RNA id: TCONS_00026904


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00026904
length 313
lncRNA type inter_gene
GC content 0.48
exon number 2
gene id XLOC_012832
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 26997576 ~ 26998589 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

attgataatcctgctgactgaagatgctttattggccctgcattcactgagggtctctgttgtcctgaagaatgaattggacaccacccacagcacacttccagacctttcttgtcttgtatggattaatcagactccagttCGTGATGATCCCAcatccgactactcactgtccttcacttacttcccggagcaccagagcacctcaccttgaagaagagcaccgtttacaccccattcacgttgtaaataaagcaccctccggggacttgtctgtaaacttatccaactgtgtcgctgttttccctctgcc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027119 lncRNA upstream 536149 26456681 ~ 26461427 (+) True XLOC_012825
TCONS_00026901 lncRNA upstream 1497968 25477794 ~ 25499608 (+) True XLOC_012816
TCONS_00026903 lncRNA upstream 1500965 25492659 ~ 25496611 (+) False XLOC_012817
TCONS_00027118 lncRNA upstream 1502718 25492733 ~ 25494858 (+) True XLOC_012817
TCONS_00026902 lncRNA upstream 1503818 25492411 ~ 25493758 (+) False XLOC_012817
TCONS_00025618 lncRNA downstream 572899 27571488 ~ 27614703 (+) False XLOC_012839
TCONS_00025634 lncRNA downstream 2158238 29156827 ~ 29174491 (+) False XLOC_012848
TCONS_00025635 lncRNA downstream 2158260 29156849 ~ 29163114 (+) False XLOC_012848
TCONS_00025646 lncRNA downstream 3131182 30129771 ~ 30131831 (+) False XLOC_012854
TCONS_00025647 lncRNA downstream 3131207 30129796 ~ 30131831 (+) False XLOC_012854
TCONS_00025599 mRNA upstream 77444 26899316 ~ 26920132 (+) True XLOC_012831
TCONS_00025598 mRNA upstream 100750 26895994 ~ 26896826 (+) True XLOC_012830
TCONS_00025596 mRNA upstream 147507 26829086 ~ 26850069 (+) False XLOC_012829
TCONS_00025597 mRNA upstream 147808 26829362 ~ 26849768 (+) True XLOC_012829
TCONS_00025595 mRNA upstream 242346 26750516 ~ 26755230 (+) True XLOC_012827
TCONS_00025601 mRNA downstream 2261 27000850 ~ 27078219 (+) False XLOC_012833
TCONS_00025600 mRNA downstream 2261 27000850 ~ 27078219 (+) False XLOC_012833
TCONS_00025602 mRNA downstream 2526 27001115 ~ 27073137 (+) False XLOC_012833
TCONS_00025603 mRNA downstream 79264 27077853 ~ 27085605 (+) False XLOC_012833
TCONS_00025604 mRNA downstream 79264 27077853 ~ 27085828 (+) True XLOC_012833
TCONS_00025594 other upstream 249649 26747811 ~ 26747927 (+) True XLOC_012828
TCONS_00025591 other upstream 566391 26429665 ~ 26431185 (+) True XLOC_012824
TCONS_00025586 other upstream 570939 26425139 ~ 26426637 (+) True XLOC_012823
TCONS_00025570 other upstream 2256855 24737379 ~ 24740721 (+) False XLOC_012812
TCONS_00025571 other upstream 2257402 24737959 ~ 24740174 (+) False XLOC_012812
TCONS_00025607 other downstream 197621 27196210 ~ 27196326 (+) True XLOC_012835
TCONS_00025621 other downstream 738135 27736724 ~ 27736840 (+) True XLOC_012841
TCONS_00025628 other downstream 1305302 28303891 ~ 28304317 (+) True XLOC_012845
TCONS_00025637 other downstream 2176504 29175093 ~ 29175208 (+) True XLOC_012849
TCONS_00025648 other downstream 3131210 30129799 ~ 30130552 (+) False XLOC_012854

Expression Profile

//