RNA id: TU127818


Basic Information

Item Value
RNA id TU127818
length 5150
lncRNA type sense_over
GC content 0.39
exon number 7
gene id LOC110506952
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 9701990 ~ 9742723 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GGGAAAGTGGACAGGATTATCAGGTCTCCTATCCTGGAAATGTCACCCTCAGAGATTTGTATTATTTTGTTTTTGCACCAACCCTCTGCTATGAATTAAACTTCCCCCGGTCTCCACGGATTCGAATGAGCTTCCTGCTAAGGAGGCTTTTTGAGATGCTGTTCTTCACCCAgttattggtgggattaacacaGCAGTGGATGATACCCATTATTCAGAGTTCTATGAAGCCATTGGAGGATATGGACCTGCCTATGATGATGGAGCGTCTACTCAGACTAGCCGTGAGTACACAAGAGAACACCGGGGTAATGCGGTCATGGTAACATGGTTGATAGTAACCTTAGGCCTTGAGAGATATGACATAAACATTGTATTGGGCCGTTCCGTTCTTCTATTGTTGTTTTATGTTGTCCTGGACACAGTATTAttcccctgtcttctctctcccatcAGGTGCCCAATCATCTTCTATGGTTGATATTCTTCTACTGGTTCTTCCACTCGTCCTTGAACTTTATTGCTGAGCTCCTGCAATTTGGAGACCGAGAGTTTTACAGAGACTGGTGGAACTCTGAGACCATCACATACTTTTGGCAAAACTGGAATATTCCAGTACACAAATGGTGCCTTCGcCACTTCTACAAGCCCCTGCTGAAGAGTGGAGTCAGTAAGTGGCTTGGCCAATCAGCAGTGTTCCTGGCTTCAGCCTTCTTTCATGAGGTAAGGTGCTCTGCTCCTAGCTGGGTGAAAGCAGACTGACCGCTGCGCTCATCTGTACTATTCCTTGTGAAGTGAAACAGAGTGTTAGCTTCATCAGGTGGTTTTTAACCAGGATGCTCTGCTGCCACTGCAGCTCATATCATCATAGTCTGACCCAAACATTCAATCGCCAAAACATAAACTTTTCAAAGAGAAAAGAcaagaaaaaacatgttttccatcAACGAATATAGAATTATGACCATTTAGAAGCTATTTTGAATGTTCTTGATTCTAAAGACATGAAATGTTCAGAGTACATTGAGGTTAGATACCACTTTCAATAAATGTAAAACAATTTAAATTGGCAAAACATGTAGTTACAAGGTTTTCATCAGACaatgactatatacagtatgtataccaTTTGTGAAGAAATCCTGCATTCTATCAGACTACAGTTTCATAATTGCTGAGATTGCTAGTCAGATTAGACTTTAAAGGCCACAGATATAGTTATTGCATGACAGTACAGTGAatatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacaatgactatactacacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtgactatactacaccgtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtgactatactacaccgtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacaATCTCTATACTatacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacaATCTCTATACTatacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtgactatactacaccgtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggcaacactacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacaATCTCTATACTatacagtggctatactacaccGTGGCTATGCTACgcagtggctatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatacaCACAGTGACTATACACACAGTGACTATGCTACAAAGTGActactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacaatgactatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtgactatacaCACAGTGACTATGCTACAAAGTGACTATACTACAAagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtgaccatactacacagtgactatactacacaatgactatactacacaatgactatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtgactatacaCACAGTGACTATGCTACAAagtgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtgactatactacaccgtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggcaacactacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacaATCTCTATACTatacagtggctatactacaccGTGGCTATGCTACgcagtggctatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatacaCACAGTGACTATACACACAGTGACTATGCTACAAAGTGActactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatgctatactacacagtgactatactacacagtggctgtactacacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtgactgtactacacagtgactatacacacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtgactatacaCACAGTGACTATGCTACAAAGTGACtactacacagtgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatactacacagtggctatgctatactacacagtgacaGTACTACACAGTGGCTgtactacacagtggctatactacaccgtggctatactacacagtgactgtactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatacacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatacacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtgactgtactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtggctatacaCACAGTGACTATACacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtggctatacacacagtgactatactacacagtgactatacaCACAGTGGCTATACACACAGTGACTATACacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacagtggctatactgcacagtgactatactacacagtggctatgCTATAttacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtggctatacacacagtgactatactacacagtgactatacacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtggctatacacacagtgactatactacacagtgactatactaaacagtgactatactacacagtgactatactaaacagtgactatactacacaatgactatactacacagtgactatactacacagtggctatacacacagtgactatactacacagtgactatactaaacagtgactatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtggctatacaCACAGTGACTATAGtacacagtgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtggctatactacacagtgactatactacacagtgactatactacacagtggctatactacacaatgactatactacacagtggctatactacacagtggctatatTACACcgtgactatactacacagtggctatactgCACAGTGGCAAcactacacagtggctatactacactGTGGCTATATTACACCATGACTATACTACACAatgactatactacacagtggctatgctatactatacagtGGCTATGCTACACAGTGACAGTACTACACAGTGGCCatgctatactacacagtggctatgctatactacacagtggctatactgCACAGTGACTATACCGcacagtgactatactacacaATGGCTATACTGcacagtgactatactacacagtgactatactgcacagtgactatactacacagtggctatactgcacagtgactatactacacagtggctatgTTATACTATACAGTGGCTATGCTACACAGTGACAGTACTACACAGTGGCTatgctatactacacagtggctatgctatactacacagtggctatgctatactacacagtgactataccgcacagtgactata

