RNA id: TCONS_00021774


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021774
length 6142
lncRNA type antisense_over
GC content 0.40
exon number 7
gene id XLOC_010359
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 227820 ~ 239273 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATAGAAACGGCTGGAGGAGCACAGCTGATCAGCAGTTCAGCACCTCTGCATCTCAggatatcatcatcatcatcatcatcatctcccgGATCATCAGTGTTTGCGCGGTGTGTTTTCTCTGTCTGTCGGACTCTGAGGATGTGTTCTGCTCTGGGCATTCATCAGTAACTCCTCGGTTTAGCTGTTCTTCATCAGTGAGGATGAGTGCGGAGAAGCCCAACTTCCTGTCTCAGCCCGAGGTGAAGAGCATTTACTTCTTCCGCAACGGAGACCCGTTTTTCGAGCCCCGGCGGCTGGTGCTGAACGCGCGGCGGGTGTGCGGGTTCGAGGCGGTGCTGCGGGAGGTGACCGGCGGGGTGCGGGCGCCGTTCGGAGCCGTCAGGAGCATCTACACGCCCCGCGGCGGACACCCGGTGCTCTCGCTGGAGGAGCTGCGGAGCGGGGAGCAGTATGTGGCCGCCGGCAGAGAAAAGTTCAAGAAGATCGATTATTCGCAGATTGGAGCCAGGAAGAAGAGAACACTTCAGCTCAATGGAGTGTTGAAGCCTGTTCCTCAGAGTCGAGTGATGGTTTCTGCACGCTTCCTCAAGCCCATCAAAGAGCCCTGCACAATATTTATTGTGGCGAATGGAGATGTCCTGAATCCAGCTGTGAGGTGTCTGATTCCCAGCcgtgtgattggtcagtttgagcGAATTCTGGAGATGATTACAGAGAAGATGGGCCTGCGGATCGTGGGTGGAGtgcacagCCTGTACACTTTCGAGGGCACTCTGGTCATGGATGGGAGCGAGTTAGAGAGCGGGCAGTTTTACGTGGCCGTCGGCAGAGACAAGTTTAAGAAGCTTCAGTACAGCGACCTGCTGTTCAGCAAACACACGGCGGTGAAGAGAGTCAAcggGTCTAAAGCGGCGTCTCTTCCACCCATCTACAAATACAGACGGCAGAATGGAGACgtgttgAACCCTCAGagtaagtgtgtgagtgtgcaggATAAGAGCGCAGCAGCGGTGAGCAGCAGCTCAGAGGATCAGCTGATGTCCATGGTGAGGGAGATGTCTCAGGCCAGACTCAGAATCATCCGCAAGAAGAGGAGCATGACCACCTCACTGGAGACACAGGACAACGGttagacatgcacacacacacacacacatgcacactagaCGTTGATCTGGAGCTCCACAGGGTCCATATACATGACCCAAATCTCTGCTCACTCCTGCCCATGCCGAACACAGTGGAGCAGCAGTGGAGATCTGAAGCATGGGGGGTCATGGCATTTCCTAGACCCAATCCTGGTGCTAGATGGGCACTGGGTCACTGTCAAGGACTACTTAGCCATTCTGGAGGAGCATGTGACCCAATGGGTCAAATATTGTATCCTGAAGGTGGTGGTGTGTGTCAGGATGATGATGCAGCAATACACACAGCAGGACTGGAGACAGAGCGGTCTGATGAACATGACAGTAAAGCTGAatatctcccatggcctgcacagcaCCCAgattaaacattattgagcactttggggtgttttggaggagtgagTCAGGAAAGGTTTTCCTCCAGCAGCATCAGTAGTGACCTGAACACTGTTCTGATTCATGCTGTGCAGGACTCGAGTCTGTCCTATACACCTCACACTGATCAACTACTGTGCTCTAAAACCAGTTGACCCAACACGATGCAACAACACAGTTTGTTTTCATCAGTGTTAGATGTTTGTGCTCCCCAATGTTTGCCTTTAAAGTCTCTCAGGCTCACAATACTCTTGTATATGGTGCCATTTAAAAGCTTAGAATAACTTTTTTCTACAGATATGCGTCACGTGGAAATGTTTTATTGTAGTAAacttatttacacttaaatgtacatacatacattcatatttACATACAGTCTAGCCTGAAATAATTCCTCCCCCTGGCTTATTGTGCAGCTGGTAGACTGCAGTGctgtgagtgtgcatgtgaggGCGCCACTGCTCTGTGGATGAACTCAGTACAGCCTGACtgattcagttcagctcagtcCCATCACACTCACATCAGATCTaatccaattcattcattcattttccttcagcttagtccctttattaatcaggagtcgccactgtggaacgaaccaccaattggcccagcatatgttttacacagtggatgcccttccagttgcaacctggtacagggaaacactcattcacacacacacttatacactacggtcagtgtagttgatcagttcccctatagcgcatatgtttggactgaaactggagcccctggaggaaacccacaccaacacggggagaacatgcaaactccacacagaaacaccaactcaaccagccgggactcaaaccagagaccttcttgctgtgaggccagaTTGCTGACCCCTGCAGCACCGTGCCGCCCTAATAATGTCAGTGTGGGGAAATCAACAATACTCCAGCATAGCGGAGCTGGAATGGCAGTGAGCGGCCGGACTGAACAGCTTCATCTCAGTAAATTCAGCCGCTGATCTGAGGTGATCTGCGCGTGGGTCAGTCTGACCAGATCAGATCTAAATTAATGAACTCATTCAAGTTTCCAGCGTCCAGGGTTCATGTCTGCGTGTCCTTCATGAAGCGTGTGTTACTGACGCAGTGAGACCAGCaagcaaaacacacacatgttCAAATTAAAATGAGTGTATTTCACACCCCACACACtgcttattttcagaaataatgagtcaaatgaagtgagcttttccttaaaaaaaagccAAATATTCTTATATCACAAGGAAAAAGAAGATTATTCactccattgtcagattattctgcttgttttaggGAGAAACTCTCCTCATTTCACTCATTATTGCTGGACACAACACTATATTTAGTGCTTGTCTATAaaaggcttcttgatttaagagtttgtatATATTTAGACCAGAAGCGAGACAGAAAGTCGTATTTGTGCAGCATATGCAGTGTTTCTGTGTAAAAGTTTGACCTCCTCTGTAAACTGCACATCATCATAATTGGAGAAGGTCTAATATTTGCATCAATAGTGCTCATAGTGAGATAACCACATCACCCTCTGCGATTAAACCGCTTCTGTCAGACATATTTCACAGCGCTGATAATGACAAGGTCATGAATATGATGATTCCCCCTCATTTGCATAAACGCATCATCATTAAGGGTTGTGACGCGGCTGCAATCACATCTGCAggttttatgagtgtgtgttgatcTCCATCTCTGTGCTGCGGCTCATTTGCATCTGATTGATTATGCGTCATGTGACCTGACGGAGGTACATCTGATGATGGCTGATATCTGTGTAGATTTGCATGCTGATATTACTGTATGCAGATGAGCGGACACTATGGCCAGCACTGGCGTTTACTGGAGGAATCCAGGAGCTCCTCATCAGTAGATTACAGACAGCAGGAGGAGTTGAGGAGATCAGCTGGAGACTCGCTGAAGATCTTCAGACTGAAGCTGCCgttacactagagtttgagcatgtgaaattctgtaaaaaaaaacgcGATgtatgtgtctgtggtccttcacggACTCTAAAGGTGAAGCTTCATAGTGTTGGGTCAACCAGCCATTGTGTATTGAGtctcctgtcacaaaatgcagcaacaagtcctacatgacagtaatagtttgattaggaTGTTTCCATGTCTacgctgcacttcaataatgccattaaaatcagcatactccacgtgCATTAATAcacttttagtttagtttgataATGAActtaaatctgattaaattaataaaaactaaaaatgtatatattaaaataaaaaattaacaaaataaaaaaagataattataaattaataaaataaaaaaattaaaattaaaaataaataaatttaaatgaaaaattataaaatttaataaataaataaataaataaatttaaataaaaaatatataaataaaaaaataaatagttaattaattaaaataaaaacattataaaatgtaaaaaaaataaatacattaaaattaattttaatacaataaaaaaataaaatcaaaatgaaaaaattataatatttaaaaaataaattaattattaaattaaaatataaaataacaaaataaaaaataattatttattaattaaaaaaaataaaaaataaataaattcaaatgaaaaattataaaatggaaaaaataaaataatattaaaaatatattaaataaaaaattaaataaaaaattatatttttttaaataaataaataaattttatatatatatatatttaatatataattatttaaaaataaaataaaataaataataaataattatttagaataaaaacattataaaattaaaaaaatagggaaattaaaatattttttataaaattaaaaaaataaataactcaaaataaaaaaatgtaaaattaaaaaaataaataaattagttattaaaaaatatataaaattttaaaaataaataaaataattaattaaaataaaaaataataaatacaaatacatcaatcaattaaaattaaaatatataaaattttaaaaataaatacaattatttattaaaattaaaaaattacaaaaattttaaaaataaataaatttaaataaatttttttttttaaaataattaatgaattaaaataaagaatatatataaaattaaaaaataaataaataaagtatagctttaattgtattaaaatcaaatgattggtgtccatgtaaacatactcagggAACTTTCCTCAACACCAGCGTACGTGTTGAAGACACTGTGATGAAGGACTCTTACATGGTGTAGGGTTCATATGAGTGGAGCTCGTCTCTCCATCACTGCGCTGTTTACTGCAGCGTTAGCGCTCCTGCTTGCAGACTGAGCTTAATAAATGTGAGCGATCTCCATCAGATATTCACACAAGCCCATTACTGCTGCAGCGGCTCGTCTCAATATTATTCCA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021773 lncRNA downstream 21561 204125 ~ 206259 (-) True XLOC_010358
TCONS_00022065 lncRNA downstream 49957 173564 ~ 177863 (-) False XLOC_010357
TCONS_00022067 lncRNA downstream 49957 176394 ~ 177863 (-) False XLOC_010357
TCONS_00022066 lncRNA downstream 49957 176394 ~ 177863 (-) True XLOC_010357
TCONS_00022064 lncRNA downstream 160113 66537 ~ 67707 (-) True XLOC_010356
TCONS_00022068 lncRNA upstream 63482 302755 ~ 313553 (-) True XLOC_010362
TCONS_00022069 lncRNA upstream 106990 346263 ~ 353780 (-) True XLOC_010363
TCONS_00022070 lncRNA upstream 115573 354846 ~ 365399 (-) False XLOC_010364
TCONS_00022071 lncRNA upstream 115573 354846 ~ 366915 (-) False XLOC_010364
TCONS_00022072 lncRNA upstream 115573 354846 ~ 367144 (-) False XLOC_010364
TCONS_00020402 mRNA upstream 8966 248239 ~ 263658 (-) True XLOC_010360
TCONS_00020403 mRNA upstream 38516 277789 ~ 280255 (-) False XLOC_010361
TCONS_00020404 mRNA upstream 38516 277789 ~ 280835 (-) True XLOC_010361
TCONS_00020405 mRNA upstream 139493 378766 ~ 383664 (-) False XLOC_010365
TCONS_00020407 mRNA upstream 316473 555746 ~ 563732 (-) False XLOC_010367
TCONS_00020422 other upstream 2399086 2638359 ~ 2641494 (-) False XLOC_010377
TCONS_00020424 other upstream 2496403 2735676 ~ 2735799 (-) True XLOC_010378
TCONS_00020433 other upstream 3971204 4210477 ~ 4211935 (-) True XLOC_010390
TCONS_00020438 other upstream 4288208 4527481 ~ 4527647 (-) True XLOC_010394
TCONS_00020445 other upstream 4376388 4615661 ~ 4619765 (-) False XLOC_010398

Expression Profile

//