RNA id: TU4655


Basic Information

Item Value
RNA id TU4655
length 3252
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 4
gene id G3575
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 4815026 ~ 4820692 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggctGCAGTATTGTGGCTGTAGTGTTGTGGCTGTAGTGTTTGggttgtggtagtgtagtgtagtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtgGCTGTAGTGTTTTGGtaatgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtactgttgtggtagtgttgtgttagtgttgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgcagtggtagtgttgtggtagtgtggtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgtcgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgttgtggtagtgtaatggttgtgtagtGGTAGTGTAGTTGTAGTGTaggggtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtggtgtagttgtagtgtaggggtagtgtagttgtagtgtaggggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctgtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtggtagtgtaatggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctGTGTTGTGATAGTGTTGTggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgcagtggtagtgttgtggtagtgtggtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgttgtggtagtgtaatggttgtgtagtggtagtgtaggggtagtgtagtggtagtggtagtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgTTGTGGTAGTGTAATGGTAGTGTAAGGGTAGTGTAGTTGTAGTGTaggggtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtggtgtagttgtagtgtaggggtagtgtagttgtagtgtaggggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctgtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtggtagtgtaatggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctGTGTTGTGATAGTGTTGTggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtatggttgtgttgtggtagtggtagtgttgtgaTAGTGTTGTGGTAGGGTAGTGGTAATGTAGtggtaatgttgtgttgtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtatggttgtgttgtggtagtggtagtgttgtgaTAGTGTTGTGGTAGGGTAGTGGTAATGTAGtggtaatgttgtgttgtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtgttagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtggtagtgttgtggtaatgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU4647 lncRNA upstream 7762 4807021 ~ 4807264 (+) True G3569
TU4622 lncRNA upstream 52422 4762249 ~ 4762604 (+) True G3544
TU4564 lncRNA upstream 114972 4695588 ~ 4700054 (+) True G3522
TU4561 lncRNA upstream 119668 4692248 ~ 4695358 (+) False G3521
TU4563 lncRNA upstream 119668 4692248 ~ 4695358 (+) True G3521
TU4658 lncRNA downstream 1793 4822066 ~ 4823158 (+) True G3576
TU4663 lncRNA downstream 7667 4827940 ~ 4828266 (+) True G3580
TU4691 lncRNA downstream 49698 4869971 ~ 4871942 (+) True G3601
TU4697 lncRNA downstream 63721 4883994 ~ 4884355 (+) True G3605
TU4711 lncRNA downstream 88858 4909131 ~ 4910563 (+) True G3617
XM_021616297.2 mRNA upstream 962017 3848517 ~ 3853009 (+) True im:7152348
trnap-ugg mRNA upstream 967067 3847888 ~ 3847959 (+) True trnap-ugg
trnap-cgg mRNA upstream 967332 3847623 ~ 3847694 (+) True trnap-cgg
XR_005052490.1 mRNA upstream 989161 3823136 ~ 3825865 (+) False LOC118965227
XM_036981292.1 mRNA upstream 1190444 3602663 ~ 3624582 (+) True bcl6aa
XM_036983882.1 mRNA downstream 128454 4948727 ~ 4957086 (+) False agxta
XM_036983911.1 mRNA downstream 129118 4949391 ~ 4957086 (+) True agxta
XM_036984367.1 mRNA downstream 843898 5664171 ~ 5767693 (+) False LOC110526525
XM_036984422.1 mRNA downstream 843898 5664171 ~ 5767693 (+) False LOC110526525
XM_036984452.1 mRNA downstream 843898 5664171 ~ 5767693 (+) False LOC110526525
TU4331 other upstream 373118 4439966 ~ 4441908 (+) True G3351
TU4195 other upstream 415582 4398904 ~ 4399444 (+) True G3234
TU4120 other upstream 636953 4175323 ~ 4178073 (+) True G3176
TU3203 other upstream 1311445 3503269 ~ 3503581 (+) True G2464
TU3048 other upstream 1598792 3214697 ~ 3216234 (+) True G2343
TU4683 other downstream 34248 4854521 ~ 4856248 (+) True G3596
TU4684 other downstream 36252 4856525 ~ 4857065 (+) True G3597
TU6645 other downstream 1697209 6517482 ~ 6518189 (+) True G5276
TU6993 other downstream 1990721 6810994 ~ 6811621 (+) True G5581
TU7952 other downstream 2904773 7725046 ~ 7725609 (+) True G6434

Expression Profile