RNA id: TU524592


Basic Information

Item Value
RNA id TU524592
length 8548
lncRNA type read_through
GC content 0.34
exon number 2
gene id G457001
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000321
NCBI id null
chromosome length 5206101
location 1284368 ~ 1293217 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATCTTTCAAACAAGTGGTCCATATTAAAGGAAATATAAGCATGGCTGTATCCAGCTCTCATGCACCAATGACCTTTGCAATTTTTTATGTTGCTCATATACTGATGTCGTCTTTTATCCTAAAATGATATGGCCATATTGTTGGTTTATCATTACATTTCATCAACAAATTCCATTTACAATAGGATTTTGTTTAAAAAAAAACATTTATTCGTCGCTCAACACTAAATAAATCACAATAAAAATGTACTTAAAACACTTTTCCCCTCACACATTTACAGTCTTCAGCTATGTTAATATAATAAGATTTTTTAAGAAATAAAGTAACAAATGACATTATTTAACTTACTGTTATTGTTTTAAAATCTGTTAAACTAAAGCACATCTGTACAGAAGAAAATGCTGAAGCGATTTAAAAAACTTCTTTGTCAGGCACACATTAAACGCATACAGTGGACACCGGAATGACATCAAGAAAAACATTTAGAATGATGCTAATCCTTGTAATTCATACTGTAATTCACTCCTATCCACTTTACTCCAATTGTTTTTTTTTCTTTCCAGGTCAGCTCTTTAGTTAAGGAGGATGATTTAATATGATGACCAAAGGATATGAAATAAAGAAAATATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGATTAAAAAGACATCAAACAACATGAACACATACATGACATGTAATAAAACAATCAAGACCTTTTTTCACTCATTATCCATCCAAATATAACTCTGGAGGCTGTAAGCAGCAACTGGGACTCTCTTTGACAGAGTATATATGTGTGTGTACGTGTGTGTACATCTCTTTAGTTCATATAACTGAATGCACGTCAAGGGTGCACGTGCTGCGGGTTGCTAGGAGATGAAGACAGGCTGCTAAAGAGTTCTGCCTCAGGGGTCGTGGCTTGAAATTCATGGGCAAAGCTCTCGTTATGGGACAAGTCTTCTTCAACAGGTGTAGCAGGTCCTATACTATTACCCAAGCCAGAGGATGTTGTACTGCAAAATAAAATAAATGCCCTGTCACAGTCTGAGTCACAGGATATTTTGTCTTCTTCTTGATGCTGTTCCTCCACAGGGAAACGTGCTTCGCCGATACATCGCTGTATTGCCTGTGCGACGGTGTAATGCGTCAGTCCCCGTGCACACGCGTCCATTTTTGCAATGCTCAGTTGTGACTGCAAGAACAGGTGCAGTCGACTGTCTGACAGCAGTAATGGTGTCTGTAGAACCCTATAAACACAAAAAATTAAATAAAACTACATGAAGTATAATGACTTTCAGAAATTGGTGATGAGGTTATTTAAAGAAGTGCAAAATATAAACTGGCTTTGATGACTGTTAACTTAAATTTGACAAAGAATAAATATTAAAAAAAGAGAAAAGAATAAAAAGGTATCCAATAATGTTATAATGCCATAAAACACTGTCAAATGCTTTACTATCCATTTTAATTTCTATATTATCTATACTATTAAATATTGGGCAAATATATACTAAATGTTTGGAAAAAATGCTTTTGTTAGAGTAAAAAAATGTTTACTCTATCTAAAGGTTTACAGGGAATGTGTCTCTTTACAGCAGCCACTAGATGGCAAAAATACTGTATTTCCTTCATGTCTAATATAGAATAGAATGTATTAGTTACTGGATGTATAGAATTATTTTTCAAATCCATTTGAATCAAGTTTATCATAAATGATGACCAAGAAGTGACTGAAGAAACTCACGCCTCAAGAAACTGTTGCAGCCCCTGCATCCGTTGAGTGATCTGGATGTCGTTGTTGAGATTGAAAAAAGGATTCCAGGGAGGGAGTTTAGGTAACTCTCTACAAAAAAAACAAAAGACGTATTGCAAAGGGAGAGATTACACTCCACATATCCTTAACAACAAAGTTTATGCATGCTGTGACTTTATAAGACCCTTAATAAGACCAAATGACTACACAGAACTTTTTTTCTGCTTTATTTTATTTAAAATAAAAATATAATATTGTATTTCCTAGAGTGTTAAATTCTCAAATGTACTTACATGAGCAGAGCGTTGTTCTGTAGTTTCTGCCGCAGCCAAACAAACTCACTATACCTCCTCCTCACACAAGAGGTCTTCTTCCGGAAACACATACTATTGGTCTATAATTAAGAAGAATATATTGAAACTAATGTTCTCATTGGTAAACATGTTGTGATGGAAAAAAATATGCACAGACAGAGAGCCAAATATCCATAAGAAAATCAAGTTGTCTGATTAGCAACATTCCCCAGTAACAACATTGCAATATAAACATGTGGGTACTGCACTCACGTGAAGACAGATCTCATAGCTGATGAACGCGTGCCAGAAATCCTCCTTGTGTACCTGGGGATCTCGTACCCATACACTTACAAACTCCTGCAACAAGAGAAACAGTCAGTGTTAAGTGTTTATGATCACTGAAGCGTTTCAAATCGAACAAGGAAGTGACTCAGCAGAAAGTGTGCTTGGTTTTTTTTTTCTATTACGAGTTACAGTTTTACCCTTTTTTAAGAGAAGTGTTGATTCAGAATCTGCCCTTTCATCCATATTTTACACTGGAGTTTTGGAGGGTATTTTGCACCTCTTTGTTTGTAATGTGCAATTGGAATTTTCAAAACAACACACTTTGTTGCACCACAGCCAACAAATCCATTTGAGGTCAAACAAAACTTCCCTATAAATACTCTTTTAGACATTTCAAAGGGTTTTTACAGGATTTCCTGGCAAAACGACAATTTCCTAACCAACAGGTACAAGTCATATCAATGGCCTAGGTTCACTCAAAAATGAAAATTCTGTCATTAATTACTCACCCTCATGTTGTTCCACACCTGTAAGACCTTTGTTTATGTTCAGAACACAAATTAAGATATTTTTGACATCAGAACAAGAATTAAGATATTTCTGACATAGAACCTGGAAGCGCTGAATGTAAGCAGCATATGAGAATGACACAGAAGGGAAGATATTGTTAAATAAAGTCATTATTTTTGTTTTGTTTTTGAGCACAAAAAGTATCCTCGTCGCTTCATAAAATTAAAGTTGAACCACTGTAGTCACGTTGACTTTAACAATGTCTTTAGTACCTTTCTGGACCTTGAAAGTGGTGGTTAAATTGCCATTTATGGACGAGTCATATAGCCTACCTCTCCGATTTTATCAAAAAATATCTTAATTTGCATTCCAAAGATGAACGAAGGTCTTACGTGTGTAGAACGATATGAGGGTGAGTAATTAATGACATAATTTTCATAACCTAAAAGAAAAATCATTTTGATGCAAGCTAGCCTTTATAGTATTGCATGGTTGTGAATAGAAATTTGTTAAACAAATGAAACAGAAATAATGTCAACTGCAACCAATGGAATTTTGTGCTGCCAGTTTCCTCTTGAAAAATTCCAGACAAAAGGCCTGATGCAATTGCAGTTCAGTTACAAGGTGTAATTAAAAACTTGTTTCCACTAAAGAGGCTTTTATTTCCTTTCTCTTATACAATGATCAAGTGATCATTGATCTAAAAAGGCATTGGGATAAAAAGTAACTAGTTAAATGCTTCAAATATCAACATCTAATTTTAGCAAAACAAAATAATCCATTTGAGTAGACTTAATTTGTATTTGAATATAATTTTGCACATCAGAGCACCAGTCACAAGATGAGACATAATGCTTTACTGATTTGGAAAGCCATGGTTTCATTTTATGAAACCCCACCCCAAAAAAAACCAATCAGCTATGTAGATAAAAATTGCTGAGTCACACAGAGTGAAACTGTTGATGAACATGAAATGTAAAGAAAAAAAAAAGACACTGACCTTTTTCATAAAGCTTGTACTTTCCATCTCAGAGATTTGACTGGAAAAAGAAAGAGACTGGTTTTGAGTGGTGGAACATTTTAGTATTCAGATTGTTTTGGTTCTCTTGGACTAAGACTAGAGAAAAAAAAATGACTTTAAATAGGAAATGGTCTAAAAATAACAACTAACAATTTTTATAGGCCCGGTTTCACAGGCAGGGCTTAGCCTAAGCCAGGATTAGACCTTAGTTCAATTAGGGTAAAAGTAGCTTTCATAAATGTACCCTAGAAAAAAAAAAAAAAATACTCGTGTGCATCTTGAGACAAAACAATGGCACTGACATATTTTAAGATATGTCCGTACAAGCCGCTTTCAGTTTAAACAGCTCAAACATGTGTTTTAGTCTAGGACTATCTTAAGCCTTGTCTGTGAAACCAGGGGATAGTGTTATAACTGTGTTTCAAGAGCTCATCTGTTAAATCTATATGCTACTAAACACTTCATTGAAGTGGTTAAGCAGCAATGCTGACGTTTCATAACTGAGCAGGGTAGCAGGTCCCAGTGAGGAACGGGGTAATTTCAGACATTAAAACAATAAATTAATCTTATGTTACAGCAAACCCAGATATTCCTTTAGACTCTTTAAATTAATTTAGACTTTGTTTTGCTGTATATGCTTAATAGCATGCCGCCTAAGAGAGAATTGTCAAAGGTGAACCATACAGCAGGTCACTTTCCCTTTTTTGTGCATCCTAAAATGGACGTCCCATCAGCATTAGCCCAAACAAACATGCAATCAGTGACGTTCATTCATACTCAAACTAATTCACTATGATGATAACTTAATTACTCGAGTTGACTAAGAATCCCAGACTAATTGGCCAGCAGACAGCGAGTTAACCTAAGCACCCTGGACTGAATTTGGTTCATGGCTACCCTGACCTAGTTTTGGTACTGTTTAAAATTATTATATATATATATATATAAGTTTCCAGCGTTGGTTGCAAATTATATAAATATACATATATATAATTTGCAACCAATGCTGGAAACTTTCAATGAACTGCGCAAAAAGATCAAATAATAGTTTTAACAAAATCGA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU524635 lncRNA upstream 17703 1266462 ~ 1266665 (+) True G457034
