RNA id: TCONS_00025621


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00025621
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.54
exon number 1
gene id XLOC_012841
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 27736724 ~ 27736840 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gccagcagctagctctctgcaattctcacatggtagcccactaaagctaagcagggctgtgtccagtcagtacctggatgggagaccacatgggaaagctactgtaggttgctgcca

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000179535

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00025618 lncRNA upstream 122021 27571488 ~ 27614703 (+) False XLOC_012839
TCONS_00026904 lncRNA upstream 738135 26997576 ~ 26998589 (+) True XLOC_012832
TCONS_00027119 lncRNA upstream 1275297 26456681 ~ 26461427 (+) True XLOC_012825
TCONS_00026903 lncRNA upstream 2240113 25492659 ~ 25496611 (+) False XLOC_012817
TCONS_00027118 lncRNA upstream 2241866 25492733 ~ 25494858 (+) True XLOC_012817
TCONS_00025634 lncRNA downstream 1419987 29156827 ~ 29174491 (+) False XLOC_012848
TCONS_00025635 lncRNA downstream 1420009 29156849 ~ 29163114 (+) False XLOC_012848
TCONS_00025646 lncRNA downstream 2392931 30129771 ~ 30131831 (+) False XLOC_012854
TCONS_00025647 lncRNA downstream 2392956 30129796 ~ 30131831 (+) False XLOC_012854
TCONS_00026905 lncRNA downstream 3336403 31073243 ~ 31074445 (+) False XLOC_012863
TCONS_00025617 mRNA upstream 110333 27571448 ~ 27626391 (+) False XLOC_012839
TCONS_00025619 mRNA upstream 112444 27598755 ~ 27624280 (+) True XLOC_012839
TCONS_00025612 mRNA upstream 166694 27439680 ~ 27570030 (+) False XLOC_012838
TCONS_00025613 mRNA upstream 166694 27489595 ~ 27570030 (+) False XLOC_012838
TCONS_00025615 mRNA upstream 169827 27511976 ~ 27566897 (+) False XLOC_012838
TCONS_00025622 mRNA downstream 1509 27738349 ~ 27812386 (+) True XLOC_012840
TCONS_00025623 mRNA downstream 85016 27821856 ~ 27822787 (+) True XLOC_012842
TCONS_00025624 mRNA downstream 167675 27904515 ~ 27993797 (+) False XLOC_012843
TCONS_00025625 mRNA downstream 189999 27926839 ~ 27993556 (+) True XLOC_012843
TCONS_00025626 mRNA downstream 365780 28102620 ~ 28156256 (+) False XLOC_012844
TCONS_00025607 other upstream 540398 27196210 ~ 27196326 (+) True XLOC_012835
TCONS_00025594 other upstream 988797 26747811 ~ 26747927 (+) True XLOC_012828
TCONS_00025591 other upstream 1305539 26429665 ~ 26431185 (+) True XLOC_012824
TCONS_00025586 other upstream 1310087 26425139 ~ 26426637 (+) True XLOC_012823
TCONS_00025570 other upstream 2996003 24737379 ~ 24740721 (+) False XLOC_012812
TCONS_00025628 other downstream 567051 28303891 ~ 28304317 (+) True XLOC_012845
TCONS_00025637 other downstream 1438253 29175093 ~ 29175208 (+) True XLOC_012849
TCONS_00025648 other downstream 2392959 30129799 ~ 30130552 (+) False XLOC_012854
TCONS_00025649 other downstream 2392959 30129799 ~ 30131831 (+) True XLOC_012854
TCONS_00025666 other downstream 3261786 30998626 ~ 31006058 (+) False XLOC_012861