RNA id: TCONS_00025944


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00025944
length 416
lncRNA type lincRNA
GC content 0.42
exon number 3
gene id XLOC_013051
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 45313968 ~ 45326757 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAAACTTTAGTTAACGGTATAGGAATGGTTTTAAGTCAAGCTAATTTAGCTCTTACTTTAGAGGGTCAAACTTACCTTCAGGACCCCTAAATGTATGCTGACTAGGAAAACTGAGGAGTCAACATCCACAACAAGTTTCAATTCTTCCAAAGCAGCTGCGTTTGCTGAATTTGCTGTGGAAATGAAGAGATGGTGCGATGACGAAAGGAGGAAAGAGGAAGCAAGCCAGAAAAGAATAAGAATGAGAGAGAAAAGAAAAAGCACCACTGTGCACAGCCGTCTCAAAATCAACCACCTGCATTCTGACACCCCTATCTGTAGCATCTCCGATTGATAAAAAGAgagccaattcagagatgatgAATGCAACATTTTTCTCCTGGAATGATAAAGCGCACGCTGGACCGTAAACTGCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194153

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00025937 lncRNA upstream 333875 44935173 ~ 44980093 (+) False XLOC_013047
TCONS_00027164 lncRNA upstream 363844 44935191 ~ 44950124 (+) True XLOC_013047
TCONS_00025938 lncRNA upstream 364973 44935191 ~ 44948995 (+) False XLOC_013047
TCONS_00025936 lncRNA upstream 450635 44856633 ~ 44863333 (+) True XLOC_013046
TCONS_00025933 lncRNA upstream 511973 44795892 ~ 44801995 (+) False XLOC_013045
TCONS_00026935 lncRNA downstream 129905 45456662 ~ 45478424 (+) False XLOC_013052
TCONS_00026934 lncRNA downstream 129905 45456662 ~ 45478424 (+) False XLOC_013052
TCONS_00026936 lncRNA downstream 141466 45468223 ~ 45478424 (+) True XLOC_013052
TCONS_00027165 lncRNA downstream 346720 45673477 ~ 45675969 (+) True XLOC_013056
TCONS_00026937 lncRNA downstream 393531 45720288 ~ 45722866 (+) True XLOC_013058
TCONS_00025940 mRNA upstream 49851 45114392 ~ 45264117 (+) False XLOC_013049
TCONS_00025941 mRNA upstream 49851 45200043 ~ 45264117 (+) False XLOC_013049
TCONS_00025942 mRNA upstream 54092 45228691 ~ 45259876 (+) True XLOC_013049
TCONS_00025935 mRNA upstream 439634 44849809 ~ 44874334 (+) False XLOC_013046
TCONS_00025931 mRNA upstream 493778 44795711 ~ 44820190 (+) False XLOC_013045
TCONS_00025945 mRNA downstream 156525 45483282 ~ 45519748 (+) False XLOC_013053
TCONS_00025946 mRNA downstream 177605 45504362 ~ 45517671 (+) True XLOC_013053
TCONS_00025948 mRNA downstream 199828 45526585 ~ 45569107 (+) False XLOC_013054
TCONS_00025949 mRNA downstream 216224 45542981 ~ 45561786 (+) False XLOC_013054
TCONS_00025950 mRNA downstream 224026 45550783 ~ 45569024 (+) False XLOC_013054
TCONS_00025943 other upstream 54871 45258981 ~ 45259097 (+) True XLOC_013050
TCONS_00025939 other upstream 263018 45050835 ~ 45050950 (+) True XLOC_013048
TCONS_00025934 other upstream 493222 44815507 ~ 44820746 (+) True XLOC_013045
TCONS_00025912 other upstream 1159697 44153674 ~ 44154271 (+) True XLOC_013036
TCONS_00025911 other upstream 1194706 44119137 ~ 44119262 (+) True XLOC_013035
TCONS_00025947 other downstream 199726 45526483 ~ 45575178 (+) False XLOC_013054
TCONS_00025985 other downstream 1250264 46577021 ~ 46577139 (+) True XLOC_013073
TCONS_00026000 other downstream 3111740 48438497 ~ 48438613 (+) True XLOC_013089
TCONS_00026002 other downstream 3214903 48541660 ~ 48553208 (+) True XLOC_013090
TCONS_00026020 other downstream 4084660 49411417 ~ 49447042 (+) True XLOC_013104

Expression Profile

//