TU524634 lncRNA upstream 18611 1265543 ~ 1265757 (+) True G457033
TU524626 lncRNA upstream 38732 1245299 ~ 1245636 (+) True G457025
TU524623 lncRNA upstream 105251 1178567 ~ 1179117 (+) True G457022
TU524608 lncRNA upstream 113109 1171018 ~ 1171259 (+) True G457012
TU524588 lncRNA downstream 2249 1295466 ~ 1299847 (+) False G457000
TU524590 lncRNA downstream 3916 1297133 ~ 1298893 (+) False G457000
TU524591 lncRNA downstream 4944 1298161 ~ 1298703 (+) False G457000
TU524586 lncRNA downstream 5080 1298297 ~ 1298703 (+) True G457000
TU524721 lncRNA downstream 93332 1386549 ~ 1386987 (+) True G457104
CI01000321_01242644_01243808.mRNA mRNA upstream 39955 1241961 ~ 1244413 (+) True CI01000321_01242644_01243808
CI01000321_01238511_01240051.mRNA mRNA upstream 44042 1238374 ~ 1240326 (+) True CI01000321_01238511_01240051
CI01000321_01227049_01234989.mRNA mRNA upstream 49223 1226351 ~ 1235145 (+) True CI01000321_01227049_01234989
CI01000321_01221875_01223087.mRNA mRNA upstream 60753 1221564 ~ 1223615 (+) True CI01000321_01221875_01223087
CI01000321_01213692_01214996.mRNA mRNA upstream 69112 1213561 ~ 1215256 (+) True CI01000321_01213692_01214996
CI01000321_01342947_01344272.mRNA mRNA downstream 49683 1342900 ~ 1344611 (+) True CI01000321_01342947_01344272
CI01000321_01348009_01350252.mRNA mRNA downstream 54792 1348009 ~ 1351774 (+) True CI01000321_01348009_01350252
CI01000321_01362387_01381302.mRNA mRNA downstream 69170 1362387 ~ 1382657 (+) True CI01000321_01362387_01381302
CI01000321_01411682_01416499.mRNA mRNA downstream 118465 1411682 ~ 1416536 (+) True CI01000321_01411682_01416499
CI01000321_01473475_01476619.mRNA mRNA downstream 180258 1473475 ~ 1477216 (+) True CI01000321_01473475_01476619
TU524456 other upstream 461521 818464 ~ 822847 (+) True G456881
TU524336 other upstream 857343 426083 ~ 427025 (+) True G456774
TU525588 other downstream 2496101 3789318 ~ 3789972 (+) True G457857
TU527032 other downstream 2713409 4006626 ~ 4009532 (+) False G459103
TU527033 other downstream 2713446 4006663 ~ 4009532 (+) True G459103
TU527265 other downstream 3192180 4485397 ~ 4488552 (+) True G459303
TU527165 other downstream 3222317 4515534 ~ 4518187 (+) True CI01000321_04515562_04517953

Expression Profile