RNA id: TCONS_00024585


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00024585
length 4928
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_011217
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 6386640 ~ 6392567 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGGACATCTTGTAATCagagtaaaacaaaaaacaaacaattaaataagaagAAACCAGCTGCCTTTATgggcaaaacaaaagaaatactcATGAACATCTACAAACGATGACCACGTACCAGTCCGTAAGATAAATAACAGTTGTAATTTCTAAAATGCCATAAATTCAAACGAGATACCTCAAAATCTTTACTATGTAATACTGTAAACATGACATGAAAGTTCCTTCAGTACAAACTCAACCATCTCAGGATTTTGCAATACTCAGACTATAATATAAATACCATAAACTGACTGCTACTTCATATGTTATCGGTATGTTTAATATGAGATAGCacttataccttcatttaaaatgactaaaaggcTAAAAATGCATACATTCAAACAGTTCACCAGACAAGAATCTGTCATCTGATGGCcgaaaaaacctgaaaaaagcAACCATCCCTTCAAATATACCAGTCATTTTTGTGTACTTGACCAAAAACacactctctgaaagtaattacagtacatgatagcgattacgtgtgtgtgtgtgtgtaaatatgtatgtgtgtgcacgtaCACGCACATATAATTGACTTAACAGTGACTGGAATGTTGTGCCATATGATAAATTCAATGTAAAATCATCTAAAATGATTGAAAAGAGCTCCAATATTGATGACACTGCATTCAGTCTATCAGCTCGCTAGAAAGTGCTTCAAATAGTCATCGTAACGCACAATACTTaccactttatatatatatatatatttactaatatGATGTCGTATGCAGATCTATATTAAAAATGCCTTATAATGACACGTCTTTGCTTAAGTGCTGAAATATCTAAAGATTACATAAGGAAACGAGGTATGATACATTTAGAAAAATACTATAAGGTGGAGACGGTTTAAACAAAAGGCCTGTTTAAACACTTTTGGGTTCAGAATCTTGACATAATGCAGTTATAAAGGTGCCAGCAAAAATATACAATAGCGTACAAGGCAATGTCAGAGCACAGCTTAATGCAATATGCAAACTGTAACGTACGTCATAAGTGCAATCTCAAAAAGCAACCACGGTACCTCATATTAGTTCAACTTAATGACCACCACTAATTTTTAAGTGCATAAACGGGGGTACATCGAATGACTTTCTCTCATTGAGGAATATGCAAACATCTTCTTAAAAGGCACAAGCAGAAGTCAATGACGACAAATTCGGTATAATGCAAACAGTGCTTGGGGACGCAATGACGCACCTCCTGTCCTGTACAATGCAAGACTTGCGACTGGTTCTCATGAAATATTGATCTAAAATTGCCTTGAACCTGTCTCTTATTCAcgtttatatttgattatatgcATGTGCACTCAAATTAATATAAATGCTAGATGttgtgcatatttattatttacgcCTAAGTTACCAAAACATAACACAAAAATCTCAGGGGTATGTTTACACCACAGAAATTGGCATGGTCAAGTTAAATTAGTTCTATGAAAATGGACAAAATAATGCTGTActatgccaggccagtaggtggCAACATCACCTTACACATACATGGGTTGTCAAGTACTTGTATTAGAAACCCAAGTTTGTATTTTCAGGCCCTTAAAATGCTGTTGCTGTGTAAATACATGATCAAAACCTATGAGTTGGAAACAGTTGTCGTGTAAACATCCCCTTGGTCAGACTTTTAGGCCTAAAATACACTCTACACAAGTTTAACCTTGTGCATCTTCAGCTTTCTAAATGTGCAATTCATCCTTGGGGCACATTTACATGACCGCGATggacttaaaaaaatttaaaagttgCATCTTCGGCAAACTTGTTGACAAGTGTATGTTAAAATGGCTAAAAGGAATTTAttatgccaggccagtaggtggcgacatCACTTTATCCAGAAACATTGCATGTCGGTGCATGTACATGGTTGTACTTGCATTAAGAAACCCGTTACGCTTAAGTCACCAAAATCTCAGGGTACGTTTACATGACAGCAATCTACCTAAAAACAAAAAGGTGTACCTTCGACAATATCAAAATAAATCTGTACTGAGAAAAATGCTGTATTATACtaggccagtaggtggcgacatCACCTTACACATTTAGAAacctatttttaatagtttgcatTTTTAGGCCCCCAAAATGCTGTGTTGTGTAAATACATGAACAGTTGTCATGTAAACACCCCCTTGATCAGACTCTTAGGCCAAAAACACactttaaacaagtttaaatttgTGTATCTTTACCTTTCTAAATGTGCAATTAACTGTTGAAAAATGTAAGGGTTTCACCTTCGGTACTGTTAAAACAATCCTTTTAAAAAAGCTCTGTATTATCTGTATTAAAACAATGTATTATGCCAGGTCAGTAGGTGGCGATATCACTTTATGCAGAAAAACTATGTCAGTGCACATACATGAGTTGCCAAGTACTTGCATTAAGAAACCCGTTTTCAAAAGTTCACATTTTTAGGCCTTCAAAAAGCTGTTGTCGTGTAAATACATGGCCAAAACGTTTTTAGTTGAACAGTTGTCATGTAAACGCCCCCTAGTTCAGCCTCTcaaggctgatttacacttctgcatcAAGTTCACATGTATGCTCTGGTGCATAGCATTTGCCATGGCTGACACCAATGCTGACACGCACCcctcaaaaaaatttaactacatgtcacAATGACGCAAAGCACAAGCTCTGcgattggtctgcttggtagcgGTGACGAACATGGTCAGTGCTGAGAGCTGCGAGCCCGTtgaagcgagtgtttacaagtgtcgagtcccgtaaaggagctccagatggaatattttgttttgtgtttaccttttgattaaagttgttgcacgtccgccggttcctgcctctaaatgagcgagtttcagctacttgtacattaaggtagcttacagaaaaaacaaaacatccacaagaaactcgacacagaggaacataaacacctactgcctaGCAGTttgggaagtgttattgcagagcaacacaaattgAGCAGAACAATGCACAACCATGTGCAAGGCAGGTGCTGTGGGCCACagcgatcactcgacgcagaagtatcaATCAGCCTTTAGGCCAAAAACACACTTTACTCAAGTTTAACTTCGTGTATCTTTACCTTCTGAAATGTGCAATTAAAAATGCTGCGAGGGGGCGCTATGGCTCAACTATGGAGAACTTAGCAAGTTAGTTTGTTAAACTTGGCATACTTACAGCACCTTCTCGAATAGTAACATATAAAGGGTCGTATTCCACTTCATTTTATTAATGCCTTTCCCTCACCAACTTCCCTTAATCTTGTTGACTCATCTTTTTTAAGATGCGAAACAATCCAAAGGGCTCAGCTGAAACTTCTTACTAGCctgtgtttactttattttcatgTGCTGCTCAATCTCTTGTATCTCAATCTCATCAAACCATGAGCACAGAGTACAACATGCAGAGTGGACTGTTATGCATGAACTTTCACCTTGTGCCTGCGCTATTTTACACACTGTTTGTGGGCAGAAAATATGTGAAGAGATGTCTATCGACAGTCATGATGATGAAATGTAGCCATCCAAAAGTATGCATTGGGCTTAAGCCCTTGCTCCTTTtaaatcatacctgccaacatttggatCATACAATCCGGGAGGTTTTATCCGCGTGAAGTGAAGAGTGGGGTGGGGCATGTGAAGTGAAGAGTGAGGTGGGGCGTGCAAACTAAAGAGTGGGGAGCAGGTATGGAGATGGTTGCGTGTTGCGTTCGGTGCGCATAGGGAGtgttttccgggagacagaacaatatgGGAGATGGCCGGGAGATGGGCctgaaatacgggagaatcttgtaaaaaacggaagtgttggcaggtgtgttTTAAATTGACTATGGAGACAATCTGTACACTTTTTTTCCAAATCTGTTTGATGCATCATTCTATAAGTCTACAAGGTCTACAAGTATGCTTgggttgttttaaatatttaaaacttaaaatacatatatattaaagAGTTCTGAGTTTTTGGTAAATTAACCCCGATCAACAGGGCAATCACAATTGTTTTGCATTATGGTATGTGAAGCAGCTAAAAGTCTACGTATAAGTAGTTACATCTCAAGAAGTCAAAGGCCTATGCATGTAAACTTCCTCCATCCACTCCTTGAAGAGGAATGCACTTTAACATAGCAGGGCTGATTCCCCTGGATGGGAAGCTTAGGGAATATCGGGAGTAGGAGTCTAAAAGTGAAGTGGAACACACCCGTTTTAATGGCACAGACAATTAAAGGTAATCTGAACGCCCCCGGGAGTAGAGAAGATTGCTACCGCCAGTGCaatgcaaaaacacaaacaataaaaacaaccatTCCCTATCTTTGAATACTTGCATAACGTATGTTTCTGGTTTGAGCTTGAATTTAGTTTTGCTTTCGAATGCGTTTATACATTGTTTCTAAAGTCAGCTTTTAGGTGGATTATCGGAGGCATCTTCAGATGTGATTCTGAGGGAAGCAATAGCTTTTGCACAGGTGTAGACACTCTCCTCCTTCTTATCATCTTTGTTAGGAAGGCCAGTGGAATAGGTTGCTATTTCTCCACTGTAGGCCACTGCTGGATCTGGGACAGAGGCTGATGTCTGGCCCGGCGCAGCCGTTTCTAAAATGTTCCCCTGTGGAATTGATGGGAGCGAATTTCTCTCCGCAACAGCACCAGAGGTCGATATTGATGGCATTCTTAACACTCCGATAGGGACCATTGGAACAGGTGTTGACACCTGTCCTTGAGAGTGCAAAGGCAAATGGCTGAAGATGTCTGGCTGCCGGGTTTTTGGCAGATCTTTACTGCTGCATAGGCCAACAGGAACAATGAGATTAAGAGAAGTATCCCCTTGAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00024581 lncRNA upstream 175436 6208159 ~ 6211272 (+) True XLOC_011213
