RNA id: TU1688


Basic Information

Item Value
RNA id TU1688
length 3089
lncRNA type antisense_over
GC content 0.36
exon number 4
gene id G1355
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 970185 ~ 976099 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ccggagcagtttaattccAACGGCATAAAGAAATAACCagcatgggtacaaaacccgacgtGCACCAGTCACTTACAGCAAACAATccaacacaaagacatggggggaacagagggttaaatacacaacatgtaatgagggaatgagaaccaggtgtgtgggaaaacaagacaaaacaaatgggaaATGAAAAGGGGAATCGACGATGGCAAGAAGACCGGTGACCCgaccgccacccgaacaaggagaggaaccgacttcggaggaagtcgtgacagacaCACTGTTTTGACATTTGAGAAATATGGCAAGGCCCGTTTCTCTGTCCATTCTTCCCTGAAACTTATATTTTCATTATTCACCTTTCTTTTGAGACTTTTTCAGAGGACATTTTCTCTTGAATGCTGTTTTTCCCCAATCAATGcacaaagaaaaataaaaaaacaaatctaATATAGACATTGGTGATTTTATCAGTGTAATCAGAGTGAAAGTATTAGGATATGTTATTGACACTGGACTGATAATATAGCCTCTAACCAGATGTGTTTACGTATAGTTTAATTTGTAGCAGAGGCCTATGAATGGGCTGttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagaagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGATTGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGATTGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGATTGGGCTGttatgatgtagcagaggcctatgattgggctgttatgatgtagaagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGAATGGGCTGTTATGTTGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGCTAttatgatgtagcagaggcctatgaATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGAATGGGCTGttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTATTATGATGTAGCAGAGGACTATGAATGGGCTGttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttattatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttattatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgctattatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagagGGCTATGAATGGGCTGCTAttatgatgtagcagaggcctatgaATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGAAGAGGCCTATGAATGGGCTGttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTATTATGATGTAGCAGAGGACTATGAATGGGCTGttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttattatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaTTGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttattatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgctattatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaATGGGCTGTTATGTTGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTAttatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagagGGCTATGAATGGGCTGTTATGATGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGctattatgatgtagcagaggcctatgaATGGGCTGTTATGTTGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGCTAAtatgatgtagcagaggcctatgaatgggctgttatgatgtagcagaggcctatgaATGGGTTGTTATAATGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATAATGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATAATGTAGCAGAGGGCTATGAATGGGCTGTTATGATGATGTTGTTGCATAGGCCTATGAATGGGCTGTTATGatgatgtagcagaggcctatgaATGGGCTGTTATGATGTTGTTCGATGTTGACTATTAGCAGAGAAAAGGCCAAACCTATTGCAGACCCCTGCTATCCTACACTGTACTAGTTTAGCTGCAATTTATTGTTTTGGGTGCATACACAGGAGGTCCCATACCGGGAAGTAATGACATCTAATATCAGCCCTGTTTTAAACCAAACCCTTTCCTccaaccctcactctcccattctcctcctctcctcccatagtctggtgtgtgtgtgggctgaaGGGCGAGGGTTCATGGGGTCATGGTGTAGGGGTCAGGCGTGGTCTTCGATGGGAAAGACAAGGCGTGTGCTGCGGGACAGGAATTCctggtccatctctctctctagtgcctCTTCAGATGTGCTGCTGCTCCTCTTCCCGTTGACCCCCCAGCCCCCCGCGTCCGCCCCTCCACTGGACGCTCCTTTAGCCGTGATGGCCGTGTCGTCGTAGGTCAGCGCCAAGTCGCCGTCATTCAGGATCAGGTCGGAGTCGTCGTCTCTCAGCTGCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1681 lncRNA downstream 2852 965062 ~ 967554 (-) True G1351
TU1665 lncRNA downstream 24525 945567 ~ 945881 (-) True G1337
TU1664 lncRNA downstream 25454 944023 ~ 944952 (-) True G1336
TU1642 lncRNA downstream 93523 875930 ~ 876883 (-) True G1321
TU1641 lncRNA downstream 113315 856681 ~ 857091 (-) True G1320
TU1708 lncRNA upstream 13812 989911 ~ 1012938 (-) True G1365
TU1711 lncRNA upstream 22617 998716 ~ 1000339 (-) True G1367
TU1718 lncRNA upstream 42298 1018397 ~ 1021689 (-) True G1373
TU1738 lncRNA upstream 77588 1053687 ~ 1055335 (-) False G1382
TU1739 lncRNA upstream 77588 1053687 ~ 1060337 (-) True G1382
XM_036977758.1 mRNA downstream 199090 749441 ~ 771316 (-) False rp2
XM_021584115.2 mRNA upstream 39643 1015742 ~ 1040056 (-) True chst7
XM_021607727.2 mRNA upstream 324470 1300569 ~ 1311123 (-) False nipa2
XM_021607802.2 mRNA upstream 324474 1300573 ~ 1311792 (-) True nipa2
XM_021608020.2 mRNA upstream 337407 1313506 ~ 1316587 (-) False nipa1
XM_036978631.1 mRNA upstream 337407 1313506 ~ 1317525 (-) True nipa1
TU1544 other downstream 288510 649951 ~ 681896 (-) True plcxd1
TU323 other downstream 726983 237129 ~ 243423 (-) True sft2d2a
TU247 other downstream 944733 25269 ~ 25673 (-) True G202
TU2151 other upstream 777146 1753245 ~ 1760430 (-) True G1651
TU2331 other upstream 1116311 2092410 ~ 2097124 (-) True G1788
TU2559 other upstream 1557931 2534030 ~ 2534513 (-) True G1954
TU2862 other upstream 1766788 2742887 ~ 2743574 (-) True G2192
TU3379 other upstream 2002516 2978615 ~ 2978916 (-) True G2605

Expression Profile