RNA id: TU67539


Basic Information

Item Value
RNA id TU67539
length 1865
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 3
gene id G60837
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 55260989 ~ 55265484 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

atttatttgaatttggcgctctgcattttcactggattTTGGCCAGGTGGGTCGTTAATGTCCCACCTATCCCAAACAGACAACTTTCTgtatgctagtagtttaaacagacaccttgCTGTGTGCTAgaagtttaaacagacacctttCTGTTATCTAGTAGTTTATGCAGACATCTTGCTGtttgctagtagtttaaacaaatACATTGCCGTGTGCTAATAGTTTAAACAAACACCTTGCCGTGTGCTGGTAGTTTAAACAAACACTGTGTTGtttgctagtagtttaaacaaacACCTTCTGTGTGCTAATAGTTTAAACAAACACATTTCTGTGTGCTAATAGTTTAAACAAACACCTTgttgtgtgctagtagtttaaacagacatcttgCTGTTTGCTAGTAGTTTAAAAAGACAGCTTGctatgtgctagtagtttaaagaaACACCTTGCTGTGTGCTTGTAGTTTAAAGAAACACCATGCTGTGTGCTTGTAGTTTAAAGAAACAGCTTGctatgtgctagtagtttaaagaaacagctagctatgtgctagtagtttaaacaatCAGTTTGCTATGTGCTTGTAGTTTAAAGAAACAGCTTGatatgtgctagtagtttaaacaatCCGTTTGctatgtgctagtagtttaaagaaaccgcttgctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctatgtgctagtagtttaaagaaACACCTTGCTaagtgctagtagtttaaagaaACAGCTTGCTATGTGCTAGTAGGTTAAAGAAACACCTTGctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctatgtgctagtagtttaaagaaACAGCTTGCTATGTGCTAGTCGTTTAAAGAAACAGCTTGctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctaagtgctagtagtttaaagaaaccgcttgctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctaagtgctagtagtttaaagaaACAGCTTGCTATGTGCTAGTAGGTTAAAGAAACAGCTTGctatgtgctagtagtttaaagaaACACCTTGCTGTGTGCTAATAGTGTAAAGAAACAGCTTGCTATGTACTAGTAGTTTAAACAAACATCATGCTGTGCGCTAGTAGTTTAAAAAGACAGCTTGCTATGTGCTAGTTGTTTAAAGAAACAGCTTGctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctaagtgctagtagtttaaagaaacagcttgctatgtgctagtagtttaaagaaACACCTTGCCGTGTGCTGGTAGTTTAAACAAACACTGTGTTGtttgctagtagtttaaacaaacACCTTCTGTGTGCTAATAGTTTAAACAAACACATTTCTGTGTGCTAATAGTTTAAACAAACACCTTGTtttgtgctagtagtttaaacaaacacatttctgtgtgctagtagtttaaacagacatcttgCTGTTTGCTAGTAGTTTTTACAGACACCTTGCTGTGTGCTAGTAGGTTACATAGACATCttctgtgtgctagtagtttaaacaaacagcttgctgtgtgctagtagtttaaaaagACAGCTTActatgtgctagtagtttaaagaaacaccttgctgtgtgctagtagtttaaagaaacagcttgccatgtgctagtagtttaaaaaaTCAGTTTGCTATGTGCTTGTAGTTTAAAGAAACAGCTTGATGTGCGCTAGTAGTTTAAAGAAACAGCTAGCTATGTGATAGTAGTTTAAACAATCAGTTTGctatgtgctagtagtttaaagaaacagcttgctatgtgctagtag

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU67331 lncRNA downstream 45288 55215425 ~ 55215701 (-) True G60646
TU67321 lncRNA downstream 50647 55210017 ~ 55210342 (-) True G60636
TU67315 lncRNA downstream 54354 55206401 ~ 55206635 (-) True G60630
TU67314 lncRNA downstream 54729 55206019 ~ 55206260 (-) True G60629
TU67308 lncRNA downstream 57727 55203040 ~ 55203262 (-) True G60623
TU67625 lncRNA upstream 150192 55415676 ~ 55416790 (-) True G60918
TU67641 lncRNA upstream 160877 55426361 ~ 55428202 (-) True G60933
TU67720 lncRNA upstream 263845 55529329 ~ 55529546 (-) True G61003
TU67723 lncRNA upstream 265057 55530541 ~ 55530745 (-) True G61006
TU67725 lncRNA upstream 265586 55531070 ~ 55531272 (-) True G61008
XM_021605612.2 mRNA downstream 132719 55071579 ~ 55128270 (-) False LOC110525476
XM_021605620.2 mRNA downstream 132719 55071579 ~ 55128270 (-) False LOC110525476
XR_002473762.2 mRNA downstream 132719 55071579 ~ 55128270 (-) False LOC110525476
XR_005052176.1 mRNA downstream 226730 54978911 ~ 55034259 (-) True LOC118964914
XR_005052177.1 mRNA downstream 294436 54963456 ~ 54966553 (-) True LOC110525471
XM_036980645.1 mRNA upstream 478923 55744407 ~ 55801039 (-) True LOC110525505
XM_036980672.1 mRNA upstream 636413 55901897 ~ 56127796 (-) False LOC110525190
XM_021605162.2 mRNA upstream 636414 55901898 ~ 56147404 (-) False LOC110525190
XM_021605194.2 mRNA upstream 636414 55901898 ~ 56147404 (-) False LOC110525190
XM_036980680.1 mRNA upstream 636415 55901899 ~ 56000300 (-) True LOC110525190
TU67309 other downstream 57247 55203417 ~ 55203742 (-) True G60624
TU67299 other downstream 67266 55193297 ~ 55193723 (-) True G60614
TU67257 other downstream 106731 55150241 ~ 55154258 (-) True G60572
TU67198 other downstream 190090 55070392 ~ 55070899 (-) True G60516
TU66641 other downstream 523745 54729131 ~ 54737244 (-) True G59978
TU68326 other upstream 567341 55832825 ~ 55833360 (-) False G61563
TU68495 other upstream 887946 56153430 ~ 56153918 (-) True G61715
TU68821 other upstream 1259486 56524970 ~ 56533975 (-) True G61978
TU70000 other upstream 1770183 57035667 ~ 57062848 (-) False G63093
TU69997 other upstream 1786614 57052098 ~ 57062848 (-) False G63093

Expression Profile