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU127833 lncRNA upstream 183 9725171 ~ 9725380 (+) True G112008
TU127823 lncRNA upstream 30886 9694367 ~ 9694677 (+) True G111998
TU127808 lncRNA upstream 40285 9684809 ~ 9685278 (+) True G111990
TU127796 lncRNA upstream 48186 9677177 ~ 9677377 (+) True G111978
TU127786 lncRNA upstream 71207 9654052 ~ 9654356 (+) True G111968
TU127836 lncRNA downstream 7652 9747359 ~ 9747559 (+) True LOC110520736
TU127838 lncRNA downstream 12397 9752104 ~ 9752340 (+) True G112013
TU127820 lncRNA downstream 43849 9783556 ~ 9784652 (+) True LOC110520735
TU127909 lncRNA downstream 50408 9790115 ~ 9790613 (+) True G112081
TU127910 lncRNA downstream 52902 9792609 ~ 9792883 (+) True G112082
XM_021586764.2 mRNA upstream 173919 9548702 ~ 9551644 (+) True LOC110506885
XM_036937369.1 mRNA upstream 243063 9445190 ~ 9482500 (+) False LOC110519250
XM_036937390.1 mRNA downstream 5159 9744866 ~ 9757901 (+) False LOC110520736
XM_036937388.1 mRNA downstream 18621 9758328 ~ 9785173 (+) False LOC110520735
XM_036937389.1 mRNA downstream 25063 9764770 ~ 9785173 (+) False LOC110520735
XM_036937396.1 mRNA downstream 33867 9773574 ~ 9776807 (+) False LOC118937659
XM_036937399.1 mRNA downstream 81423 9821130 ~ 9845619 (+) False LOC110520749
TU127811 other upstream 1692 9702040 ~ 9723871 (+) False LOC110506952
TU127567 other upstream 281522 9440309 ~ 9444041 (+) False G111788
TU127568 other upstream 281522 9440309 ~ 9444041 (+) False G111788
TU127569 other upstream 283797 9440309 ~ 9441766 (+) True G111788
TU127152 other upstream 393947 9330269 ~ 9331616 (+) True G111453
TU127846 other downstream 34496 9774203 ~ 9776451 (+) True LOC118937659
TU128663 other downstream 1071811 10811518 ~ 10826063 (+) False G112697
TU129356 other downstream 1501025 11240732 ~ 11243069 (+) False fbxo32
TU129360 other downstream 1521847 11261554 ~ 11273000 (+) False elovl4a
TU129361 other downstream 1521847 11261554 ~ 11272897 (+) True elovl4a

Expression Profile