RNA id: TCONS_00029908


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029908
length 492
lncRNA type antisense_over
GC content 0.30
exon number 2
gene id XLOC_014065
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 24448021 ~ 24449198 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tcagaaaagtggcttaTTTGTACAAATTCAAATGAAACTGTAGAAATTTAAAAACAGGTGTGCTACCGAACCCCACCCTTACCATAAAACtgctttttgcttttaaaaaaaaataaagttgaaaaaCTGACATCCAATTATAAAGGATGTCTCCGAGATGTGTCTTTTTCTTTAATGGTCCATCACGAAATGAAGCCAATCACAGTAGCAAAGTCTACAATAGTAAAAAAATTAGCGCCTATGATCAAATAGATGTTAAGCTCGATAAATTATGCATGTTTATGATAggaagtttttttctgttttatttttttagaacacACTTAACTCCTTATAAAACCCTATAGAAACAGTTATTGGAAAAACCCaggagataaatatatatatataaattatgttcAACGATGTTGCAATATATGGTATATGGcactaaacaaacaaactgtgATTGGCTGCTTTGGATGTCAGTCAATGAAATTTGCAAaaaaaaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00029720 lncRNA upstream 103363 24344005 ~ 24344658 (+) True XLOC_014063
TCONS_00029906 lncRNA upstream 224352 24077988 ~ 24223669 (+) False XLOC_014061
TCONS_00029907 lncRNA upstream 351533 24078043 ~ 24096488 (+) True XLOC_014061
TCONS_00028045 lncRNA upstream 355712 24077935 ~ 24092309 (+) False XLOC_014061
TCONS_00028044 lncRNA upstream 355712 24077935 ~ 24092309 (+) False XLOC_014061
TCONS_00029909 lncRNA downstream 41517 24490715 ~ 24492326 (+) True XLOC_014066
TCONS_00028050 lncRNA downstream 120167 24569365 ~ 24573197 (+) True XLOC_014067
TCONS_00029910 lncRNA downstream 150830 24600028 ~ 24604330 (+) True XLOC_014070
TCONS_00029911 lncRNA downstream 307654 24756852 ~ 24758083 (+) True XLOC_014071
TCONS_00029912 lncRNA downstream 308973 24758171 ~ 24760474 (+) False XLOC_014072
TCONS_00028048 mRNA upstream 48183 24394560 ~ 24399838 (+) True XLOC_014064
TCONS_00028046 mRNA upstream 55651 24324967 ~ 24392370 (+) False XLOC_014062
TCONS_00028047 mRNA upstream 55854 24374196 ~ 24392167 (+) True XLOC_014062
TCONS_00028042 mRNA upstream 372924 24068259 ~ 24075097 (+) False XLOC_014060
TCONS_00028041 mRNA upstream 373187 24068223 ~ 24074834 (+) False XLOC_014060
TCONS_00028049 mRNA downstream 39205 24488403 ~ 24492326 (+) False XLOC_014066
TCONS_00028051 mRNA downstream 125879 24575077 ~ 24589243 (+) True XLOC_014068
TCONS_00028052 mRNA downstream 147126 24596324 ~ 24597277 (+) True XLOC_014069
TCONS_00028053 mRNA downstream 422961 24872159 ~ 24887679 (+) False XLOC_014074
TCONS_00028054 mRNA downstream 433647 24882845 ~ 24889227 (+) False XLOC_014074
TCONS_00028035 other upstream 534721 23913182 ~ 23913300 (+) True XLOC_014055
TCONS_00028032 other upstream 793307 23652399 ~ 23654714 (+) False XLOC_014053
TCONS_00028033 other upstream 793307 23652781 ~ 23654714 (+) False XLOC_014053
TCONS_00028034 other upstream 793307 23653700 ~ 23654714 (+) True XLOC_014053
TCONS_00028031 other upstream 806690 23637789 ~ 23641331 (+) True XLOC_014052
TCONS_00028062 other downstream 726074 25175272 ~ 25175392 (+) True XLOC_014081
TCONS_00028068 other downstream 1059595 25508793 ~ 25511562 (+) True XLOC_014083
TCONS_00028073 other downstream 1743624 26192822 ~ 26192936 (+) True XLOC_014087
TCONS_00028077 other downstream 2127396 26576594 ~ 26576708 (+) True XLOC_014090
TCONS_00028082 other downstream 2356568 26805766 ~ 26805882 (+) True XLOC_014093