RNA id: XM_021559416.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_021559416.2
length 9533
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 2
gene id LOC110487479
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 32988834 ~ 33002008 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

cagagagaggggcaggtcTATGGGAGGGACTAGCGCAGAGGCAGAATTGGAAGGAGGAGGGGGCGGGGAGGCGGCACGGGTGCTGTTTCTCCAGTCTCTTTCCCCTGTCTTTGTCTCACACTCTTTTGTTAGCCATGCCTAGCCTGCTGGTTCTAGCAGGGATCATGGAGAAAAATGGGGGCTACGGCGGGGATCTAGCCGGCTCCGGGTACGGAAGCGAAGGTCTCCTAGTGCCACCCGACGAGGAAGAAGACGACTCCCGTGCCCTGAGGGTCGCGCTGGGCCAGCTGTCTCTACTGGGGCTTGGTGAAGGCGAGGACGGTGGTGGGGCTCCTGGAACTGGAGTACAGGATCGgagtaacaataacaataaccatcACAACCATACCAATAATATTGGCGTAGGTATTGGTGACACAGGGCTTTTGCAAGGGAAGAACAAGTTATGTGTCCTGTACGAGGGTTCTTCAAGTGAGACGAAAGGACGAGGCTGCAACATAACAGAATGCGTCCCCGTGCCCAGCTCAGAACATGTGGCCGAAATAGTGGGGAGACAAGGTTGCAAGATCAAAGCCTTGCGGGCCAAGACCAACACCTACATCAAGACCCCCGTGAGGGGCGAGGAGCCTGTGTTTCTCATCACGGGCCGAAAGGAGGATGTGGCCCTGGCCCGGCGCGAGATCATCTCTGCCGCCGAGCACTTCTCCATGCTCCGAGCTTCCCGCAACAAGCTGGGTGTGTCCTTCAGCGGTTCCCCGCCTGCGCCCCTGCCGGGCCAGACCACCATCCAGGTGAGGGTGCCCTACCGCGTGGTGGGGCTGGTGGTGGGGCCCAAGGGTTCCACCATCAAACGCATCCAACAGCAAACCTGCACCTACATCGTCACCCCTAGCCGAGACCGTGACCCCGTCTTCGAGATCACGGGATCACCTAGCAACGCCGAGAGGGCCCGTGAGGAGATTGAGGCGCACATCGCATTCCGAACGGGAGGTCTGCATGACCACAACAACGAGAATGACTGCTTGGGGCCGGATGGCGGCAGCCCTGTAGGCTCCGGGGGTCTGGAGAGCCGCCTGCAGCAGGTGTGGGGTCTGCAGGGGGGCCAGCGCAAGCCGTTGACCAGCAGCTTCCGCCAGAACTTCTCAGATGCCATGGTTGGAGGAGAAGGTGGTGGCGTAATCTACAGCAAGGGCAACTTCAACAGCCCTGGAGAGAAGCCCTGTTCCTACTTTGGCTCAGAGGGCACCCAGAGTTGGGGAGACCCAGACTACCCAAAACAGGTGGCCTTCTATGCCCAGCAGCGCTCCAAGAGCTTTGGAggcctgcccctgcccctgaccAGACTCTCTCCAGGCCTTCCTGACCCCTGTGGAGGGAACAACGGCAACTCCTCGGGCACCAACATCACTATTCTGTCTGGCTCTCCTCATGCCCAGGCCCGCCGTGCCCACAGCGAGCCAACCTCGGGCGCGGGGTTCCCTGGACGCCTCCCTGTACCGGACTCGCCACCAGCCATCCTCCGGGACTGCATGACCTGCTTCGAGAGCAAAGTGACGGCCGCCCTGGTGCCCTGCGGCCACAACCTCTTCTGCATGGAGTGTGCCATCCGCATCTGTGAGCTCAACCATCCAGAGTGCCCGGTGTGCCACACCCTGGTCTCTCAGGCTATCCGAATATTCTCCTAAAAAACACCACGTCAGTTTTTAACATTCGTTTTATCACAGTGTTTGTTCTACAAttatttactattattattattattattatacttttCTTTTCTcagaaaatgtttaaaaaaaacaagcagaTATTTTAGAAGGCACTGCTTGCTTTACTAAAAAGTATAAGAAATATTTTGAATTTTttcttttatatatatacatatatattttataaaaGTTTTGTTTATAAGAAAAGTATAGTACCTagcattttttcagttttttttactgctgctgtttttcATTCACGAATCACAGTATGGGCGGAGTAGTAGGAACGTGAACATTTTACGATTCAGATTTATTTTACCATGAAGTGGTTTTATATGGAGAAAAGGAAGGAGGTGATCATTGAGGTTCAGTTTAACTCCCTGGTATCTTATCTGTACCTGAATGATATGGGAAGTCAAAATCAAACAGAAGGAAAAAGATTTAATCTTTCATTGCACCTTATAATCGTCTTAGTTTCGGATAGTCAGATTAATGATTGTCAATCATCCAGAAAAATGACGTAGCTGATGAAAAGGCAAATCCCTCAATGTGGCTCGAAAAAATGGAACAAGCTTTGATATTGTCATTGAAAGTCTAAATTTGTTCCAATCGAAGGACAGACTATTCCATCATTGTCATCTTTCTGACATTTGTGTCCCTTTACAAGCTCGTTGTTATACCTGGTAGTCCTCCCTAAACACCTGTTAGAATGGTAACAATATGGGACAGCAGACAAACGCCTTTCTTTATGCAGATATGTCTTACAGATTTCCTTTTTCACAAAGAGGTGAATGAATGAATGCTACACATTGTATTGCTGAAATATCACTGCAGTTTGGTGAAAAGTTTCAGCGATGCCTGTTCCTCGTGGCACTTGAAAAGCATGTTTCTTTCACCGGTGTTAAGCACTGATTTCATTTGTGAGGTCAAAAGCCTTGGAATTCGTCCAGTTGGCTAATTTGGGAGATCCGTCTCCCCGATGGACTAATTTCAAAGCCAACTTATACCCACTTTATTGTCTTATGTGGTAATTTAGCTGTTATCTGAACGATGTAGGACAAAAACGAGAGCCACTTTTGACAGGCATCTCTCTGAGGTTTGCGCAGTTAGAGCGTTAGCCATTAGAGTGGACAGAAGctgaggaaaacactgagctGTTCTCTGAATTGGTAATAGAGTGTGCCTAAATGGGCAAAAAGCTCCTAGAATACAGTACCACCATCCACAGAGCTCCCTCGCCACCCCCGTCCAGCAGCTTTGTATTTTAGCTCAGAGGCCTCTAATTATCAGAGCTGTGCAGAAGCAGGTGTTTAATAGCCCCCTCTTTTTCTATTTTCTTTGGGAGTggcttaaccccccccccccccgccccgccCCGCTTACTGTTCGATCGTTGGCTGTTGAAGGTAGTAATGACTGCAGCTGACCCAGAATGCATTGCCTCCCTGAGTGGGGCGTATTGTCTGGGCCCAGCGGTGGCGTGGGCCCGGAGTGCTCGGACACGGCCCGGAGAGACTCATTGATAATTAGGCAAATTGGCCGGTCCAGGTGCGGACCATGTGGCGACCCTGGTGCTGAATGGGGGGGTGAGACAGAGTCCCGGCGTGGGCTGCTGACCGCCCCACCCCTCTGTCACAGGCACAGAAGGTCCAGTCTGGGTGCAGCTGGGCGAATGGGACCCCTCCTTCCatatccccctccctctttccttctctgctGCTCTGAGCTATCCCTACTGGGGAGAGGGGCCTCCTTTGTCCCAACACTCAGGAAAAAAGCAGCATATGAAAGAAAGAGACCAACTGAACAGGCTGCCAGCTCTGAAATGAGAGTGAGGGGACTTTGCAGAAAGAAAGGATATCTACAGTGTCAGTAGATTCAGTAATTACCTAGTGTACAATTCTGACACACAGATCCAATTCTTTGAAATGCCCCACTGAACTAGATGTCTCCATGTGTTCTCAATAAGATAAGGGTATGAACACATGCAGACATATATCATTTAAGAGTATGAGGAGTCTGATCACTTGGAGTTCATCGTCCCCCCAATTTGGATGGAGGCCTTTGTGACAGAGAGCGAGTGCAGATCGAAGTTTCCAtagagagcccccccccccccccctttatctcCTGTCTGTATGGGACATCCTGCAGCTGCCCActcaccacagacacacaggcttAGCCAATGGCAGGCTAGCACTGGGCCTTCAGAATGAAATCAGACAATTGTAATTGACAGGAAAGCGGAGGAAACGCCCCATTTAGCCACCACTCATGCTGAATCAAATTACACACCCTTTGCCTCTGCCTTAGCCCCAGCCTGGGGAtttcagagggagggaggggggattaGAGCCGTTGGAGGATAAGAGGGGGGCTTtttggggtggagagagagagaaggctgctCTCAAAGAAAAGAGAACCTGCAGATCTAGTCTTTGTGAGAGGGGTAGTTAGAAGGCTGCTGCCTCATGTTTGCTGGTGGTGGCAGGTGAACAAGGACATGCTGGTGATTCAGCTGGTCTCCCACTAACACTGCATCAGATCGCTCTATTAAGTTGTTTTTTCAGGAGAACTCTTTTGCTCAACTTTTGTCCATCAAAATATAATGAATAGTTACAATAGACTGTTGTCCCTAGTCTAGGCAGCAACAGAGCCCCCCTTTCCCCCATTGTATTGTCAGCAGACCACTCCTGTTGTCCATGGACTGTGAAGAAATAGAACTGTACTTTCAGAGTATCTAAATTCTATTACATATTTAGAAATTAATTGACTATTTATTAATGGGGAGAACTGCACAGTGGTTTGGTCTGAACTGTCAATGACAATTTCAAGGCAGTATAACGCTGTTAACTGAATATAGTATTTTCTAttcttttttattttgttttaagcctGAATATTTTGTATTAAAAGATAAATATTGCTTTCACTTTGGCATGAAAGTTTAGTGACATACAGTAGGCCTTCAATAGTATTGCCCCTTAAAAAAACGTTCACGTAACTATTTGTCAGAAAAGAATGTGAATCAACCGGGTTGGGTGGGGTTAAATGGAATTGGGAAATTAGGCTCTTAAACCCTTTACATTAAAATATAGAGTAAAGCACCTTATTATGAGAAAACACATATAATTAATACCAAACCGACCACTGATGGTGAATATTTCTTCATAGATTTTGAAAGACATGCACATAAGGTTTCCCTATCATGTTTTTATAATATAATTATTGTTATTCcttgtagtagtggtattatgGGAAACCtctcatccattcagtcag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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU153604 