RNA id: XM_036984484.1



Basic Information


Item Value
RNA id XM_036984484.1
length 8800
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 14
gene id kcnq5a
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 70555702 ~ 70677281 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence


CTTCACGCAGATGCCCAAAGCGCCGTGAGCACAGAAGTCTCCAAACACCAGAATTCTACTTACCGCACCGAACCCCAGTAGATGACAGCATAAAATAGCCTAGTGTTAATTATAGTTATTTACATTAATTCATCAATATAGCAGTATGGTTTTCTTTCCTACACCTTAGTTTGCTTTTCCAAGAGACCTCTTTGTGCAAACTCTTTTGTACTCTATGTGCACGTCCCCGTGGTTACTGCACATCCCCAGCCGGTGTTGGTGATGCCATGCCCCGCAACCACAGTGGCGATGAAGCCAGTTCTGGGCTCTGGATGAAAACCTCTCCAGGGCGTCGGGCTCAGAACTATAGGTTGAAAGATGTGGAGTCTGGACGGAGGATGATGAACAACGCTGTTCGAGTCGGAGACGGGATGCTTTCGCCAGGCGCGGCAGGTGCAGGGGGCGCGGAGAGGAGAAAGGGCGCCCGGTTGAGTTTGCTCGGGAAGCCGCTCATCTACAGCGCGCAGAGCGGGCGCAGAAACGCGCACTACCGTCGTCTCCAGAATTACCTCTATAATGTACTGGAGAGACCCAGGGCATGGGCGTTCATCTACCACGCCTTCGTgttcATCTTGGTGTTTGGCTGTCTGGTCCTGTCAGTATTCTCCACAATCCCTGCCCATCAGGACCTGTCCAACCACTTTCTGCTCATCCTGGAGTTTGTGATGATCGTGGTGTTTGGGCTGGAGTACATCATCAGGATATGGAGCGCAGGCTGCTGCAGTCGCTACAGGGGCTGGCAGGGACGCCTCCGCTTTTCCAGGAAACCCTTCTGTGTTatagACATCATTGTACTCATAGCTTCCATTGCTGTGGTGTCAGCGGGTAGCCAAGGTAACATCTTTGCCACATCAGCATTGAGGAGCCTTCGCTTCCTGCAGATCCTGCGAATGGTGCGCATGGACCGCAGAGGGGGCACCTGGAAACTACTGGGATCTGTTGTCTACGCGCACAGTAAGGAGTTGGTGACAGCTTGGTACATTGGGTTCCTGGTGCTTATCTTCTCTTCGTTCCTGGTCTATCTTGTGGAGAAGGAGTTCAACAAAGACTTTGCCACCTATGCTGATGCTCTGTGGTGGGGCACAATCACTCTGACAACCATCGGCTACGGAGACAAGACTCCTCAGACGTGGACGGGTCGTCTGATCTCAGCTGGCTTTGCTCTGATGGGGATCTCCTTCTTCGCCCTGCCTGCCggtATCCTGGGCTCAGGCTTTGCCCTGAAGGTACAGGAGCAGCACAGACAAAAACACTTTGAGAAGAGGAGGAACCCAGCAGCCAGCCTCATCcagTGTGTCTGGCGTAGTTATGCTGCTGATGAGAACTCGGTTTCCATAGCTACCTGGAAGCCTCATTTGAAGGCGTTGCATACCTGCAGTCCTGCAAAGAAAGAACAGGGTGAGACGATTAGCAGtacTAAGTTGAGCTTTAAGGAGCGGGTACGTATGGCAAGCCCTCGCGGCCAGAGCATGAAGAGCCGCCAGACATCCATCAACAATGATCGGCGTTGTTCCCCGGGCAACAATGTGGCGGGCGCTGAGACGCGCAGCAGCCCTGCCAAGGTGCAGAAGAGCTGGAGCTTCAATGACCGCACCCGCTTTAGACCCTCTTTACGCCTTAAGAGCCAATCACGCACCTCGCCATCCGAAGTAGACACAGGAATGGGGAATGATGACACGTTCGACGACAGGGGCTGCCactgtgatgtcaccatggaGGACATAACAGCTGCACAGAAGGCTGTCATCAGAGCCGTCAGGATCATGAAGTTTCATGTAGCAAAGAAGAAGTTTAAGGAGACTCTGCGTCCATACGATGTGAAGGATGTGATAGAGCAGTACTCTGCAGGACACCTGGATATGCTCTGCAGAATCAAGAGTCTACAAACTAGGGTGGATCAGATACTGGGTAAGGGCCAGATCCCCATGGACAAAAAGATCAGGGACAAGCTTCACCCTGATGGGGACACACTGGAGGACATGAGTATGCTGGGACGTGTGTGTAAAGTGGAGAGACAGGTGACGTCCATAGAGTCAAAGCTGGACTCTCTGCTAGATGTGTACAGGCAGGGCTCGTCtgccctcaccctctcctccctgcccCTTTTCGAGCTGGAGCACCAGACATCCGACTACCAGAGCTCCATCCTCAGCAAGGACCTGCCCTCTGGCTCCCACCTGGGAGGGGAGTGTGTAAGAGGGCATCCaggtgaggggggtgggggtatgtCCCGGTCAACAACAGGTGACCATCTCTCCAGGGGCCTCCAGCTCATACTGGCCCCCAGCGAGCTCACCCTCAACACCTGCCCTCCCCCATACCCTGCCTCCACCGCATCCCCCACACCCATGCCCTTCCTGCTCCCTGATAGCCCCTACCCGCTCCTCACCACCCCCAGTAGTTTCCCCAGGCGAGCGCATTTCCCTAACCTCCTGCCCCCTCCACCATCTGCTGGTGCCGCCACCCTCCATCTGCCCACCACTGGCCCCCAGCACAGACGCCCCCTCTGCCCCACCCCAGCTGCTCCTCGAAGGGGTAGGCTGGAGGAGAGCTCAGGCCCCTCTGTGATGGTGGGCTCCAGGGTGGAcgatggagaggaggacagagagggggaacatGCCCAGAGCAGGGTGCAGCTGAGGGGGAAGCCCCACTTGAGGGAAGAGGGCCCCTGGAGGAGGCACTTGAGCCTGGAGGTGGACCCCTTGCTGCTGCTCTCCTCTGGATGTGAGGGGGTACCCTCTGAgcagggacaggggctggggaaGTCCTGGTCAGCACACAACCTTACTCAGCCATCTGCAGACAACCCCCCCAACCTGTCCTCCCCCCTCGGCAACAGTAGCAGTTCCAGAGATGGCTCCCAAGGCAACCTCGACGTTAGCAACTGGCGTGAAACAGACCTTTTCATCACTGTCTGTGACCTGGAGCCACAGGTGGACCAGTTTGATTTCCTGTCCCAGGAGAGTGGCTTCCTGTCCCATCCCACAGCAGACGGTACTGGCTGCTTGGACCTCTTGCTGACTGAAGATGGGGGGTCCTCAAGCAGTTTGACCGGACCCCACATCCCCACAATGGACAGTGCAGAGTCCCTCAACCAGCCTCCCCATGTACGACTAAAATAACTATTCCATAGGAGTGAATAAAATAACTCcttccccccaacacacacattacTAATACGACCATCCAGCATAGAGGATtcactggacaaaaaaaaaaaaaaaaatgatttgaaAATGTTGATTTTAACTCTGTTTTTAAGATGTTTGAGGTGTCAACAAAAGATGTCCTCTCATGCATATCATTGCATGGACTATTTCCTAAAACAGCAACAAGCTGAGAAACTAACAGGGgaaggggagatgggggaggaagaTTGAACAAAAGAGAGTTTGGTCAGATAGTGGTACTGTTTGCTCTCTCGACTATGCATGACCACCGCATGTCTAAACTGCACTTTAGGGTCGAGAGCATTCAAGCCCCCGAGCCCCTTCGATAGCCTTGGAACCACAGTTATGAGGGCTGAGTCCAACCTCATAAGCCCACAGCTCACCTGTTTTTACCTGCATGTACCATTCATGTATCTTCCAAACCCTTGAGAGGCAATTTGGAGCAGTCAGCTATTATTACCCAAGTATTCCTAACAAGCTCACCATTTAATAATAGATAATACAATAATTAATTTGATATTAACATAAGAAGATAAACCTATTGAAGTACATTTGTCAATTATTTTCCTAATAAATTGTACAATCTTGTGAGGCCATTTGATTTTGAACAAATCCAATTTGCTGATTGCGTGCTCCAGTAGGATTCATTGTTTTGGACTTTTAAAGGCATTTAGTGAAAGACAAACAGCAGCCAAATAAGATCAGTTATGACTGTGATACAGTAGATAGTGAAACAAGGCTGGGGTACACTGCAGTTGTCGGTCACAATAAACACTGCAGAATGCAGGGTTTCTTGTCTTACAGCTCATGTGTACCACTGCCTTGTGGTACACAGGCAGCAGCACTGTTTGACTGCCACTCAGCCTGAACACAGATGCCTGCTCTTGAATGAGAATATGCACAAAACTGTGTCAGCCATTGTGATTTCCTCTATTTTGCACCTTTTTGTTCTTGAAGAAGAGACAGACACAACAGTCTTAAATGTCTTCTGTGGCGTTAACGATGACAGCTTACATTCAACACATTTGTTTTTATGGTGCATAAGTGCACTTGGCTTAGCTGATTAACAATTACACTGTAGAATGCAATATGTACAGATGAATGCCAAAATACagaaaacacttgagtaaatgagggattcaAAGTACATTGAAAGCAGGCTATTTCACACAGGtttggttcctgagttaattaacatcccatcatgcatagggtcatgtataaaaatgtccagttgcccattattttggctaccatggctagaagatctcagtgactttgaaagaggggtctcaaagtaGCAGAAGGGGTTtattacagggtgtgtgtgtttgtgcgcacataaaaaaatactgtagtatactctggtataaatactatagtattcactgtagtgtttttgcagactttactgtagtatttactgttaACTATAGCGTAGAAACTGTAGTAAAGGGAAAACTTTAGtgtatactatagtaattaatgtagtgttttttgcggattgtaatatactgtagtgtttttgctgacattactgtagtatttactatagtgttattgcattataatctTTGACAAGAAACCTTCTGGAGAACTAATAAAAGAGCACATTTagcataacctgtaggtaggtaggactggggtctgaacggatagttcagagcttctgctcttttccataacctgtaaggaacacaatatatggtctatacttggcatgtaggtttctcatttatgggtggcacaaattgcgATATTGAGTAGGGGAATGGTCAGGGTATATAc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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU86348 lncRNA upstream 14086 70541121 ~ 70541616 (+) False G78098
TU86349 lncRNA upstream 14086 70541121 ~ 70541616 (+) False G78098
TU86350 lncRNA upstream 14086 70541121 ~ 70541616 (+) True G78098
TU86262 lncRNA upstream 198498 70356982 ~ 70357204 (+) True G78016
TU86260 lncRNA upstream 200044 70355262 ~ 70355658 (+) True G78014
TU86464 lncRNA downstream 38335 70715526 ~ 70726790 (+) True G78198
TU86946 lncRNA downstream 71981 70749172 ~ 70749562 (+) True G78649
TU86965 lncRNA downstream 94904 70772095 ~ 70774313 (+) True G78666
TU87040 lncRNA downstream 185493 70862684 ~ 70866754 (+) True G78728
TU87319 lncRNA downstream 323636 71000827 ~ 71001055 (+) True G78992
XM_036984301.1 mRNA upstream 151079 70229959 ~ 70404623 (+) False LOC110528470
XM_021610639.2 mRNA downstream 2692 70679883 ~ 70711478 (+) True ddx43
XM_021610738.2 mRNA downstream 359249 71036440 ~ 71076239 (+) False ccdc85a
XM_021610750.2 mRNA downstream 570911 71248102 ~ 71266030 (+) False vrk2
XM_036984515.1 mRNA downstream 571047 71248238 ~ 71266030 (+) True vrk2
XR_002474288.2 mRNA downstream 603270 71280461 ~ 71323276 (+) True LOC110528637
TU83729 other upstream 2180773 68374505 ~ 68374929 (+) True G75747
TU81938 other upstream 3770733 66784335 ~ 66784969 (+) True G74139
TU81852 other upstream 3796718 66756207 ~ 66758984 (+) True G74067
TU81346 other upstream 4131621 66420495 ~ 66424081 (+) True LOC118965274
TU81252 other upstream 4267233 66287679 ~ 66288469 (+) True G73515
TU87354 other downstream 359279 71036470 ~ 71076102 (+) True ccdc85a
TU90667 other downstream 2874425 73551616 ~ 73571737 (+) False G82111
TU90669 other downstream 2893875 73571066 ~ 73571737 (+) True G82111
TU92487 other downstream 4232034 74909225 ~ 74909806 (+) True G83836
TU92479 other downstream 4435469 75112660 ~ 75114190 (+) True G83829

Expression Profile