RNA id: TU495757



Basic Information


Item Value
RNA id TU495757
length 5097
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G431757
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000306
NCBI id null
chromosome length 11491657
location 1732745 ~ 1740620 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


ATACCTTTGCTAAATTTAGATCTGGACATGTTGTTCTGAGGTTTTGTGAGATTCACCGCTTGTTTGCATCTCAACAGGAAGTCAATTGCAGCTGGTCTGAATTTGTCCTATTTTGTCCAAACATCCTTAATTCATTAGAGAAGGATATTTTTAACAGGAAGTTGTCAGTGTGAGTGATGAGTGTTTGTGTCTGAGCTGGAGGACAGGTGTCCTTCAGAAAGTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGTTCTTCTGTTTAATAAATATCTCTCGCTCAGGCTTATGAGGACAAATGAACATTGTTCTGTATTCAGTGCAGGAGATGAGCCTGAGATTTATTACCTTCTGTGGGGGAATCGGTGAGACACACACACACACACATACACACACACACAGCAGCAACAGTTGTTTGATGTTTGTGTTTGCTCTATGAATTCACACACATTAGCCTTGACGTGTGTGTGTGTGGAGGGTTGATGAAACTCCAGGAAAGATGTTGAGCTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGCTGCATTAGCAGGTGCTGTAAAGAGTAAACACACACTCACACGCAAACACACACACACTCAATGATCATTAACCCACTGCTGTGTGTGTGTATTCATCTTTATGGCTGTGTGTAATAGCGGGTCATGCACAGACAGAGATGAAGGTTATTTGAGGTCAATGTGTGTGAGTCTACGCCCTCCACCACACAGAAAAAAAAGTTTTTACTGAGTTAATGTAAATAAAGAGGAAAAAGTGTGTGTTTTGGAGGAGGGAGTGTATGTGTGTGTGTAGATCAATGGAGTCTATTTTTTTCATGGCCTCTTTGAGCAATGATGAAATACGCTGTAAGATACAGCTCAAGTATAGTAACGCAGCGCCTCAGAACAGTGGCATAGTTTTAAAGACAGATACCACGGGAATTACACGCAAACCACTGCAGTCCGAACATTAGAGAACGGGAACACGACAAGCACAAAACAAACTCCATTTGTTCATTTAGATGAAAATTTGAGAGGTGTTTGTGCTGCTAAACCTGCAGGTGTTATGATTGTTTTTCGGTTGCAAACTGATTGTTTACTAGTCGAAAACTCAAATTCCTCCTTCAGTGTGCATCTGTGGGATTTTGTCACATGTATCTCTCAGCTTGAGGATGCCCATTATGCCAATATGTGTTTATATTGGCTGTTTTTTGTTTTTTTTTATCAGGTTGACTGGTATGAAAAGATTATGCATTTAGATTAAAATATGAGAGGTGTTTGTGCTGCTAAACCTGCTGCCATGATGCATATGGTTGCCTGGACGTTGTTATTCGGTTGCAAACTGGTTGTTTACTGGTCAAAAGCCTGCAGATTTGACACCATGGGATTTTTTTTTTCAACTGTTTTATGGTCTAGTAGGTGAAAATGGTGCAACTTTTAATCTCTCAGATGCTGTGAGGATGTTTTCCATGCAATTATGGATTTTACAAATAAAGTTTTGAAAGATAATTATCAAAGCTTCACATTCAACTGGAAACTTTTCTTGGAAACGTATCTGCCGCAGTGAAGTATGGATATTCATAATGTCTCCTGGACTTGATGGCGTTCTCGCTCTGCCTGGAGTCGATGTCTTCCAGTTGCATCATCCCGGCTGCGCTTTGCTGCAGTTTTTACCCGCAGTGTTGAAGTGTTGCTCGCTCTTGCAATCTCCACCCGCCCAAAATGAACCTCCGAACGAGTGAAATCGAGACAGAAAAGGAGAAAGCTCGCTTCTTGTGAGATTTACCTTTTCGGGCAGGTGTGGCGTGTCTTTGTTTAGCTGTTTAAAGTTTCTGTATTTTCTCTGAAGTCTCTTGTATGCTGGTGTCTTTGAGGACCGTCATCAACTCTTTACACAAACACTACAGAGGAAGGAGGACGTGATGTCCAGAAGAAGCTGAGCCAAGTGTCCCGTTTGAAAAATATCATGATTTTGTTTCTTAGCGTTGAGTTATTAAACAATGCAGTAGTCAGTGATTGTCTTCTTGGTTCTGTGTTTTCTGTCTCTCAGCTCGTTTGAGGCACATTTTGAATTTTACAAAACTTCCGCTCTTGAGTTTATAATAATAATTTGTTACATTTATATAGCGCTTTTCTGGGTACTCAAAGCGCTTTACATATGGAAGGGGGAATCTCCACAACCACCACCAATTTGCAGCATCCACCTGGATGATGCGACGGCAGCCATATTGCGCCAGAACGCCCACCATACACCAGCTTATTGGTGGAGAGGAGACAGGAGTTTATGGCTGCGGACCATAGAACCGTATGTTAAAATGTTGTGAAATTTGGCACAGAGATAAAGGACAGTCTGAACATAAATCACAGCAATTTTGGAGCCTCTAGCGCAATCCCTCTAGCGCCACCAACTGGCAGTACATAGTGATAAAAAAATCCCCATCAATGAAATCAGTTTTTTGCAACCCCAGGGTCCAGTTTTGTTTTTCGCTTCATACACTATAAAAAATAACGTGTTGGCTCGACAAAAAAAAAATTGTATTCATTTTTTTGAGTTATGACAACTTCGAGTGAATTTACGTTCAACCAACAAGCTACATTGAGTTAGAGGAACTTTAATTTGTAGCATAAACACAATTTTTTAAGTTTATTACTCAAAAAAATAAAAATAAAAATTAAGTCGCTCCAACTACTAAAGTTGTAGGCCTGAAACCAATTAATCTTAGTTCAAATCAACAGCTATCATAGCACATGCTAACATAACTTATTTAGCATGTGTATTTAATGAACAATTAAGATATTAAATTACAAATACATTGCTTATTGTAGCGTTACTTATTGTAAGTGGACCTTATTTGTAAGCTTTACCGATTTTTATTTATTTATATTTATGTTTATTATATTTTATATAAGAAAATATGATAATATATAAAAATATTTTAAGTTGACTTATTGATAATTTATTCTTGTTTAACATTTTTAATCTATTTCGTCATTTGAAATTATGCTTTCTTTAACAAATATGCTTATTGTTATTTTCTCAAAGGGAGCATCATTTCAAGCAACGAAATAGATTCAAAATGTTTAATGAAATCAAATAAATCAAGAATAATAAACTAATATATAATCAGTCTAATTAAAGGGGACCTATAATGCCCCTTTTCACAAGATGTAATACAAGTCTTTGGTGTCTCCAGAATGTGTCTGAAGTTTCAGCTCAAAATACCCCACAGATCATTTATTATAGCTTGACAAATTTGCCCCTATTTGGGTGTGAGCAAAAACACAGCGTTTTTGTGTGTGTCCCTTTAAATGCAAATGAGCTGCTGCTCCCGGCCCCCTTTCCAGAAGAGGGCGGAGCTTTAACAGCTCACGCTTCGGTTGCTCAACAACAACAAAACTGGAGAATCTCACGCAGCCAAAATGAGGATTGTCAGTAACTTTTGCCATGGCGTTAGAACTGGTATACCGTTGTTGCTTGCGAAAACAAAATGATGGTGCCGTGGGTGGAAATGTGCAGATTAAGGGGCAGTAATATTATAATAAGATCCCCTTCCTACGTCACAAGTTGAGGGAATTTTGAGTGGCTCGTTTTTTTTACATGCTTGCAGAGAAAGTCTTGCTGAGTTTTCCTTTTTCACGTTTTCTGGGTTGGTAGATGCACCGGGGACCTGATTATAGCACTTAAACATGAAAAAAGTCAGATTTTCATGATATGTCCCCTTTAAAATATATATTTCTTGTTTATTTTGCTAAATAAATGCAAAGAATAGTGATATTTAATGACAGATTTTAGGAATCTTAATGTCTAAAACATAAAATAATGATGATATTCAGATATACAGGCCGTATTCTCTGTCTCGGCTGGAGTCTGCGCAGGTTTGATGTCTGCGAGCTGCTGAAGGTCTTGCAGCAAAACTTTTTCTAATTGCAGGTTTTCTTGCGTCGGCTGCTGCTGAGTTCAGTTCTTTTCCTCCCCTTCGCTCGACCCCAATCCCGCCGCCCTCCGCTAAGCTTCACAAAATGTGTTGAGGAGGCAGTTTTGACCTAGAGCTTCCCAACAACCCCCAGCGCTCGCTCTCTTTCCTCACTGCTTTCTTCATCCGTTCTTCATTCTCTCACTTACACAGTTCTACGAGTTTTGCTTCTGTGGTTGTTTTTGACTGAAGTTTGTCGAACTGCAATTGATTAAATATCCTGTACTGGCATTAGAGGTGGGCGACACACCGATAGACAGGATTAAATTTGTCAACAGGTAGAGATTTTGGACTATCGTCTCTATCGCAGTTATGCTCACGTGACGTTGCTGTGCTGTGTGGTCACGAAAGCTTATCATTTGCATGCGTTATAAAGCATTGCGGTTTAAAAACAAGTGATTGAAGCGCAGTAAGCAGCGAAAGACAACTAATTTTGGTATATGCACACGCTGTCTGAGAGACTGTTTCTGATGTGTGCACACGAAGCCGCTGCTCATTGAGCGCTTGAGTGCTGAACTGAGTTCTTTTTGGTCTTGAATGGTTAAATACACATACTTATATCATAATGACCATCTTTGCAAGTAAACGCAGTCATTTATGTCTTAAGTGAACGTAAACAGTTGAGAAAGAAAACGCAGTTGGTCTTAAAGTGACAGCAGCCTAATAAACCTGCTGTCGTCTGTCATTAATGTTAATCATTAATGTTAAACAACAAAAGAGAGAATCTCTCACTGCTTTTTTTGTCTGAATCACTTTTGTAACTTAATCACTTTTTAATTTACATACTATGGAAGCTTGTTTCTGCCACTGAATAAAAAATAAAGATAATTGCGACCTTTTTATCTCACAATTCCGACTTTTCTCGCAATTTGCGAGTTTACATCTTTTTCTCAGAATTGCATGATATAAAGTCGCAATTGCGAGTTATATAGTCAAAATTGTGTGATGTAAACTCGGTAAACTCACAACTGCGTGTTTATAAGGTCAGATTTGAGTGATAAACTCATAATTGTGAGTTATAAAGTCAAAATTGAGTTATAAAGTCAGAATTGAGTGATATAAACTCATAATTGTGAGTTATAAAGTCAAAATTGAGTTATAAAGTCAGAATTGAGTGATATAAACTCATAATT

