RNA id: TCONS_00027879


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00027879
length 136
RNA type snRNA
GC content 0.47
exon number 1
gene id XLOC_013963
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 16061826 ~ 16061961 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aaaaagggcatctgctgtgagTAGCATAGCTGTGGAAGGGATTCTCTGACACAGTTACGGAATCGCTATCAAGAGATTTCGGATGCATAATTTTTATGACACGGGGCTGCTAATGATCGTTGGTCTTGGCgcccca

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000115777

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027868 lncRNA upstream 608873 15443381 ~ 15452953 (+) False XLOC_013957
TCONS_00029882 lncRNA upstream 757993 15301688 ~ 15303833 (+) True XLOC_013956
TCONS_00029881 lncRNA upstream 1034484 15025916 ~ 15027342 (+) True XLOC_013955
TCONS_00029880 lncRNA upstream 1190595 14850817 ~ 14871231 (+) False XLOC_013953
TCONS_00027851 lncRNA upstream 1951719 14109501 ~ 14110107 (+) False XLOC_013947
TCONS_00029883 lncRNA downstream 649865 16711826 ~ 16712299 (+) False XLOC_013967
TCONS_00027889 lncRNA downstream 649873 16711834 ~ 16712299 (+) True XLOC_013967
TCONS_00027890 lncRNA downstream 845748 16907709 ~ 16909487 (+) True XLOC_013968
TCONS_00029884 lncRNA downstream 1291679 17353640 ~ 17354668 (+) True XLOC_013970
TCONS_00027896 lncRNA downstream 1323626 17385587 ~ 17386890 (+) False XLOC_013973
TCONS_00027878 mRNA upstream 25679 16032383 ~ 16036147 (+) True XLOC_013962
TCONS_00027876 mRNA upstream 30323 16015881 ~ 16031503 (+) False XLOC_013961
TCONS_00027877 mRNA upstream 34728 16016038 ~ 16027098 (+) True XLOC_013961
TCONS_00027875 mRNA upstream 440859 15571290 ~ 15620967 (+) True XLOC_013960
TCONS_00027874 mRNA upstream 529311 15521997 ~ 15532515 (+) True XLOC_013959
TCONS_00027880 mRNA downstream 2478 16064439 ~ 16089187 (+) False XLOC_013964
TCONS_00027882 mRNA downstream 6484 16068445 ~ 16086691 (+) True XLOC_013964
TCONS_00027884 mRNA downstream 160657 16222618 ~ 16655149 (+) False XLOC_013966
TCONS_00027887 mRNA downstream 160657 16222618 ~ 16657563 (+) False XLOC_013966
TCONS_00027886 mRNA downstream 160657 16222618 ~ 16657563 (+) False XLOC_013966
TCONS_00027862 other upstream 1209522 14850833 ~ 14852304 (+) True XLOC_013953
TCONS_00027859 other upstream 1663139 14394879 ~ 14398687 (+) True XLOC_013950
TCONS_00027852 other upstream 1948917 14110971 ~ 14112909 (+) True XLOC_013947
TCONS_00027847 other upstream 2227833 13833879 ~ 13833993 (+) True XLOC_013944
TCONS_00027836 other upstream 3116860 12944850 ~ 12944966 (+) True XLOC_013935
TCONS_00027881 other downstream 2502 16064463 ~ 16084101 (+) False XLOC_013964
TCONS_00027883 other downstream 7009 16068970 ~ 16069103 (+) True XLOC_013965
TCONS_00027893 other downstream 1311671 17373632 ~ 17373686 (+) True XLOC_013972
TCONS_00027899 other downstream 1338302 17400263 ~ 17403895 (+) False XLOC_013974
TCONS_00027924 other downstream 3202798 19264759 ~ 19264881 (+) True XLOC_013994