RNA id: TU982


Basic Information

Item Value
RNA id TU982
length 3546
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 3
gene id G792
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 1618268 ~ 1725820 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tatgacagaccaggtagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacaccaaatagatctactgtctctattattatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatcaactgtctctattgtactatgacagaccagctatatctactgtctctattataatatgacaggccagctagatctactccctgttttctattatgacataccagctagatatacggtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctgttataatatgacaggccagctagatctactccctgttttctattatgacagaccagctagatcaactgtctctattgtattatgacagaccagctagatcaactgtctctattgtactatgacataccagctatatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacaaaccagctagatctactgtctctatgtctcaattatattatgacacaccagctaaatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctactgtctgtattataattcgacagaccagctagatctactgtttctattatatgacagaccagctagatatactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagagcagctagatctactgtctctattgtattatgacagaacagcttgatatactgtctctattgtactatgacataccagctagatccagtgtctctattataattttacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctaatgtctctcttataatatgacagaccagctagatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtactatgacataccagctagatatactgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagacgagctagatctactgtctctattatgctatgacagaccagatagatctactgtctctattataatatgacaccagctagatctactccctgttttctattatgacagacaagctagatctactgtctctattataatatgacagacgagctagatctactgtctctattatattatgacagagcagctagatctactgtctctattataatatgacaggccagctcgatatactgtatctattatgctgtgacagaccagctagatctactgtctctattataatttgacagaccagctagatatactgtctctattatgctatgacagacaagctagatctactgtctctattataatatgacaccagctagatctactgtctctattattatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacaccagctagatctactgtctctatgtgtctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctacagtttCTAttaaatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgactgaccagcttgatatactgtctctattgtactatgacataccagctagacctactgtctctattataatacgacaggccagctagatatactctctctattatactatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatatactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagagcaggtagatctactgtctctattataattttacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacaccagctagatctaatgtctctattataatatgacataccagctagatctactctctctattataatatgacaccagctacatctctgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctacagtctctatgtgtctactatattatgagagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatcaactgtctctattgtattatgacagaccagctagatcaactgtcgctattgtactatgacagaccagctttatctattgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacacaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctactgtctgtattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatacgacaggccagctagatctactgtctctattatactatggcagaccagctagatctactgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctgttataatgacagaccagctagatctgctgtctctattatattatgacataccagctagatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtactatgacataccagctagatatactgtctctattataatttgacagaccagctagatctgctgtctctgttataatatgacaggccagctagatctactgtctcaactatattttgaaagaccagctagatttactgtctctattatattacgataAACccgctagatctgctgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagagcagctagatctactgtctctattataatatgacaggccagctagatatactgtctctattatgctatgacagaccagcgagatctactgtctctattataatttgacagaccagctagatatactgtctctattatgctatgacagaccagcgagatctactgtctctattataatttgac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1025 lncRNA upstream 3563 1692275 ~ 1703738 (+) True G808
TU1024 lncRNA upstream 6722 1690715 ~ 1700579 (+) True G807
TU1015 lncRNA upstream 9736 1693916 ~ 1697565 (+) True G798
TU1008 lncRNA upstream 17289 1671951 ~ 1690012 (+) False G792
TU1020 lncRNA upstream 20007 1684175 ~ 1687294 (+) True G803
TU1042 lncRNA downstream 13461 1739281 ~ 1751211 (+) True G824
TU1056 lncRNA downstream 42018 1767838 ~ 1768365 (+) True G836
TU1071 lncRNA downstream 84848 1810668 ~ 1811153 (+) True G848
TU1134 lncRNA downstream 170946 1896766 ~ 1897519 (+) True G901
TU1162 lncRNA downstream 252287 1978107 ~ 1978417 (+) True G927
XM_036978985.1 mRNA upstream 110682 1460067 ~ 1596619 (+) False atp10a
XM_036978913.1 mRNA upstream 110682 1461493 ~ 1596619 (+) True atp10a
XM_021608164.2 mRNA upstream 308921 1334097 ~ 1398380 (+) True gabrb3
XR_005051889.1 mRNA upstream 379035 1327322 ~ 1328266 (+) True LOC118964682
XM_036978261.1 mRNA upstream 406677 1193232 ~ 1300624 (+) True cyfip1
XM_036979059.1 mRNA downstream 6969 1732789 ~ 1770434 (+) False LOC110520782
XM_036979130.1 mRNA downstream 6974 1732794 ~ 1770434 (+) False LOC110520782
XM_036979098.1 mRNA downstream 6985 1732805 ~ 1770434 (+) False LOC110520782
XM_036979162.1 mRNA downstream 6985 1732805 ~ 1770434 (+) False LOC110520782
XM_036979236.1 mRNA downstream 10925 1736745 ~ 1770434 (+) True LOC110520782
TU710 other upstream 697094 1003783 ~ 1010207 (+) False G583
TU707 other upstream 698148 1003783 ~ 1009153 (+) False G583
TU206 other upstream 1387327 318047 ~ 319974 (+) False G166
TU83 other upstream 1577038 120466 ~ 130263 (+) True G51
TU80 other upstream 1586994 112959 ~ 120307 (+) True G50
TU1201 other downstream 353078 2078898 ~ 2079603 (+) False G961
TU1202 other downstream 353078 2078898 ~ 2079603 (+) False G961
TU1203 other downstream 353078 2078898 ~ 2079603 (+) True G961
TU1265 other downstream 533063 2258883 ~ 2263565 (+) False G998
TU1266 other downstream 533063 2258883 ~ 2263565 (+) False G998

Expression Profile