RNA id: TCONS_00024736


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00024736
length 426
lncRNA type inter_gene
GC content 0.50
exon number 2
gene id XLOC_011634
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 39967027 ~ 39971071 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttcgtctttaaagaAAACACAGCtaggcggtatgacgctgttcctttttgcgcttaccagctgacctttTACATTCCAtgtggatatcttttctgctgttacTCCAGTGGCTCGACGCATGTGTgggaggatttgagatgcagagcgaagttgaccgtgatgacagggtttaagtctggtgaagaacagttctaggcagagCCACCCCGCTGTGTGGAATCCGACCTTCTCACCCCTCGTGCATCCAGCATCCTCACTACTACTGGAGATCCCTCTCTGCCTAAGGTCCTCTTGGAACCCCCTCGGCTCAGGTCCAGAGGTAGAAGTCTTCTGTGGCCGCAAAACCACCCTGCGTTCATCTCCGACAAATGACAAACTGCAGCTGCCTTAGTTATTAATAAACTTTCTGTTTGAGCAACTTCTGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00024481 lncRNA upstream 136789 39825535 ~ 39830238 (+) True XLOC_011632
TCONS_00024735 lncRNA upstream 182885 39766307 ~ 39784142 (+) False XLOC_011629
TCONS_00024480 lncRNA upstream 338206 39628522 ~ 39628821 (+) True XLOC_011625
TCONS_00024734 lncRNA upstream 778259 39185028 ~ 39188768 (+) True XLOC_011622
TCONS_00024733 lncRNA upstream 1037660 38922297 ~ 38929367 (+) False XLOC_011621
TCONS_00024737 lncRNA downstream 245366 40216437 ~ 40221377 (+) True XLOC_011635
TCONS_00024482 lncRNA downstream 447140 40418211 ~ 40424666 (+) True XLOC_011636
TCONS_00024483 lncRNA downstream 515235 40486306 ~ 40493856 (+) False XLOC_011637
TCONS_00024484 lncRNA downstream 515246 40486317 ~ 40489257 (+) False XLOC_011637
TCONS_00024485 lncRNA downstream 515247 40486318 ~ 40489003 (+) False XLOC_011637
TCONS_00023123 mRNA upstream 98592 39834947 ~ 39868435 (+) True XLOC_011633
TCONS_00023122 mRNA upstream 149484 39790388 ~ 39817543 (+) True XLOC_011631
TCONS_00023118 mRNA upstream 215435 39741943 ~ 39751592 (+) True XLOC_011628
TCONS_00023117 mRNA upstream 218703 39741926 ~ 39748324 (+) False XLOC_011628
TCONS_00023116 mRNA upstream 227033 39697621 ~ 39739994 (+) False XLOC_011627
TCONS_00023124 mRNA downstream 908260 40879331 ~ 40903365 (+) True XLOC_011638
TCONS_00023125 mRNA downstream 1018902 40989973 ~ 40999861 (+) True XLOC_011639
TCONS_00023126 mRNA downstream 1110441 41081512 ~ 41266561 (+) False XLOC_011640
TCONS_00023127 mRNA downstream 1110906 41081977 ~ 41259940 (+) False XLOC_011640
TCONS_00023128 mRNA downstream 1110922 41081993 ~ 41092538 (+) True XLOC_011640
TCONS_00023121 other upstream 181115 39785815 ~ 39785912 (+) True XLOC_011630
TCONS_00023120 other upstream 188283 39778647 ~ 39778744 (+) True XLOC_011629
TCONS_00023119 other upstream 195442 39771488 ~ 39771585 (+) False XLOC_011629
TCONS_00023114 other upstream 274331 39692582 ~ 39692696 (+) True XLOC_011626
TCONS_00023113 other upstream 540815 39426092 ~ 39426212 (+) True XLOC_011624
TCONS_00023133 other downstream 1788737 41759808 ~ 41759925 (+) True XLOC_011645
TCONS_00023158 other downstream 3892661 43863732 ~ 43874284 (+) False XLOC_011668
TCONS_00023173 other downstream 3970866 43941937 ~ 43942051 (+) True XLOC_011671
TCONS_00023179 other downstream 4320334 44291405 ~ 44291520 (+) True XLOC_011677
TCONS_00023189 other downstream 5038972 45010043 ~ 45011856 (+) False XLOC_011685