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU495746 lncRNA downstream 320 1727489 ~ 1732425 (-) True G431746
TU495737 lncRNA downstream 26674 1705349 ~ 1706071 (-) True G431737
TU495732 lncRNA downstream 106728 1625345 ~ 1626017 (-) True G431732
TU495764 lncRNA downstream 220475 1508586 ~ 1512270 (-) True G431764
TU495915 lncRNA downstream 229065 1503389 ~ 1503680 (-) True G431890
TU495747 lncRNA upstream 12794 1753414 ~ 1754504 (-) True G431747
TU495938 lncRNA upstream 44965 1785585 ~ 1786256 (-) True G431913
TU495941 lncRNA upstream 66225 1806845 ~ 1807068 (-) True G431916
TU495943 lncRNA upstream 69223 1809843 ~ 1810059 (-) True G431918
TU495751 lncRNA upstream 116177 1856797 ~ 1898332 (-) True G431751
CI01000306_01723684_01726043.mRNA mRNA downstream 6702 1723679 ~ 1726043 (-) False CI01000306_01723684_01726043
CI01000306_01665458_01676209.mRNA mRNA downstream 56522 1664797 ~ 1676223 (-) True CI01000306_01665458_01676209
CI01000306_01633237_01635512.mRNA mRNA downstream 95972 1633073 ~ 1636773 (-) True CI01000306_01633237_01635512
CI01000306_01580628_01611787.mRNA mRNA downstream 120958 1580374 ~ 1611787 (-) True CI01000306_01580628_01611787
CI01000306_01572341_01576690.mRNA mRNA downstream 156055 1572341 ~ 1576690 (-) True CI01000306_01572341_01576690
CI01000306_01756353_01763570.mRNA mRNA upstream 15555 1756175 ~ 1764246 (-) True CI01000306_01756353_01763570
CI01000306_01775235_01776152.mRNA mRNA upstream 34577 1775197 ~ 1776432 (-) True CI01000306_01775235_01776152
CI01000306_01792788_01804803.mRNA mRNA upstream 52168 1792788 ~ 1804803 (-) True CI01000306_01792788_01804803
CI01000306_01826418_01844251.mRNA mRNA upstream 85477 1826097 ~ 1844251 (-) True CI01000306_01826418_01844251
CI01000306_01859514_01870761.mRNA mRNA upstream 118385 1859005 ~ 1870822 (-) True CI01000306_01859514_01870761
TU495821 other downstream 420311 1311702 ~ 1312434 (-) False G431814
TU495679 other downstream 569407 1163027 ~ 1163338 (-) True G431706
TU495333 other downstream 1249096 448704 ~ 483649 (-) False G431428
TU496065 other upstream 1259616 3000236 ~ 3003891 (-) True G432022
TU497393 other upstream 2802103 4542723 ~ 4545092 (-) True CI01000306_04544349_04545034
TU497685 other upstream 3621023 5361643 ~ 5383763 (-) True G433450
TU497952 other upstream 4300394 6041014 ~ 6041283 (-) True G433670
TU498286 other upstream 4455487 6196107 ~ 6197210 (-) True G433985

Expression Profile