RNA id: TCONS_00024732


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00024732
length 7011
lncRNA type antisense_over
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_011621
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 38922297 ~ 38929367 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tagagtagAGTGAGTTCCCAAAACATGACATGACTCTCAGatgtttaaaaagtattttattgtgctgcaaagaaacaaaataatacaaGAAACTGGAAAATAATCTGCTGTGCTACAGGAATTCTGAGTAAATTTTTCAtctacccttttttttttttcataaatctgcAATATCATGACCCATGTTgacataataattatttttcatgaacATTAAACACCAGTAGTATACAAACTCCAGAAGGGTCGATCATTCATGTAGAAAGAAAGAATGAGAGGGTGGAGAGGGGGACACATTTCTAGAAGCTTCTCCGGCTTCCATTTCTTTGATCAAATAAACTTGTTTAGAATCTTCTTCGAGGAGCCGAAAATAAATGTGAAACGGACACTCTATGAAGTCTTTACCTCTGAAACGCTCTATTTTTTAATCCATCAACGCAACGTTCGCAATTTGAGCTGCATCTTTCACAACGTTcgtttttttttctgctcaaCAATAAATTATTAAGGTCATAGACAATATATTACATCTCTAATTCTTACCTTCtccaaaccttttttttctcttttttctgtgTACGTTTTGGCGAGTGACACTCAAGTATTTACAACAATACTTAGAGAATGCactaaaaacatcaaaaaaaataaaaacaaaagacccTTTAAGACCCccctcgaaaaaaaaaaaagtgtaggtCTGTTCAAATTAGCTGGCTTTCATCCATGAACACAAGCGGAGTGTGTTCAGAGGCAATGAGGAGGAAATGTTTTGTGTGTGGAAATTGCAAGTTGAAAGTGGGCTATGCACAGATTTAACATCGCTCATTAAATATGGATGACATCTTGCTGAAATGCCGTTGCGTTTATTTTGGTAAAGGTGGTcaggtctctctctttctctccagtGAGCCATTAATAGTTCTTGTTTACCATCTCTCTGATGCTTTCTGATTGGCCGTGACTGAAAGACAAGACTACCAATCAGTTGTTTCACTTCCACAAAACAGAAGCATGGTAAAGAATAAACAGGAGCAGAGGCGCAGATCTCTGAAATTAGCTTTAAATCCTCATAAGCAAGTGCTTGTTTGTGAGTTATATCTCGCATATTTGTTATGCCAAAACCTGACTCTGCTCGAATGAAGGCTAAAGTAAGAGTCTATAGCGTCTAATGCATGTTTACTGTCAAcacatggtaacactttaattgaaggggtgtttataagactgtcatgaaacctttatcaTATGTCATGAATGCCAAGTGATTTCAAAAGCAAGCATGACACTgtttttatgacaacttgacataaacgtCAATGTCAATTACATTAATATACACGGTGAAAAATGATATCGACAAATAGTCATGACGACATACATTATGTTTTTAATTCGTTGTAACTTAACATATTTAATTCTTGACATATTTATAATGGACTCATGAcaatgtttatgacagatttatgacaagttttgcagtcttgataatgtcaagttgACAAAGATAAAATCAGGTTGTAATGCacttgtttatgtcaagttgtcataactaACAAtgtcatttttgcatttaaaatgtcacaaCTGAGCAAATGATAAGTAATGACAGTCATGCTACACTCTCAAAAAATAATAGAGATACAGGAGCTGTcattggggcagtaccttttcaaaaggtacatatttgtaaccAAGGGTTCATAATGGAACCCCATAGGTAatttttttaggtacatttggacACTAATATGCacttttgaggtaccactgtggactctttgggtacaaatatgtaccttttaaaaaggtactggcctagtgacagctcatgtacctttatttctgagagtgtatggttaTAAAGATTTACTGACACCCTTATGAACACCCATTCAAGTAAAATGTTACTAAACCGCCAAAGCTGGgccatatttctttaaaaatgctaaaggaagtgttttatatttgttcCTTTATGGATTTCTTTTTAATGGTAATTAAACACATTTCCATCACAACTCCCATTcctctaatttaaaaaaatatattttaattgcattcggatgtattttgctaaatatttctATATCATGCCAATATTTATTGGTACATGCCtgcatttaaaatacaatttctccaaattttatttttgaagttTACCCAGAGATGAAAGGAGTATCGCTTTTGACAAAAGTGCTCTTTATAACGTCTTGTAAATGCAACAACATAATGCAGACGTGACCTTAATCCAGCCTAACTTTTAAAACCAATCATTGCGTTGAAGTGGAATTGCTTTTCTTCCTAAAACGTTGTCCTGATTTAGGTGATGtagtgtgacttttttttttttactttttttttttacggggGGATTTACCAAATCACCTCTGCACAGGGTCCTACAAGggtttatacaaaaaataaataaaaagggcaaCTTTTTCTATGAAACAAAAGGATCAGTTagaaaacaaacccaaaacaagaAAGAAACACATGTTACTTTTCTCTCTATATATAAAAGTGCCAAGTTGTATAGCTCTACAAACAATAATCACATATAGATAAAGATACAACCAAGACAAACTATCACAATTCAACAGCTTATGTCCATCAACATTCCAGTAGTTCTGACACCTGAAGGGACTCGTGACAGAAAACAATGAAACAAGAGCTTAATCGTTCAGCCGTCAGATCACAAAAGATGGCTTAATGTGACACACAATTATCGACGCACACAAattataattgatttttttttagagaaCTCTGCTGATttcttgtgtttttatatttcacCCTACATTTTAATtcgcaaatacaaaaaaaacaaaacccaaagTGACTCTTATGAGTCTCAAAAAATGCACGAGAGgggaaaataaacacacaaaaataagaataaaatgagATGTTTGTCTTTCTTTCTATATCGTCGTCGTCtctgcttgttttttttcataaccaCCAAACAAAAAAGGCAATGGAATGCCTGTCATCATCAGTTTGCCAATATATAAATCTCTCATTTTGCTCAATCATAAATACATTCATTAGGAAAATGAACTTTACCGATGAAGAGAAGTCATGTGTGCGTACATGTGCGTGCGCACCTGTACGTACATGCgaacacatatacatacacacatacatatatttactCACATAATATTTCAGGTCTTTTCATTTTAGCATTACTATGTACATAAATTTTCCTATTATAgctttggattttttattttttgaagccAAATTCGTtcccagctaaaaaaaaaaacagaacacaaAGGTGCCTCAGTAACGTTTCAAAGCTTCCAGAAAAGGAGGCGCTTTCGTGAACAGTACAAATGAAGCGAAATGGAAAACGCTTATCCAAAAAGCAGTATACGTTTATCACAAAGCTCCTACAAAAGTTCATTCAGATTCTTTGGACCTCATTGATGAAATGCAGGCAAACTTTTTTGTGTAAATTGTTAGCAGAAATGTTCTGTCAGACTTTTTGCTAAGTTGTTAGcgtaatgtactgtatgtataagaACTGtattcttaaagggcacctatgatgacaAATCAACCTTTGTAAGCTGTTTGTATAGTGTTTAGTGTGTCCaaagtcatattggagtgatataaacacaattagttgctttttaaaaatgtcctgatgttaaaatatgaGCTCAGGGGTTTTGAGGCCCACCAGGAGTACTttggagtgtggttttcccccaCCCACCAAACTGATTGGCAGGCGTCATGTTAGTATAATAACatgtacacacattttttttttgcaaaaaaaccgAGATTAAAATATATGCTAAAACCCTCTGTGATTTTTCATaagttgaaaacatttttaaaatagagcAGTTTGTAATAACGACAGTAAAATCGGCATATTTCTTAACCGCTATACTCACTATggctcatcatttcagaaaggcttgaatcaaCTCACATGgttttttgactaatgagctgtatttcagctttctctgtgtctgtctctatcactgacggctgtttatctgacgtaattTAGGAGAAGCAGATGTGCACGTGGGAGCAGTGGGCGGAAAGAAGCAGCTcaattgcatttaaagccacaggctgcaaaaacagctacactcagacaccaaaataggCATATTTTGGAGGTTATAATAAATTATCGAGTgtattgagctgaaactttacagacacatcctgaagacaccaaaggcttatcttagaTCTTGTAAAATTGGTAAATTAGGTgcttattaaatcatttattattactaaaaCAATTATTACTAAAACATTCCTTCATAAATTTTTGGTAGCATGTCTACATTACTACTAATACGTTTGTAAGTACTCTATACAATCCAGAATTTTTGAGGAAACTGTTCACAAAACCATTAAGCAGTGacaattttgaattttttatagaataaaaattttcataaaaacattttatttcatgcagactaaattaaatatgatttaaaaaccaAGCAAAGTTTGTATTTGAACTGTATTATGTTCTTGAACATACAACTATTTCCTTTTGCCCAGAAGCCTGTTCAGGCCAAAGATAACTACTATACAAATACATGTAATAATTGCTATATTAGCATTGTTTATCATTGTTCATTTTATGCTTTATCAACTGCTGCTTTAAGAGTGTGTGTCcaccaaagtgtttttttttcttaggccgaatgtattttttgtagttgtTTTTGACAAGGGGCTAAGCTTCCATTTTACACAAATAATGAGAATTTTTGAAAGGTTCCAACAGttagaaaagcattttattttgaaaagcgcTGGCATTTTCATGAAACAGTTTTCTAAAATTACTTTGGTGTTCTCGCGCCCTAAATGATGAAGCTCTTTAATGTGAGAGAGATTCTTCTTGGTAAAAACGCAGGGCGAAATTCATTCTGTGGTGTATTTCCCGAAAACAgtggttagccaactaaggtcacaatttcgttgttaca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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00024731 lncRNA upstream 137776 38783161 ~ 38784521 (+) True XLOC_011620
