RNA id: TCONS_00027163


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00027163
length 253
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 4
gene id XLOC_013039
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 44591207 ~ 44592617 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTCTAACGTTTTTCACTGGACCAACGCACGACGAAAGTCATAAAGAGTTGTCAAGTTAAAGTGAGTGGCAGCTCTGTGGATGAaaacgccttgttgatgccagaggaatGGCCAGACTTGAAGAAAGGCAACCGTGTTATTTTTGCAGTTCCAAAAGTACCTTTGAGATGCCACAAAGAATGATGAATGACAATGACAAGATTCAACAGGCAAGAATAGTAAAAGTAGGCTTAATTTTTCACATGAATTGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00026932 lncRNA upstream 550705 44034233 ~ 44040502 (+) False XLOC_013033
TCONS_00025909 lncRNA upstream 550705 44035717 ~ 44040502 (+) True XLOC_013033
TCONS_00026931 lncRNA upstream 554745 44028378 ~ 44036462 (+) False XLOC_013033
TCONS_00027158 lncRNA upstream 844979 43638903 ~ 43746228 (+) False XLOC_013030
TCONS_00025933 lncRNA downstream 203275 44795892 ~ 44801995 (+) False XLOC_013045
TCONS_00025936 lncRNA downstream 264016 44856633 ~ 44863333 (+) True XLOC_013046
TCONS_00025937 lncRNA downstream 342556 44935173 ~ 44980093 (+) False XLOC_013047
TCONS_00025938 lncRNA downstream 342574 44935191 ~ 44948995 (+) False XLOC_013047
TCONS_00027164 lncRNA downstream 342574 44935191 ~ 44950124 (+) True XLOC_013047
TCONS_00025918 mRNA upstream 1115 44567191 ~ 44590092 (+) True XLOC_013038
TCONS_00025917 mRNA upstream 1422 44566863 ~ 44589785 (+) False XLOC_013038
TCONS_00025916 mRNA upstream 25019 44532883 ~ 44566188 (+) True XLOC_013037
TCONS_00025914 mRNA upstream 26455 44532370 ~ 44564752 (+) False XLOC_013037
TCONS_00025913 mRNA upstream 47910 44532199 ~ 44543297 (+) False XLOC_013037
TCONS_00025919 mRNA downstream 37798 44630415 ~ 44650095 (+) False XLOC_013040
TCONS_00025920 mRNA downstream 39172 44631789 ~ 44646968 (+) False XLOC_013040
TCONS_00025921 mRNA downstream 57187 44649804 ~ 44663244 (+) True XLOC_013040
TCONS_00025922 mRNA downstream 81373 44673990 ~ 44696815 (+) True XLOC_013041
TCONS_00025923 mRNA downstream 110726 44703343 ~ 44709050 (+) True XLOC_013042
TCONS_00025912 other upstream 436936 44153674 ~ 44154271 (+) True XLOC_013036
TCONS_00025911 other upstream 471945 44119137 ~ 44119262 (+) True XLOC_013035
TCONS_00025908 other upstream 584519 44006572 ~ 44006688 (+) True XLOC_013032
TCONS_00025902 other upstream 1365501 43181709 ~ 43225706 (+) False XLOC_013027
TCONS_00025900 other upstream 1812444 42773594 ~ 42778763 (+) False XLOC_013025
TCONS_00025934 other downstream 222890 44815507 ~ 44820746 (+) True XLOC_013045
TCONS_00025939 other downstream 458218 45050835 ~ 45050950 (+) True XLOC_013048
TCONS_00025943 other downstream 666364 45258981 ~ 45259097 (+) True XLOC_013050
TCONS_00025947 other downstream 933866 45526483 ~ 45575178 (+) False XLOC_013054
TCONS_00025985 other downstream 1984404 46577021 ~ 46577139 (+) True XLOC_013073