RNA id: TCONS_00019939



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00019939
length 119
RNA type rRNA
GC content 0.51
exon number 1
gene id XLOC_010021
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 30080543 ~ 30080661 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TTTTGCGCTTAAGTGTTCTTTGCATTCACACTTACGGTTGCCCAttaaagctaagcagggttgcGCCTGGTCAGTGCCTAgctgggagaccacttgggaaagctaggttgctgccggaa

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000120972

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021964 lncRNA upstream 40819 30002752 ~ 30039724 (+) False XLOC_010020
TCONS_00019936 lncRNA upstream 171573 29903644 ~ 29908970 (+) True XLOC_010019
TCONS_00021723 lncRNA upstream 267291 29721663 ~ 29813252 (+) False XLOC_010018
TCONS_00021722 lncRNA upstream 271646 29721663 ~ 29808897 (+) False XLOC_010018
TCONS_00021724 lncRNA upstream 342115 29729983 ~ 29738428 (+) True XLOC_010018
TCONS_00021966 lncRNA downstream 249202 30329863 ~ 30330881 (+) False XLOC_010024
TCONS_00021967 lncRNA downstream 249619 30330280 ~ 30330881 (+) True XLOC_010024
TCONS_00021968 lncRNA downstream 1010337 31090998 ~ 31094580 (+) True XLOC_010030
TCONS_00021725 lncRNA downstream 1041095 31121756 ~ 31128084 (+) False XLOC_010031
TCONS_00021726 lncRNA downstream 1041095 31121756 ~ 31135431 (+) True XLOC_010031
TCONS_00019935 mRNA upstream 383754 29690708 ~ 29696789 (+) True XLOC_010017
TCONS_00019934 mRNA upstream 395685 29663809 ~ 29684858 (+) True XLOC_010016
TCONS_00019933 mRNA upstream 396350 29650698 ~ 29684193 (+) False XLOC_010016
TCONS_00019929 mRNA upstream 432805 29630965 ~ 29647738 (+) False XLOC_010015
TCONS_00019940 mRNA downstream 37137 30117798 ~ 30245831 (+) False XLOC_010020
TCONS_00019941 mRNA downstream 37210 30117871 ~ 30267666 (+) True XLOC_010020
TCONS_00019942 mRNA downstream 220878 30301539 ~ 30306358 (+) True XLOC_010022
TCONS_00019943 mRNA downstream 235516 30316177 ~ 30326055 (+) True XLOC_010023
TCONS_00019944 mRNA downstream 357380 30438041 ~ 30519254 (+) False XLOC_010025
TCONS_00019938 other upstream 43850 30002752 ~ 30036693 (+) False XLOC_010020
TCONS_00019912 other upstream 864183 29216274 ~ 29216360 (+) True XLOC_010005
TCONS_00019905 other upstream 1061405 29016936 ~ 29019138 (+) True XLOC_010002
TCONS_00019885 other upstream 1692380 28388046 ~ 28388163 (+) True XLOC_009989
TCONS_00019873 other upstream 2525303 27549842 ~ 27555240 (+) False XLOC_009979
TCONS_00019951 other downstream 889840 30970501 ~ 30971157 (+) True XLOC_010029
TCONS_00019955 other downstream 1553809 31634470 ~ 31634595 (+) True XLOC_010035
TCONS_00019961 other downstream 1748377 31829038 ~ 31836487 (+) True XLOC_010037
TCONS_00019968 other downstream 1842126 31922787 ~ 31923924 (+) True XLOC_010039
TCONS_00019985 other downstream 2111536 32192197 ~ 32196767 (+) True XLOC_010050

Expression Profile


//