RNA id: TU547940


Basic Information

Item Value
RNA id TU547940
length 422
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 1
gene id G477495
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000335
NCBI id null
chromosome length 1176510
location 537654 ~ 538075 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TTTTCGAATTGCAACTTAAATTATTTCCTGTAGTTTTATGATCCATATGGTATGTCTCTGTTGTCTGGCAATGTTATTTTCTTATCTCATTTTTCTAAGTCTAAAAACAAATGTTTGAATTTTAAAACGTTGCTCTTGAGAACCTTGTACTTAAACTGACAGTGGAGAACCAGTTAAGCTAAGTTCAGTGTGGCATTTCCATGTACCCGAACACGCAAATTTTGTTACAGATACCACTCCAGCTGTTCTTGCCTTAATGGTTCTGGTGTTTTGTTCATGTTTTCATTTGCAAGGTGAGGGTTGTTTTCTAAATCGGTTCCTCTAAAATGTCTCCTCGAGGCATATTGGGAGGCTTTTCACATCAGGGTGAAGTGCATATTGATTTGAAAAACACTATTCACCACCATCACAGGCACAGACCGTGCACCGACAGCCCATTTCTTACCCTGTAACGTTTGCTACACCCCACCGAGTGCGCAGAGCACAGGGAGCATGTGTGCGTGGACGTCTGTGCGTGAGTGTGCGCGTGTGTGCGTGCGTGCGTGCTAGGCGAACAGCTGTCATGTCAAGACCAGAGCCTTAGTCTGAAATCTTGCACAATTTGTAAAAAATGTAATAGGAAAAACAAAAAACATTGTATTTAAGGCACAGAGTCTTGTTTCTACTTTCCCAACATTTGCTCTCTACTAATTGTTTTGATTAACTTACTTTTCTCTTGTGGCCATTTTAATATTTATTCTGTATTCTTTTTGTATATTATAGGTAGATAGTGTGTAAGTTTGTGAGTCTTTCATTTTGAAGTCCCGAATGTGAGTACTGTTTAAGTTAGGACTGCAATTGCTGAAAGTTAACTGTGTAATCTGTTGCTTACATTTTTGAAAATAAAATTTTACATTTTGCAAAACCTGTTCTTGCGATTTACTCCCAAAAAAGCACCGGCCTGGTCCCACGCTTGGTTCAGCAGGCCCAAAGCAAAATGAAAGCTCAATTAGCGGGGAAAACATGTATAAATATTGACCGAGGCAGGCTAACAAGCTTATCTTTGCTATTAATGATCGCTTCGCATTGAACTGTCATGATTAGTCTCTCGCTAATATGTTTCTGTGGCCTGTTTGTGTTCCTGTTTAATTACTGTAAAAATTGTCCTCTTGTCTCCTCTCTGATATTACTAGGCTCGCTTTAACCATTAAGCGCTTTTTGCTTTGTCACTTTACCTCTTCATCTTCTCCGTTTCATTTCTGGCTAATTTCAGACTGTGGAGTTTGTTTGGATGCCGCTTTTCCCTTGTGAACGCTTTTGAAAGTGATGAATTATCTCTGCATTCTGCAATACAATACAACAGCAGAGTTTTTCCTCTGTTAAATGTTACATTTCCAATGCGTATTTCGAACTGACCTGAAAAATGCTTAGAGTAGGCATGCATTTGCAGCAAAAGCGCCCACTGTTATAATGTGAGGAGTGTCATTAATATCGCTGAGAAGTTCTTCATTTAACTGCAGCCTTCGTCAAAATCCATTTAGGTTTTGTAGGCGACCAGGGATGCTTTCATTTGAGTCCATTAGCCCTTAAGTAATAGGATGCTGGTTAGAATAGATCCTGCCAAATATTTCAACAGCCTCATTTTAAAGCCTCGGATTTTATGTAAACACCCATAGAAATTCTGACATATGTGGGACACTGCATATCTAAATTAGTAATGGAGCAAGGCCTGGTGTATTTAGCAGTGGTTTCCTCTGTAAAGGTCAACACTGTCTCATGACCTTATGTCAAAATTATATAATCAAAAGTGTCAAGTAAGATCAAAGAATTAGGACTCATTTGAGGCTTTTCCTGTCTCTATGATTCATGTCTTCGAGATTAAAGTCATGCCTCTACTTAATGTATTTTGAATATGCCAGTTAAATTACACAATTTCCAATGGGTTTGACATTAATATACAACATATGTTCTTTTCTGTTCACATCTTGTTGCATTTGTGCATAGAAAACCCTTCGCTCGCTAATAATCTCAATGAATGTGGATTCTTTAAACTGACTTTTCAGAGAAGATATGGGAGTCATCATCATTTCTATTCATTGATTATTTTTTACTTAGAGGTGCACTAAGTACTTTTATGTCTTGTTGACCATGCAATAGTCCAAAAGATTCACCAAAATTCAGTTAACAATGCCATTGTAGAAAAATATGTTATTCACAGGCACATTTGTTAATTGAATGTCGATGGTTTCATGCTCTTGGCAGCCAATAATTCATCTCACATTGTGGCTGACACAAACCATATTTATCTTTGTTATAAGCTAACCCTATAGCTTAGGTTGTATTTTCTTTTACCTTAATTCTGCAACCAAAAGTGTTCAATAATGGGGAAATGGGGGTATAGAGATACAAATAATAGTATTCAGCAGGTCATGTGATGTCAACATGGCAACCACCATGAGGGGCAACCACCCATATGTAGAATAAAACAACTTTTTCTAGACCACTGATATTACTTATGTGAGCGTACATCATTTTAATCATGTTTTAAAACATGTTCATTCACTATCCATTTTTGTTAAATGTTAAACCTAAAAAAGTATGAAAAACTATATTTGAACATTACTCAAGGGTGCACAACGTGATAAGGGGCTTTCGCACCGGAGGAACCTTTTCATAGTTCCTAGAACTATTGGCTGAAGTACCCGGATTTTGCCATGTTCTCAATGCAGGAACTAGGAACGATTTTAGTTCTAGGAACTCCTTTTGGGGGAACTAAATTAGCTCCTACTTCATAGTAGGGTCTAAACCAGCTCTATAGGAACTATCAGTGACATAAGTGTACGTTGACTGGTCAAACGCATGTCAGACACCGGCACCCGGCATTTTTAAAAAGCTGTGTAAACATATTTACTTCACAAACATGGAAAACATAGATTGTCATAGATTTCTCTTAGCCCCACCTTTTGCTCTTTCAGTCGTGTAAATTATGCTTTTACATTTCATCTCTCTTCTATCACGAAACCCACAACACACAACAAACACAGCTCCGATCACGACATCCTCCATCCACTGCTTTATAACGTTTGTAAAGACGCTGCTATCGGCCGATCCAGAGTTCCTATTCCTGGTGCGAATGCAACCAGGATCATGGACCAGTGGAGAAATTAGTTCTCTGGGAACTATCCTAGTTGCTAGTTCCTCTAACTGAGTCCCTAGAACCATTCAGTGCTAAAGCCTCTTTACTGAGTTTGCATTTAAACTGCAATTTATTGGCCATCCATATGATTTTTAAAAATTTTTTATTTTAATCATATTTACATTCTTAAAACATTTTCTGGTCTTACTGTATACAATTTATAGGTGTACATAAAAACCTAACCTTTCTTCGTAACCTTTTATAAAAGTATGGTAACCTCCATCCTGGTGTAACAAAACCCTCTTACTTTTTCAACCTACTATTATGCGATGCCCACTTTTCACAATCCAATTGATTTTTCTCACCGAATATCCTGTTTCTCTCAGAATTATACGGAGCCCCTAAAAGGACAAGGTGAATGTTTTTGCATTCTCTCGCAAAAACTTTTGCACTCTGCTGAGAAACTTTGCGTTCGCAAAGGTTTTGCAAGCGCACTTTGCATGTGAAAAGTTTTGCGAGCGTTTCTCTGGGGAACGCAAAACATTTGTGAGAGAACGCAAAAGCATTGACTCATTTTTTTTTCACCACCATGTCCCTTTAGAGGCTCAGTAGAAATATGTAACATTAGAAAAGTAAAATGGGTTGCAAACACTATTGCCATCGACTTTTATGTTCATTTGTAGGAATGCAATAAATCATTGCAAGATGAGAATCCTGAAAGACAATTTCACAATTTGTTCTCTGCCAAGGACATGTACATCTACAGTGGATGACATTTTTGCAGCCTTCAATGTAACCACAGCAGAATAAATGCCAATTACCGTCTTTGACAAAGGCTTCTAGGCTTTGTTCTGTTGCTGCCTTTAGTGTGCAATAAACCTCAAATAGACTTGTGAGAGTCAAAGCAGTCCATAACATGGTTGACCAGCCAGGCCGCTTTAATGCATGCAGAGGGCAAAGGCCCCTCCTGTAGCATGCTGATGTACTGTGATGGCTTTATGCATGTATGTTCCGTCAGTTCATTACTTGACGTGTGTGAGGCAGGTGGAGCGGAGTGGATGGGGAAGGGGCGATGGGGGAAGTTCATTACCGCACCGTTAACTTGAGCTGTAAAGCACGATTGGGGCCACAAGGTCCCCACTTCTCTCAGCATCCCTGGTGAAATATCTCAGAGTCGGCTAACAGTTATCAATGTTTCAGGAGACGCCTGGTGCTGTCGAGGCAGAGCCGGAACAGCAGGGTTTGTTCTAGCTTTCGATAGGGCACAGAACTCCTCTAATGTAGCTCTTGCGGATCGATACCTAAAGTGAACAATAATGGATAAGTCATTGTGTTCGTTGTTGAATTTGTGCCCTACAAACAAAATTGGCTCAATGCTAACTACAGCAGAGGGCTTCGGCATTGTCGCTTCAAGCAATCCACATTCTGTGGCATTAAAACTCAAATATCACCAATAATATTTGCTAGCACAGAGTTAAAGCAGAACTGAACTGTGTTTTTTCCAGATGATTTCTGATCTTTTGCTATCCTGTTTGCACAACACACTTCACCTTTAACAGAAATCATAACATATTCAGCTGGGTTTCTACACAAAAACATCTGCATCACAAACAAATCAGTTTGTTGACAAGCTGTCTGGGAAAAAAAGCCTGTCTTCTTTAGTCTGAAGATGTCTGGATGGGTTGAATGCCCTTTATCTGGAAGAAAAAAAATGCATGGCAGAGTGCAAGATGGAGGTGCTTGAATGAAAGGCCAATAAAAATCAAGATGATGATGGCCGTTCCCTTGGGACCTGCTGCGTTGCTGTATTTATCATCATTCTCATTCCTGTAACAGCCCACTGGGGCCTTTGAATACAAATGATCAGGTAGACCGGACCAGAAGTATGTGTGTAAAACTAGATCCTTGTCTCGAAAAGTCTGCATACTTAGTTTTATCAGCCTGCCGTGCTGCTGGCTTTGTAAAAAATATCCCTGCTTTAAATAATAACTGATTAAATAGCAGGATATTAATAGCAGAAGCTCCAAAGGCTGCCTGCAGCTTATTTAAAGGGATAGTTCATAGAACTAATGAAAATCTGTCATTATTTATTATCATGTTGGAATGTTTTCTGTGAAACAAACAAGGAGAAAAGTGTCAAAAATAGTGATGCAAGTAGGTGGCGACAAGTTACTAACTATGCCCGAAATTGCATACTGAGTAGGTTAATTAAAAAGTATGTTCTATATACTATGAATGTGGGTACTAGTATGAATTAGTTTCAGATCTACTACCAGCATCAGTTGCGTCACTTCACTGCCATTCATAAATCCTCTCCCGTGGCCTCATGGGATAGTAAAGCCTCCATCGAATGAGAACTCCAGAATCTCTGTGGAAGTAGTAGGTCATCAATACTGTTTTTCAAAAACTATGTACTCATACTACTCTTTTGGCGTAATGTTTTTCACATACTATATAGTAGGGAAGTATTCAATTTCAGACGCAGCATCTGTCTTTATGAGTGAGTCATTGATTCATTTAATCAACCAATTTGTTCAAAACATGGATTCATTCACGAACGAAACAACTGACTGTCATAATCAGTGACTTACTGAATCATTCACTTAACTGATTTGTTCAAAAAAACACTGATTCACTCATGAACAAAACAAGTGACACATAAGTCATTAAAGGAATCAGTTATCCAACTGATTCGTTCAAAAACACGGATTCACTATGGAACAAAACACGATTGTGTGTTGCTCAGAGATTTTCATTTTCATTAACTTAGTTTAGAGCTTTTTTTGTAGCGCAAAACTAAACAAATTAACTGGCAACATTATGTCTAAAATTAAAGTCACCCAATTTTATCTTGTTTATTGGCAATATCACACTTGCTATATATATATATATATATATATATATTCTAATGTTTTTTTATTTAACCATAAAACACTTTCCAGTCTGTGTACATATTAAAAAACAGTACATCAAACATATTTTACCTGTGTGTTACACAAAATAATTACTGCACACAAATTTGGAAGGACTTGAGAATAAATAATGACAGCACGTTTACTTGTAGCTCTTTAAATACATTTCTTTGTCTCTTCTCCTCTAAATGAAGGATCGAAATGTAGTTTCATTACACCATCCCAGAGGAATTCAGACATTGTCAGATCACCACTGCCACATTCAGTAATGGATGACGTGCTTATTTTCTCACATCACTTTGACAGAGGACATTATTCATTCATTCTCTATCATTTCCTTCATGTTGGTGCAGCATAAACAGCGATTATCTGCTAGAGATCAAAGATGTTTCCTATAGCTGCGTGGAAACCTTGATTAAAATCTAAATGTTTGCTTATTCAACTACTGACACGTCCCCTCAAAACCCCCTTAGGGTGACTAGTAACAGAATGAACACACGGCTCGAAATGCCTCTCTTACTGTAGGTCTCTGAGAGAGCTTATGGCACTACATGTTATTTAATAAAACACAAGTCAGTTTATTTCAAAGACAAATTGTTATGATAAATGTGAAGATTGTTAGATTGTTATGATTGAATGTTCTTCACTATGCAAATTATTCGGTTACACTTTATTTCGATGTTCCACTTTAGACATTCTACTAACCTTCCAACTAATGTACATGTCAACTAACTCTCATTACAGTATTAGTAGACTGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGTAGAATAAGTTGACATGTAGTTGCAAAGTTACTTACAGTTAGTAGAATGTCTAAAGTGGACCATTCTAAATTGAATGTGCATTACAGCAGTTTACCAACGTAAGATCAATGTTTCTCAACTGGTTTTGCTTCAGGACCCAGATTTTACATTCTACTTCAAGTGGCGAGTACCAAAATTGAATTTCGATGGTTTCATGCTCTTGGCAGCCAATAATTCATCTCACATTGTGGTCGACACAACCCATATTTATCCTTGTTATAAGCAAACCCTATAGTTTGGATTGTATTTTCTTTTACCTTATGTGGTTTTATTCAGTGTTTTTGAGGATGAAGATATGTCACACAACCCATCTATGTCGGCATCTGGCTAATTTTGTGAGCTTCTACCAAGTGACTGTCAAAATACCGCAAAATTAGAAGAGTTTTCACCTCTCTTAAATATGTGTATACACTCTAAAAAATGTTGAGTTGTTTCCACCCATGTTTGGGTCAAATATGGACAAACCCAACTGTTACATTTTTAAACCCAATGGGTGGGTTTGTCTGTATTTGACCCAAACATGGGTTGAAACAATCCAGCATTTTTTAGAGTGAATACATCACTTATTTTCCTGTTTTCCACAACCAGACTCATTTTTGTGTTTCAGCTGTCCAGTCAAGCACCAGTGATTTAGAGCATCTAAGCATGAATGAGGATTCTTACGGCGAATGTGTTAAATGTTTATCTTTGTCATCTCATTTCCAGCCCCATGTAGTTGTACAACAAGCTGACGTGCTTGAAATGCGAGGACAGGATGTCATTTGCATATCATCTCTTTCAGTTACAGTTACAGAAAGTGTCAGTGTAAATGGGACATTCAATACAGACCAAAAGAAAAATTCTTCTTATTTTATCATTTAATTTAAATTATATAACTTCTTTATTTAATATTAACCAGTTTTATTATCATTGACTAATACTAAAACTATTAAACACATTTCTGAACTAAAATAGCTCTATATAACTCTACACCCTTGTTTCATTTAGTATAGGTGTACTCATAAATATGCAAATTAGTCCCCGCCTCCACTCAGTCGCACCAGCTCAGACCTGCTGATCCACTCGGTCAACTGTAGTAAACGCTACACAAAAGCAAGTGGAAATATTTGTTTAATTCAGCCATATATGTTTGAACCAGAAACTGATTCAGAAGAAGAAGAGGAAGAGCAAATTATACAGGGTCGATGTATCAGAATGGTAATGCGTTTTATGTACCGCTCTCTACAATGTCGGACACATAATGGTAATTGATATGATTAGCCTTTGGCTTGACTGCGTTATCAAACAGCTAATAATGTGTTGCTAATGTTACACAAACTATTTTCCTGTTCACCGTTTCAGAGTCAGACAGCTGCTATCTAAAAATCAGTATTCTTAGAAATGCTTTGAACGTTATAGAAAGTCAGTGGAGAAAAGCCCCGCCCACACGTTGACGGGGTTGGTTACATGTTTGTGACGGTAGGAAACGGGAGGTTTCAGACCACGTCTTTGGTACACTGCAGTCTTAAGGAGAAAATACTCGGTAATGGTGTTGACTGATGAATTTGCACATGGTTTGTCTTAAAGCATTTCAAAAACACCACAAACATTTAAACAACATTAACTCTTTCCCCGCCATTGACAGAATTTTTGTCGACCCAGGATGAGCTATAGGACTGTGCAAGCTTTAGGGGTGTTGAGGGACTCTACTCCATCTATGTTTGGATCATTGTTCTGAATCTGATTCGGACATAATCTTTGACAAAAACATGATTTTCTCAGCTTTTTTGTTCATTTTTTTATGAAAATAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAGAAACTTAGCCACATTCAAGTGTTTATAAAAAAGAATGCATGAAGCTAGAATAAAATGTTCTGCTTTTTCTTTTCATATGTTCAGATATTCATACAACAAAATATTCTGGGGGCCATGAAAGTCTTGTGAAAATGATTTTTAAAAAAATGATGGCCCTGGTTGGCAACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGGGGAAAGAGTTTTTTTTTTTTTTGCATTTAGCACTGAAATACTGTGGCTAAAATGACTGTTTAGTGAATTAAAATGCGCAAGGTGATGACTGTCTTTTAGTGTGTGCTTGGCCTTAAAGGATTAGTTCACTTTCAAATGAAAATTACTCCAAGATTTACTCACCCTCAAGCCATCCTAGGTGTATATGACTTTCTTCTTTCTGACGAACACAATCGTAGAAATATTAATAAATATCCTGATGCATCCGAGCTTTATAATGGCACTATGCGTTACCAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0004930 G protein-coupled receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
K04302 SREB2, GPR85; super conserved receptor expressed in brain 2

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU547932 lncRNA upstream 1882 523714 ~ 526896 (+) True G477489
TU547969 lncRNA upstream 122497 405053 ~ 406281 (+) True G477523
TU547875 lncRNA upstream 135652 327884 ~ 393126 (+) False G477441
TU547873 lncRNA upstream 135652 329290 ~ 393126 (+) True G477441
TU547893 lncRNA upstream 202698 325859 ~ 326080 (+) True G477458
TU547950 lncRNA downstream 17173 555248 ~ 612384 (+) True G477505
TU548039 lncRNA downstream 83889 621964 ~ 622163 (+) True G477588
TU548040 lncRNA downstream 84665 622740 ~ 623214 (+) True G477589
TU547942 lncRNA downstream 86723 624798 ~ 627290 (+) True G477497
TU548056 lncRNA downstream 179023 717098 ~ 803072 (+) True G477605
CI01000335_00489106_00492720.mRNA mRNA upstream 35805 488688 ~ 492973 (+) True CI01000335_00489106_00492720
CI01000335_00286459_00296460.mRNA mRNA upstream 231522 284727 ~ 297256 (+) True CI01000335_00286459_00296460
CI01000335_00193513_00197704.mRNA mRNA upstream 331014 191873 ~ 197764 (+) False CI01000335_00193513_00197704
CI01000335_00149953_00163006.mRNA mRNA upstream 365239 149953 ~ 163539 (+) True CI01000335_00149953_00163006
CI01000335_00103583_00132304.mRNA mRNA upstream 396349 103472 ~ 132429 (+) True CI01000335_00103583_00132304
CI01000335_00586957_00597421.mRNA mRNA downstream 48882 586957 ~ 598108 (+) True CI01000335_00586957_00597421
CI01000335_00681430_00741137.mRNA mRNA downstream 143355 681430 ~ 741222 (+) True CI01000335_00681430_00741137
CI01000335_00884515_00888701.mRNA mRNA downstream 346263 884338 ~ 888831 (+) True CI01000335_00884515_00888701
CI01000335_00930276_00934328.mRNA mRNA downstream 392201 930276 ~ 936380 (+) True CI01000335_00930276_00934328
CI01000335_00988268_00990978.mRNA mRNA downstream 450193 988268 ~ 991337 (+) True CI01000335_00988268_00990978
TU547947 other downstream 11447 549522 ~ 554633 (+) True G477502

Expression Profile