TCONS_00024580 lncRNA upstream 522902 5847209 ~ 5863806 (+) False XLOC_011209
TCONS_00022388 lncRNA upstream 549014 5837308 ~ 5837694 (+) True XLOC_011208
TCONS_00024579 lncRNA upstream 1893995 4489340 ~ 4492713 (+) True XLOC_011199
TCONS_00024453 lncRNA upstream 1896797 4489255 ~ 4489911 (+) False XLOC_011199
TCONS_00024587 lncRNA downstream 135456 6528023 ~ 6528543 (+) True XLOC_011220
TCONS_00024588 lncRNA downstream 235061 6627628 ~ 6639120 (+) True XLOC_011223
TCONS_00022414 lncRNA downstream 311559 6704126 ~ 6710927 (+) True XLOC_011224
TCONS_00024589 lncRNA downstream 834163 7226730 ~ 7229012 (+) True XLOC_011230
TCONS_00024454 lncRNA downstream 1053942 7446509 ~ 7446781 (+) True XLOC_011232
TCONS_00022399 mRNA upstream 1394 6382275 ~ 6385314 (+) True XLOC_011216
TCONS_00022398 mRNA upstream 104100 6276559 ~ 6282608 (+) True XLOC_011215
TCONS_00022397 mRNA upstream 118991 6217704 ~ 6267717 (+) True XLOC_011214
TCONS_00022396 mRNA upstream 284888 6079881 ~ 6101820 (+) True XLOC_011212
TCONS_00022395 mRNA upstream 393647 5985933 ~ 5993061 (+) True XLOC_011211
TCONS_00022400 mRNA downstream 59944 6452511 ~ 6462588 (+) True XLOC_011218
TCONS_00022401 mRNA downstream 74831 6467398 ~ 6487813 (+) False XLOC_011219
TCONS_00022402 mRNA downstream 76852 6469419 ~ 6487528 (+) True XLOC_011219
TCONS_00022403 mRNA downstream 143127 6535694 ~ 6558596 (+) False XLOC_011221
TCONS_00022404 mRNA downstream 143585 6536152 ~ 6556143 (+) False XLOC_011221
TCONS_00022376 other upstream 1516186 4870403 ~ 4870522 (+) True XLOC_011202
TCONS_00022375 other upstream 1725665 4660919 ~ 4661043 (+) True XLOC_011201
TCONS_00022357 other upstream 3300943 3085649 ~ 3085765 (+) True XLOC_011185
TCONS_00022356 other upstream 3458516 2928074 ~ 2928192 (+) True XLOC_011184
TCONS_00022353 other upstream 3712801 2673793 ~ 2673907 (+) True XLOC_011180
TCONS_00022422 other downstream 927475 7320042 ~ 7320165 (+) True XLOC_011231
TCONS_00022433 other downstream 1268641 7661208 ~ 7661324 (+) True XLOC_011238
TCONS_00022440 other downstream 1697790 8090357 ~ 8090474 (+) True XLOC_011242
TCONS_00022450 other downstream 1907823 8300390 ~ 8300504 (+) True XLOC_011249
TCONS_00022453 other downstream 2079534 8472101 ~ 8472217 (+) True XLOC_011252

Expression Profile

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