lncRNA upstream 6806 32981182 ~ 32982028 (+) True G133374
TU153548 lncRNA upstream 144300 32844251 ~ 32844534 (+) True G133324
TU153373 lncRNA upstream 383235 32599383 ~ 32605599 (+) True isg20l2
TU153399 lncRNA upstream 442843 32545778 ~ 32545991 (+) True G133185
TU153363 lncRNA upstream 467739 32520810 ~ 32521095 (+) True G133163
TU153494 lncRNA downstream 9056 33011062 ~ 33012909 (+) True G133272
TU153645 lncRNA downstream 79681 33081687 ~ 33081982 (+) True G133415
TU153647 lncRNA downstream 81342 33083348 ~ 33083575 (+) True G133417
TU153665 lncRNA downstream 100924 33102930 ~ 33135626 (+) False G133432
TU153666 lncRNA downstream 100924 33102930 ~ 33135626 (+) False G133432
XM_021559388.2 mRNA upstream 49024 32896415 ~ 32939810 (+) False LOC110487447
XM_036946103.1 mRNA upstream 49024 32902516 ~ 32939810 (+) True LOC110487447
XM_036946079.1 mRNA upstream 106776 32877901 ~ 32882058 (+) True LOC110487411
XM_036946084.1 mRNA upstream 107618 32877901 ~ 32881216 (+) False LOC110487411
XM_021559366.2 mRNA upstream 112984 32873188 ~ 32875850 (+) True LOC110487428
XM_036946168.1 mRNA downstream 26867 33028873 ~ 33045721 (+) False LOC110487536
XM_021559474.2 mRNA downstream 28304 33030310 ~ 33033853 (+) True LOC110487571
XM_021559462.2 mRNA downstream 41192 33043198 ~ 33045721 (+) False LOC110487536
XM_021559454.2 mRNA downstream 41236 33043242 ~ 33045721 (+) False LOC110487536
XM_021559472.2 mRNA downstream 41281 33043287 ~ 33045721 (+) False LOC110487536
TU152486 other upstream 1101262 31857648 ~ 31887572 (+) False G132342
TU152482 other upstream 1105761 31857686 ~ 31883073 (+) True G132342
TU151909 other upstream 1622512 31360436 ~ 31366322 (+) True eaf1
TU151908 other upstream 1625621 31360436 ~ 31363213 (+) False eaf1
TU151868 other upstream 1695800 31291470 ~ 31293034 (+) False LOC110534710
TU153719 other downstream 165432 33167438 ~ 33169378 (+) True G133473
TU153923 other downstream 494448 33496454 ~ 33497285 (+) True G133663
TU154038 other downstream 812027 33814033 ~ 33814483 (+) True G133760
TU155162 other downstream 960411 33962417 ~ 33962658 (+) True G134735
TU156107 other downstream 1685949 34687955 ~ 34690946 (+) True si:dkey-30e9.6

Expression Profile