RNA id: XR_005034649.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005034649.1
length 1472
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 3
gene id LOC118937361
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 4735246 ~ 4737284 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAAAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGCCTGGTTACTGGTTATAGAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGCCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGCCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGCCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAAAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTTGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGCCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGTCTGGTTACTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTATGTTGCCTGGTTACATAGTGAGGTAGAGGTTGTTTCCTGGATTCTTGGATGcagagaaatatggattggtgacattttttattatttgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU122620 lncRNA upstream 1809 4731957 ~ 4733848 (+) True G107917
TU122611 lncRNA upstream 13367 4711544 ~ 4722290 (+) True G107912
TU122607 lncRNA upstream 24718 4710089 ~ 4710939 (+) True G107911
TU122586 lncRNA upstream 28183 4706199 ~ 4707474 (+) True G107898
TU122583 lncRNA upstream 67047 4662524 ~ 4668610 (+) False G107896
TU122648 lncRNA downstream 26012 4763291 ~ 4764472 (+) True G107932
TU122660 lncRNA downstream 47352 4784631 ~ 4785544 (+) True G107942
TU122677 lncRNA downstream 82454 4819733 ~ 4820296 (+) True G107958
TU122686 lncRNA downstream 100104 4837383 ~ 4837938 (+) True G107965
TU122688 lncRNA downstream 102125 4839404 ~ 4840100 (+) True G107967
XM_036935527.1 mRNA upstream 80924 4602959 ~ 4654733 (+) False LOC110520696
XM_036935529.1 mRNA upstream 80924 4602959 ~ 4654733 (+) False LOC110520696
XM_036935531.1 mRNA upstream 80924 4602959 ~ 4654733 (+) False LOC110520696
XM_036935534.1 mRNA upstream 80924 4602959 ~ 4654733 (+) False LOC110520696
XM_036935545.1 mRNA upstream 80924 4603977 ~ 4654733 (+) True LOC110520696
XR_005034658.1 mRNA downstream 410822 5148101 ~ 5176987 (+) False LOC110506140
XM_036935645.1 mRNA downstream 410827 5148106 ~ 5176987 (+) True LOC110506140
XM_036935664.1 mRNA downstream 458652 5195931 ~ 5227041 (+) False tbc1d31
XM_036935658.1 mRNA downstream 458660 5195939 ~ 5227041 (+) True tbc1d31
XM_036935668.1 mRNA downstream 490778 5228057 ~ 5235894 (+) True LOC110520809
TU120937 other upstream 597161 4137813 ~ 4138496 (+) False G106814
TU120940 other upstream 597161 4137813 ~ 4138496 (+) True G106814
TU120871 other upstream 708063 4027075 ~ 4027594 (+) True G106775
TU120569 other upstream 935305 3639434 ~ 3800352 (+) True G106575
TU122634 other downstream 6889 4744168 ~ 4745586 (+) True G107922
TU122673 other downstream 71460 4808739 ~ 4811575 (+) True G107955
TU122792 other downstream 120632 4857911 ~ 4858274 (+) True G108048
TU123045 other downstream 399077 5136356 ~ 5136992 (+) True G108280
TU123151 other downstream 558900 5296179 ~ 5299933 (+) True G108354

Expression Profile