RNA id: TCONS_00027862


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00027862
length 527
RNA type processed_transcript
GC content 0.33
exon number 2
gene id XLOC_013953
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 14850817 ~ 14871231 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GATGAAAGATGTCGTCCTCTGTTGCTGGTGTATTTGTATGAAAAAGAGGAAGAGCTCATCCAGGAGTGCAATtgtgGTAATGCAGAGAAAATTGCTGTCTGCCAGAGGGATCACCAACCATGTGGACTTCTGCATTGTCTTGGACGATGAGTAAGTCATGGCCAGTTTGGAAAATCTGGAATTGCTTAACTAGATTTATACACATGTTCCCTAAATTAAAATCACCCGAAAACAAACTTAACTGACACAAATTCACTGTTACAAACTTTTGGGGAATTTTCACATCATTGACTGATTGTGTTGCTAATATTTTGAGATACAGCTTTTATACTGGTTTTATATGTTGTGCAATTCTGTCAGAGTTTGTATAAAATGTGACTATTCCTACAAAAGAAAgttgacagaatttttttttttccatgacaTGGATAAAGGATTTTTTTCAGTGCTTAACATTAatgtcaattttaaataaatattacattatattaatgaGTAATTTTTATTAATAGAGTAAATGACTAAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000146012

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027851 lncRNA upstream 740726 14109501 ~ 14110107 (+) False XLOC_013947
TCONS_00027846 lncRNA upstream 1044960 13796592 ~ 13805873 (+) True XLOC_013943
TCONS_00029879 lncRNA upstream 1215023 13631325 ~ 13635810 (+) True XLOC_013942
TCONS_00027844 lncRNA upstream 1430356 13414676 ~ 13420477 (+) True XLOC_013940
TCONS_00029878 lncRNA upstream 1601584 13230383 ~ 13249249 (+) True XLOC_013938
TCONS_00029881 lncRNA downstream 173612 15025916 ~ 15027342 (+) True XLOC_013955
TCONS_00029882 lncRNA downstream 449384 15301688 ~ 15303833 (+) True XLOC_013956
TCONS_00027868 lncRNA downstream 591077 15443381 ~ 15452953 (+) False XLOC_013957
TCONS_00029883 lncRNA downstream 1859522 16711826 ~ 16712299 (+) False XLOC_013967
TCONS_00027889 lncRNA downstream 1859530 16711834 ~ 16712299 (+) True XLOC_013967
TCONS_00027861 mRNA upstream 262419 14573998 ~ 14588414 (+) True XLOC_013952
TCONS_00027860 mRNA upstream 380022 14454306 ~ 14470811 (+) True XLOC_013951
TCONS_00027857 mRNA upstream 412012 14351560 ~ 14438821 (+) False XLOC_013950
TCONS_00027858 mRNA upstream 415579 14352332 ~ 14435254 (+) False XLOC_013950
TCONS_00027855 mRNA upstream 681376 14158075 ~ 14169457 (+) False XLOC_013949
TCONS_00027863 mRNA downstream 68696 14921000 ~ 14951756 (+) True XLOC_013954
TCONS_00027864 mRNA downstream 588537 15440841 ~ 15473157 (+) False XLOC_013957
TCONS_00027865 mRNA downstream 588718 15441022 ~ 15469187 (+) False XLOC_013957
TCONS_00027866 mRNA downstream 588815 15441119 ~ 15444388 (+) False XLOC_013957
TCONS_00027867 mRNA downstream 590759 15443063 ~ 15468445 (+) False XLOC_013957
TCONS_00027859 other upstream 452146 14394879 ~ 14398687 (+) True XLOC_013950
TCONS_00027852 other upstream 737924 14110971 ~ 14112909 (+) True XLOC_013947
TCONS_00027847 other upstream 1016840 13833879 ~ 13833993 (+) True XLOC_013944
TCONS_00027836 other upstream 1905867 12944850 ~ 12944966 (+) True XLOC_013935
TCONS_00027817 other upstream 3572304 11278413 ~ 11278529 (+) True XLOC_013922
TCONS_00027879 other downstream 1209522 16061826 ~ 16061961 (+) True XLOC_013963
TCONS_00027881 other downstream 1212159 16064463 ~ 16084101 (+) False XLOC_013964
TCONS_00027883 other downstream 1216666 16068970 ~ 16069103 (+) True XLOC_013965
TCONS_00027893 other downstream 2521328 17373632 ~ 17373686 (+) True XLOC_013972
TCONS_00027899 other downstream 2547959 17400263 ~ 17403895 (+) False XLOC_013974

Expression Profile

//