGGAGCCACTATCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTGTCTTCACAGAACTTACATACACACCATGAGAGCCGTCTGTCTGTCTGTCTCACCACTGACAGGAGGGTTCTCTCCGAATCAACTTCCAGGAAAACACACACACACATTAGGGATAGGTCAGGATGGTTAACTAGTCACTTAGCCAGGTCATCATGGGGTTTATTTATTTTTAGCCTAATTACTTAAATAATGAAGCCTAATTATGCAGGGCCTCCTTAAGAACGATCGATTTGTTGTTCAGAAAATCCACTGACTAGGTGATTTTAACGGTGTGTTTTGCTTTTACACTTAATGCATTAGTTTCTGTTGTGCAGCACAGAAAATTAAAAAATGATTTGGTGTAAATTATTTTTTTTCTTTTGATTAATTTTTAGAAGGTTGAATAAATTATTGCTTTATGAATTCAGTTGATTTGATATGATTTTGATGACTATATTTGAATTCAAACGGAATCCAGAAAAATTGAATTGGGAAAATTAAAACCGACTTCATAAGACACAAAAATTGATTACATTTTGAAGTTTTGTGAATTCAATTGATTTTATGTGATTTTGATGACTAGAATTGATGAAAACAATGATTCAAATGAAATCAAAACAATGATTTTGGTATAAATTATTATTTTTTGATTACTTTTTTATAAGGTTGAATAAATTATTTCTTTATGAATTCAATTGATTTGATGTGATTTTGATGACTAGAATTGAATTAAAATGGAATTTCAGAAAAATTTAATTGGGAAAATTAAAACCGACTTCATAAGACACAAAGATTGATTAAATTTTGAAGTTTTAGGAAATCAACTGATTTGATACGATTTTGATGTCTAGAATTGAATTAAAATGCAGTCCAGAAAAAATTGGGGGAAAAAATGGAATTTGGAAAAATTAAAACCATTTCATAAGGCACAACATTTTTTGAAGTTTTATTTAATTCAATTGATTTGATATGATTTTGATAACTAGATTTTAATTAAAATTGAATCCAGAAAAATTTAGTTGGGGAAAAAAATGGAATTTGGGAAATTCAAGCTGAATTCACAAGGCACAAAGATTGATTAAGTTTTGAAGTTTTGTGAATACAATTGATTTGATGTGATTTTGATGACACAAAAATGGAATGGAATTTGATAAAATTAAAACTATTTCATAAGGCACAAAAATGTTGGTTGTATTTAATTCAGCTGATTTGATATGATTTTGATGACTAAAATTTAATTAAAAAGGAATTTTAAATTGGAAAAAATGGAATTTGATTGATTAAGCAAGCATATTTAAAGGGTCATGAAACCCTAAAACACATTTTTGAGATGTTAACAGATATGTACAGGTTGCACATCAATGTAAACAACTATAGCACTCATTATTAAGGGAAAATGTGTTATTTTTTCGGAGCCATTTCGTTCGTCCATTTTTAAAAGCAAAGTTGAACCAACGTCATGAAAAGTGAGGTATATGCGTTAATTCAGACTGGTGATTGGAGAGTACGCGTCTACGTCATCAGTTTATGAGCTTTTCTCTGCATTATTCATGAGAACAAACACTTTTAATCCAATCACTGCGCTGTATTACGCATGAGATCGCATTACAGAATTCAAATGTCACAAAAGCCCGTTTCAGTGTTTTGTTTGCGCTCTTCAGACACATGTAGTTAGTGTTTGTTTCCTCAGTACAGCAACACAAAAGTGTTAGTGGAGAAAGTGTGTTTCAAGTTTTTATGGACATATTTCATATACTCTGGTGCTCCAAACATGAAGCAGTATCGTGTATGTGTGCATATTTCCTCACATCTTTTCCAAATGAAATATATATACGTCTGATCATGAACGCGTTTACATGATGAATTATTATTCTGATACACAGAAGACAATGATGTAGACCGAAAATTCAAAGAAGAATGGACAAACAAGTAACTATGCCTTTATATATTATATAATATATATATATATATATATATGTGCTCCCAACTGTTTTTTCTCCGCTCATATTTTAATATTCATATCTCTGTATAATGTGTGTTGCAGGTCTGTGTTTTATTGGTTGTTTTCTCCCCTCCTCCCACCTTCCACAGCTGTACACGCCCATTTCTTGAGTCTTTTTCAAATCTGAGGTGTGAACGACCAGTGCTGAAATGGGGGGTTTCGTGACACTTTAAGAAAAATACAATTCTTTGGGTCAAATGTTGATTGAGCAAGTTTTTCTGATGCTTTTTTAATTTCCTGTGCTGTGACATTCATGTCTGATTCAGGATCAGGTGAACTGCTGTGTAGGAATGTGTAGAATCATGCTCGCCGTATCCCATGATGCCGCTGGGTGGCGGGAACAATGACAACTCTTCATCACACTGTGCGCCCTCAAACGCCTCAATGGGAGTCATTGTAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTGAGTTTTTTCTGATTATTCTGCCGGATGAATGACGTAAAAACACAGATGATGGTGTGAGGACTGGTTTTGCTTTTGTGATGGAAAAGATCATTACAGTTAATTCAGTTTTCATGATAAACTAACATCGTCTTGTGATTTAGAGGCATGACAGCGTTACGACACAGATATTTTGCTAACACTTTACAATAACGTTCCTTTAGTTAACATTTGTTAACTACACTAGTAAACAAGAACGAACAGCGAACAATACTTCTACAGCATTTGTTAATATTAGTTTTACCATATTTATGAATGTACTACCAATCTGTTAACACTAGTTAATACACTGTGAACATGGAGAACAAACAATGAAGAATTGGATTTTTATTAACTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU495737 lncRNA downstream 21418 1705349 ~ 1706071 (-) True G431737