TCONS_00024730 lncRNA upstream 139340 38778981 ~ 38782957 (+) True XLOC_011619
TCONS_00024479 lncRNA upstream 256838 38665041 ~ 38665459 (+) True XLOC_011617
TCONS_00023102 lncRNA upstream 622287 38296022 ~ 38300010 (+) True XLOC_011612
TCONS_00024729 lncRNA upstream 669231 38248048 ~ 38253066 (+) True XLOC_011609
TCONS_00024734 lncRNA downstream 255661 39185028 ~ 39188768 (+) True XLOC_011622
TCONS_00024480 lncRNA downstream 699155 39628522 ~ 39628821 (+) True XLOC_011625
TCONS_00024735 lncRNA downstream 836940 39766307 ~ 39784142 (+) False XLOC_011629
TCONS_00024481 lncRNA downstream 896168 39825535 ~ 39830238 (+) True XLOC_011632
TCONS_00024736 lncRNA downstream 1037660 39967027 ~ 39971071 (+) True XLOC_011634
TCONS_00023110 mRNA upstream 196763 38724473 ~ 38725534 (+) True XLOC_011618
TCONS_00023108 mRNA upstream 206052 38602602 ~ 38716245 (+) False XLOC_011616
TCONS_00023109 mRNA upstream 207371 38602790 ~ 38714926 (+) True XLOC_011616
TCONS_00023106 mRNA upstream 323275 38566717 ~ 38599022 (+) False XLOC_011615
TCONS_00023111 mRNA downstream 313070 39242437 ~ 39316197 (+) False XLOC_011623
TCONS_00023112 mRNA downstream 313122 39242489 ~ 39316202 (+) True XLOC_011623
TCONS_00023116 mRNA downstream 768254 39697621 ~ 39739994 (+) False XLOC_011627
TCONS_00023115 mRNA downstream 768254 39697621 ~ 39739994 (+) True XLOC_011627
TCONS_00023117 mRNA downstream 812559 39741926 ~ 39748324 (+) False XLOC_011628
TCONS_00023087 other upstream 1468490 37453676 ~ 37453807 (+) True XLOC_011602
TCONS_00023082 other upstream 1640984 37253748 ~ 37281313 (+) True XLOC_011598
TCONS_00023083 other upstream 1650164 37272019 ~ 37272133 (+) True XLOC_011599
TCONS_00023075 other upstream 2307865 36614315 ~ 36614432 (+) True XLOC_011593
TCONS_00023073 other upstream 3007171 35915010 ~ 35915126 (+) True XLOC_011591
TCONS_00023113 other downstream 496725 39426092 ~ 39426212 (+) True XLOC_011624
TCONS_00023114 other downstream 763215 39692582 ~ 39692696 (+) True XLOC_011626
TCONS_00023119 other downstream 842121 39771488 ~ 39771585 (+) False XLOC_011629
TCONS_00023120 other downstream 849280 39778647 ~ 39778744 (+) True XLOC_011629
TCONS_00023121 other downstream 856448 39785815 ~ 39785912 (+) True XLOC_011630

Expression Profile

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