RNA id: TCONS_00022126


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00022126
length 211
lncRNA type read_through
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_010483
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 11597384 ~ 11639472 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTTTTGCCGTCTCAGAGCTGACAGGGTTACTGTATGTACACTGATATTCTCCAGTGTCTGATCTCTGCACTGGACTGATGGACACTGATCTGTTATCAGATGAGAAGATGATTCTGCTGCTAGAAGACAGAGGACTGTTATCTTTCATCCACTGCACAGAGGTGACGTTGCCGTTTCCCTTTGAGGTGATGTTAGCAGATGATTCTCTCTC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00022125 lncRNA downstream 58563 11530885 ~ 11538821 (-) True XLOC_010482
TCONS_00020570 lncRNA downstream 59016 11437869 ~ 11538368 (-) False XLOC_010482
TCONS_00021786 lncRNA downstream 356164 11234889 ~ 11241220 (-) True XLOC_010481
TCONS_00022124 lncRNA downstream 585732 10980052 ~ 11011652 (-) True XLOC_010480
TCONS_00022123 lncRNA downstream 677950 10917584 ~ 10919434 (-) True XLOC_010479
TCONS_00020576 lncRNA upstream 135669 11775141 ~ 11779444 (-) False XLOC_010484
TCONS_00022127 lncRNA upstream 321158 11960630 ~ 11961493 (-) False XLOC_010489
TCONS_00022128 lncRNA upstream 322213 11961685 ~ 11963079 (-) True XLOC_010489
TCONS_00022129 lncRNA upstream 353094 11992566 ~ 12005084 (-) True XLOC_010491
TCONS_00020593 lncRNA upstream 412834 12052306 ~ 12054234 (-) False XLOC_010493
TCONS_00020568 mRNA downstream 355960 11227246 ~ 11241424 (-) False XLOC_010481
TCONS_00020569 mRNA downstream 361812 11227946 ~ 11235572 (-) False XLOC_010481
TCONS_00020564 mRNA downstream 760139 10828787 ~ 10837245 (-) False XLOC_010476
TCONS_00020566 mRNA downstream 762628 10830672 ~ 10834756 (-) True XLOC_010476
TCONS_00020563 mRNA downstream 1049603 10522596 ~ 10547781 (-) True XLOC_010475
TCONS_00020571 mRNA upstream 121130 11760602 ~ 11766265 (-) False XLOC_010484
TCONS_00020573 mRNA upstream 133923 11773395 ~ 11778933 (-) False XLOC_010484
TCONS_00020574 mRNA upstream 134374 11773846 ~ 11779661 (-) False XLOC_010484
TCONS_00020575 mRNA upstream 134382 11773854 ~ 11779514 (-) False XLOC_010484
TCONS_00020577 mRNA upstream 138799 11778271 ~ 11779508 (-) True XLOC_010484
TCONS_00020567 other downstream 680980 10916290 ~ 10916404 (-) True XLOC_010478
TCONS_00020565 other downstream 760152 10829809 ~ 10837232 (-) False XLOC_010476
TCONS_00020559 other downstream 1335759 10255207 ~ 10261625 (-) True XLOC_010469
TCONS_00020535 other downstream 2295190 9302079 ~ 9302194 (-) True XLOC_010455
TCONS_00020526 other downstream 3118375 8478880 ~ 8479009 (-) True XLOC_010450
TCONS_00020572 other upstream 121447 11760919 ~ 11779472 (-) False XLOC_010484
TCONS_00020591 other upstream 372602 12012074 ~ 12012188 (-) True XLOC_010492
TCONS_00020603 other upstream 599935 12239407 ~ 12239460 (-) True XLOC_010497
TCONS_00020604 other upstream 608390 12247862 ~ 12247920 (-) True XLOC_010498
TCONS_00020605 other upstream 610796 12250268 ~ 12250323 (-) True XLOC_010499