TU495732 lncRNA downstream 101472 1625345 ~ 1626017 (-) True G431732
TU495764 lncRNA downstream 215219 1508586 ~ 1512270 (-) True G431764
TU495915 lncRNA downstream 223809 1503389 ~ 1503680 (-) True G431890
TU495760 lncRNA downstream 295923 1430802 ~ 1431566 (-) True G431760
TU495757 lncRNA upstream 320 1732745 ~ 1740620 (-) True G431757
TU495747 lncRNA upstream 20989 1753414 ~ 1754504 (-) True G431747
TU495938 lncRNA upstream 53160 1785585 ~ 1786256 (-) True G431913
TU495941 lncRNA upstream 74420 1806845 ~ 1807068 (-) True G431916
TU495943 lncRNA upstream 77418 1809843 ~ 1810059 (-) True G431918
CI01000306_01723684_01726043.mRNA mRNA downstream 1446 1723679 ~ 1726043 (-) False CI01000306_01723684_01726043
CI01000306_01665458_01676209.mRNA mRNA downstream 51266 1664797 ~ 1676223 (-) True CI01000306_01665458_01676209
CI01000306_01633237_01635512.mRNA mRNA downstream 90716 1633073 ~ 1636773 (-) True CI01000306_01633237_01635512
CI01000306_01580628_01611787.mRNA mRNA downstream 115702 1580374 ~ 1611787 (-) True CI01000306_01580628_01611787
CI01000306_01572341_01576690.mRNA mRNA downstream 150799 1572341 ~ 1576690 (-) True CI01000306_01572341_01576690
CI01000306_01756353_01763570.mRNA mRNA upstream 23750 1756175 ~ 1764246 (-) True CI01000306_01756353_01763570
CI01000306_01775235_01776152.mRNA mRNA upstream 42772 1775197 ~ 1776432 (-) True CI01000306_01775235_01776152
CI01000306_01792788_01804803.mRNA mRNA upstream 60363 1792788 ~ 1804803 (-) True CI01000306_01792788_01804803
CI01000306_01826418_01844251.mRNA mRNA upstream 93672 1826097 ~ 1844251 (-) True CI01000306_01826418_01844251
CI01000306_01859514_01870761.mRNA mRNA upstream 126580 1859005 ~ 1870822 (-) True CI01000306_01859514_01870761
TU495821 other downstream 415055 1311702 ~ 1312434 (-) False G431814
TU495679 other downstream 564151 1163027 ~ 1163338 (-) True G431706
TU495333 other downstream 1243840 448704 ~ 483649 (-) False G431428
TU496065 other upstream 1267811 3000236 ~ 3003891 (-) True G432022
TU497393 other upstream 2810298 4542723 ~ 4545092 (-) True CI01000306_04544349_04545034
TU497685 other upstream 3629218 5361643 ~ 5383763 (-) True G433450
TU497952 other upstream 4308589 6041014 ~ 6041283 (-) True G433670
TU498286 other upstream 4463682 6196107 ~ 6197210 (-) True G433985

Expression Profile