RNA id: TCONS_00022157


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00022157
length 300
lncRNA type sense_over
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_010663
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 22362472 ~ 22368440 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCAGAGATCCACAGAAGAGTCAGACACTTGATTAGATCAAGAAGATTTATAACACAGTGAAAGTCCACACTGACATATGTCTCTCAGTCATACATACATAGCAATACATAACTCAAACCACACTCTTTCTCATATCtacacacatatttaaataaactactgtaattaaactaaattaaaattgcaCTTTAGTATTACCGACAATAGTCTAATCAATTGATTTTCTCCCACTTTTTGTTAGAATGATGTCCGGTGCATGATTCTATTTGAACACTTTAAGCTTAAGTTGCTTTAATGAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00022156 lncRNA downstream 26955 22334292 ~ 22335517 (-) True XLOC_010662
TCONS_00020863 lncRNA downstream 298016 22060569 ~ 22064456 (-) True XLOC_010656
TCONS_00020861 lncRNA downstream 350152 22009140 ~ 22012320 (-) True XLOC_010654
TCONS_00021803 lncRNA downstream 350172 22009119 ~ 22012300 (-) False XLOC_010654
TCONS_00022155 lncRNA downstream 356020 21999848 ~ 22006452 (-) True XLOC_010652
TCONS_00021804 lncRNA upstream 143542 22511982 ~ 22514463 (-) False XLOC_010666
TCONS_00021805 lncRNA upstream 143542 22511982 ~ 22515521 (-) True XLOC_010666
TCONS_00020894 lncRNA upstream 424635 22793075 ~ 22863320 (-) True XLOC_010674
TCONS_00022158 lncRNA upstream 526236 22894676 ~ 22986656 (-) False XLOC_010675
TCONS_00020897 lncRNA upstream 648517 23016957 ~ 23019562 (-) False XLOC_010676
TCONS_00020870 mRNA downstream 59342 22295662 ~ 22303130 (-) True XLOC_010661
TCONS_00020869 mRNA downstream 68207 22288777 ~ 22294265 (-) True XLOC_010660
TCONS_00020867 mRNA downstream 111015 22236961 ~ 22251457 (-) False XLOC_010659
TCONS_00020868 mRNA downstream 111058 22237037 ~ 22251414 (-) True XLOC_010659
TCONS_00020866 mRNA downstream 137177 22199510 ~ 22225295 (-) True XLOC_010658
TCONS_00020872 mRNA upstream 109721 22478161 ~ 22483013 (-) True XLOC_010665
TCONS_00020874 mRNA upstream 152272 22520712 ~ 22585309 (-) False XLOC_010667
TCONS_00020873 mRNA upstream 152272 22520712 ~ 22585309 (-) False XLOC_010667
TCONS_00020875 mRNA upstream 156691 22525131 ~ 22544047 (-) False XLOC_010667
TCONS_00020876 mRNA upstream 187415 22555855 ~ 22585289 (-) True XLOC_010667
TCONS_00020856 other downstream 445147 21912915 ~ 21917325 (-) False XLOC_010651
TCONS_00020846 other downstream 539223 21822734 ~ 21823249 (-) True XLOC_010645
TCONS_00020844 other downstream 554117 21807422 ~ 21808355 (-) True XLOC_010642
TCONS_00020829 other downstream 898754 21455954 ~ 21463718 (-) False XLOC_010634
TCONS_00020827 other downstream 911188 21451155 ~ 21451284 (-) True XLOC_010635
TCONS_00020893 other upstream 424635 22793075 ~ 22863315 (-) False XLOC_010674
TCONS_00020898 other upstream 967088 23335528 ~ 23336562 (-) False XLOC_010677
TCONS_00020899 other upstream 967102 23335542 ~ 23337575 (-) False XLOC_010677
TCONS_00020902 other upstream 970950 23339390 ~ 23346051 (-) True XLOC_010678
TCONS_00020906 other upstream 1154821 23523261 ~ 23523375 (-) True XLOC_010681

Expression Profile

//