RNA id: TCONS_00023120


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00023120
length 98
RNA type miRNA
GC content 0.62
exon number 1
gene id XLOC_011629
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 39766307 ~ 39784142 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

caggttctctggcttgacgtcccggtgcaggactccgcggctctcgcagtgtttcagagccgcgatcagctgcaccagcactttcttggccagacgct

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000180135

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00024480 lncRNA upstream 149826 39628522 ~ 39628821 (+) True XLOC_011625
TCONS_00024734 lncRNA upstream 589879 39185028 ~ 39188768 (+) True XLOC_011622
TCONS_00024733 lncRNA upstream 849280 38922297 ~ 38929367 (+) False XLOC_011621
TCONS_00024732 lncRNA upstream 849280 38922297 ~ 38929367 (+) True XLOC_011621
TCONS_00024731 lncRNA upstream 994126 38783161 ~ 38784521 (+) True XLOC_011620
TCONS_00024481 lncRNA downstream 46791 39825535 ~ 39830238 (+) True XLOC_011632
TCONS_00024736 lncRNA downstream 188283 39967027 ~ 39971071 (+) True XLOC_011634
TCONS_00024737 lncRNA downstream 437693 40216437 ~ 40221377 (+) True XLOC_011635
TCONS_00024482 lncRNA downstream 639467 40418211 ~ 40424666 (+) True XLOC_011636
TCONS_00024483 lncRNA downstream 707562 40486306 ~ 40493856 (+) False XLOC_011637
TCONS_00023118 mRNA upstream 27055 39741943 ~ 39751592 (+) True XLOC_011628
TCONS_00023117 mRNA upstream 30323 39741926 ~ 39748324 (+) False XLOC_011628
TCONS_00023116 mRNA upstream 38653 39697621 ~ 39739994 (+) False XLOC_011627
TCONS_00023115 mRNA upstream 38653 39697621 ~ 39739994 (+) True XLOC_011627
TCONS_00023112 mRNA upstream 462445 39242489 ~ 39316202 (+) True XLOC_011623
TCONS_00023122 mRNA downstream 11644 39790388 ~ 39817543 (+) True XLOC_011631
TCONS_00023123 mRNA downstream 56203 39834947 ~ 39868435 (+) True XLOC_011633
TCONS_00023124 mRNA downstream 1100587 40879331 ~ 40903365 (+) True XLOC_011638
TCONS_00023125 mRNA downstream 1211229 40989973 ~ 40999861 (+) True XLOC_011639
TCONS_00023126 mRNA downstream 1302768 41081512 ~ 41266561 (+) False XLOC_011640
TCONS_00023119 other upstream 7062 39771488 ~ 39771585 (+) False XLOC_011629
TCONS_00023114 other upstream 85951 39692582 ~ 39692696 (+) True XLOC_011626
TCONS_00023113 other upstream 352435 39426092 ~ 39426212 (+) True XLOC_011624
TCONS_00023087 other upstream 2324840 37453676 ~ 37453807 (+) True XLOC_011602
TCONS_00023082 other upstream 2497334 37253748 ~ 37281313 (+) True XLOC_011598
TCONS_00023121 other downstream 7071 39785815 ~ 39785912 (+) True XLOC_011630
TCONS_00023133 other downstream 1981064 41759808 ~ 41759925 (+) True XLOC_011645
TCONS_00023158 other downstream 4084988 43863732 ~ 43874284 (+) False XLOC_011668
TCONS_00023173 other downstream 4163193 43941937 ~ 43942051 (+) True XLOC_011671
TCONS_00023179 other downstream 4512661 44291405 ~ 44291520 (+) True XLOC_011677