RNA id: TCONS_00022024


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00022024
length 4437
lncRNA type inter_gene
GC content 0.29
exon number 2
gene id XLOC_010201
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 43119050 ~ 43124236 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO:

id name namespace
GO:0006396 RNA processing biological_process
GO:0051276 chromosome organization biological_process
GO:0051301 cell division biological_process
GO:0070972 protein localization to endoplasmic reticulum biological_process
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GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
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GO:0044446 obsolete intracellular organelle part cellular_component
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GO:0043227 membrane-bounded organelle cellular_component
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GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko04623 Cytosolic DNA-sensing pathway
ko05164 Influenza A
ko05169 Epstein-Barr virus infection
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00022019 lncRNA upstream 70771 43041505 ~ 43048279 (+) False XLOC_010199
TCONS_00022018 lncRNA upstream 70771 43041505 ~ 43048279 (+) False XLOC_010199
TCONS_00022020 lncRNA upstream 70771 43042148 ~ 43048279 (+) False XLOC_010199
TCONS_00022021 lncRNA upstream 70771 43042719 ~ 43048279 (+) False XLOC_010199
TCONS_00022022 lncRNA upstream 70771 43044287 ~ 43048279 (+) False XLOC_010199
TCONS_00021749 lncRNA downstream 562917 43687153 ~ 43687568 (+) True XLOC_010208
TCONS_00020211 lncRNA downstream 641743 43765979 ~ 43818565 (+) True XLOC_010209
TCONS_00020220 lncRNA downstream 2078854 45203090 ~ 45206236 (+) True XLOC_010216
TCONS_00020221 lncRNA downstream 2093071 45217307 ~ 45273719 (+) True XLOC_010217
TCONS_00022026 lncRNA downstream 2331744 45455980 ~ 45481848 (+) False XLOC_010220
TCONS_00020202 mRNA upstream 955 43077909 ~ 43118095 (+) True XLOC_010200
TCONS_00020196 mRNA upstream 275653 42829735 ~ 42843397 (+) False XLOC_010196
TCONS_00020197 mRNA upstream 276080 42830152 ~ 42842970 (+) True XLOC_010196
TCONS_00020191 mRNA upstream 435549 42667560 ~ 42683501 (+) True XLOC_010192
TCONS_00020190 mRNA upstream 623667 42482270 ~ 42495383 (+) True XLOC_010190
TCONS_00020203 mRNA downstream 15268 43139504 ~ 43150489 (+) True XLOC_010202
TCONS_00020204 mRNA downstream 28491 43152727 ~ 43284939 (+) False XLOC_010203
TCONS_00020205 mRNA downstream 28503 43152739 ~ 43159418 (+) False XLOC_010203
TCONS_00020206 mRNA downstream 95127 43219363 ~ 43243567 (+) True XLOC_010203
TCONS_00020207 mRNA downstream 220239 43344475 ~ 43346916 (+) True XLOC_010204
TCONS_00020200 other upstream 220540 42898429 ~ 42898510 (+) False XLOC_010198
TCONS_00020198 other upstream 241039 42876446 ~ 42878011 (+) True XLOC_010197
TCONS_00020194 other upstream 337656 42772712 ~ 42781394 (+) False XLOC_010194
TCONS_00020166 other upstream 1570613 41546763 ~ 41548437 (+) True XLOC_010175
TCONS_00020157 other upstream 2064818 41042310 ~ 41054232 (+) False XLOC_010166
TCONS_00020214 other downstream 1481090 44605326 ~ 44605440 (+) True XLOC_010211
TCONS_00020216 other downstream 1558829 44683065 ~ 44687935 (+) True XLOC_010212
TCONS_00020217 other downstream 1580136 44704372 ~ 44705154 (+) True XLOC_010213
TCONS_00020228 other downstream 2463978 45588214 ~ 45588330 (+) True XLOC_010221
TCONS_00020229 other downstream 2542499 45666735 ~ 45666852 (+) True XLOC_010222

Expression Profile

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