RNA id: TCONS_00024737


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00024737
length 366
lncRNA type antisense_over
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_011635
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 40216437 ~ 40221377 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGGAGCTTGTGGTCTCCCATTGGTCTGGGAGTAGGTGTTGCTCACAGTCACTAACTTTGCAACTTGCAAACCGCTGTTCACTTTGTAGCGAACCATAAGGATGACAATAAAAACCAACAAAGTGGCCACAATCACTCCACCAATCACTAAGATCATGGTTCCTCCTAGAAACTGACTGTGAAGTGACTGGCAGCGAGGAAACTCATCACGTGTCTCGAATTGCACACAGCCCACTATGTTGGTTGCAGTAAGTGTGGTGGCAGTGTCTTCCCAGATGGCTAACACACATAGATCATACTGCATCCCTGGCATCAGGTTGTTGACCAAAAAGGATCTGCTGATTGCCGGAATCATTCTATAAATAAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00024736 lncRNA upstream 245366 39967027 ~ 39971071 (+) True XLOC_011634
TCONS_00024481 lncRNA upstream 386199 39825535 ~ 39830238 (+) True XLOC_011632
TCONS_00024735 lncRNA upstream 432295 39766307 ~ 39784142 (+) False XLOC_011629
TCONS_00024480 lncRNA upstream 587616 39628522 ~ 39628821 (+) True XLOC_011625
TCONS_00024734 lncRNA upstream 1027669 39185028 ~ 39188768 (+) True XLOC_011622
TCONS_00024482 lncRNA downstream 196834 40418211 ~ 40424666 (+) True XLOC_011636
TCONS_00024483 lncRNA downstream 264929 40486306 ~ 40493856 (+) False XLOC_011637
TCONS_00024484 lncRNA downstream 264940 40486317 ~ 40489257 (+) False XLOC_011637
TCONS_00024485 lncRNA downstream 264941 40486318 ~ 40489003 (+) False XLOC_011637
TCONS_00024486 lncRNA downstream 264943 40486320 ~ 40489257 (+) False XLOC_011637
TCONS_00023123 mRNA upstream 348002 39834947 ~ 39868435 (+) True XLOC_011633
TCONS_00023122 mRNA upstream 398894 39790388 ~ 39817543 (+) True XLOC_011631
TCONS_00023118 mRNA upstream 464845 39741943 ~ 39751592 (+) True XLOC_011628
TCONS_00023117 mRNA upstream 468113 39741926 ~ 39748324 (+) False XLOC_011628
TCONS_00023115 mRNA upstream 476443 39697621 ~ 39739994 (+) True XLOC_011627
TCONS_00023124 mRNA downstream 657954 40879331 ~ 40903365 (+) True XLOC_011638
TCONS_00023125 mRNA downstream 768596 40989973 ~ 40999861 (+) True XLOC_011639
TCONS_00023126 mRNA downstream 860135 41081512 ~ 41266561 (+) False XLOC_011640
TCONS_00023127 mRNA downstream 860600 41081977 ~ 41259940 (+) False XLOC_011640
TCONS_00023128 mRNA downstream 860616 41081993 ~ 41092538 (+) True XLOC_011640
TCONS_00023121 other upstream 430525 39785815 ~ 39785912 (+) True XLOC_011630
TCONS_00023120 other upstream 437693 39778647 ~ 39778744 (+) True XLOC_011629
TCONS_00023119 other upstream 444852 39771488 ~ 39771585 (+) False XLOC_011629
TCONS_00023114 other upstream 523741 39692582 ~ 39692696 (+) True XLOC_011626
TCONS_00023113 other upstream 790225 39426092 ~ 39426212 (+) True XLOC_011624
TCONS_00023133 other downstream 1538431 41759808 ~ 41759925 (+) True XLOC_011645
TCONS_00023158 other downstream 3642355 43863732 ~ 43874284 (+) False XLOC_011668
TCONS_00023173 other downstream 3720560 43941937 ~ 43942051 (+) True XLOC_011671
TCONS_00023179 other downstream 4070028 44291405 ~ 44291520 (+) True XLOC_011677
TCONS_00023189 other downstream 4788666 45010043 ~ 45011856 (+) False XLOC_011685