RNA id: TCONS_00029911


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029911
length 656
lncRNA type antisense_over
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_014071
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 24756852 ~ 24758083 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAGATTACATAACCAAACTGAGAAGGGAATCCCAGCAGGCCTCAAACCACCTCAAATCTCTCTAGCAGACTTTACAGGAAAGGCAAGAGTCACAAAGACTCAACCTCGCTGAACAGCCTGCAATGACGGTTCTGTAATAAACCGCTGCTTTGAAATGGGTCCAAAACATGCTTAGCAAACTTACTTCCTGCAGCAGCTGAGAATCGCCATCTTGTGACCAATCCTTAGGAATGAATGTCCATCACAGAATTCAGGGAAATTGTATGCTGTAAGAGAAAGACAACTTCAGTGAATAACTTTACAAGCAAAGGTGAGACATTAAATCACATTCCTGAAGGAATGTTTATCTGGAGTTTCTATAACCACGCTGTATTTAGTAGACAACAGGGTCTCAAACCACTCCATGTCTATCTAGCAGACATAAAGGAAAGGACAGAGTCACAGGAGACTCAGCCTCGCTGAACAGCCTGCAGAAGTACAGCACAGCAACTCCCCAACTTACAACTACAAGCTTCAATCACAACAAAGAATCCGTCAAGAATCATTTTACACTTTAACGGTTTACATTATTTAACAATGTAGCATTTTCCACATTCCTAAGGCTAAGCAGACTCAACGCCACAACTCCTGCTACCACAGCCGTTCCCCTGTGAAAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00029910 lncRNA upstream 152522 24600028 ~ 24604330 (+) True XLOC_014070
TCONS_00028050 lncRNA upstream 183655 24569365 ~ 24573197 (+) True XLOC_014067
TCONS_00029909 lncRNA upstream 264526 24490715 ~ 24492326 (+) True XLOC_014066
TCONS_00029908 lncRNA upstream 307654 24448021 ~ 24449198 (+) True XLOC_014065
TCONS_00029720 lncRNA upstream 412194 24344005 ~ 24344658 (+) True XLOC_014063
TCONS_00029912 lncRNA downstream 88 24758171 ~ 24760474 (+) False XLOC_014072
TCONS_00029913 lncRNA downstream 588 24758671 ~ 24760474 (+) True XLOC_014072
TCONS_00029721 lncRNA downstream 44459 24802542 ~ 24802792 (+) True XLOC_014073
TCONS_00028055 lncRNA downstream 127033 24885116 ~ 24885945 (+) True XLOC_014074
TCONS_00028059 lncRNA downstream 164448 24922531 ~ 24935295 (+) True XLOC_014076
TCONS_00028052 mRNA upstream 159575 24596324 ~ 24597277 (+) True XLOC_014069
TCONS_00028051 mRNA upstream 167609 24575077 ~ 24589243 (+) True XLOC_014068
TCONS_00028049 mRNA upstream 264526 24488403 ~ 24492326 (+) False XLOC_014066
TCONS_00028048 mRNA upstream 357014 24394560 ~ 24399838 (+) True XLOC_014064
TCONS_00028047 mRNA upstream 364685 24374196 ~ 24392167 (+) True XLOC_014062
TCONS_00028053 mRNA downstream 114076 24872159 ~ 24887679 (+) False XLOC_014074
TCONS_00028054 mRNA downstream 124762 24882845 ~ 24889227 (+) False XLOC_014074
TCONS_00028056 mRNA downstream 133664 24891747 ~ 24915520 (+) False XLOC_014075
TCONS_00028057 mRNA downstream 133683 24891766 ~ 24915516 (+) False XLOC_014075
TCONS_00028058 mRNA downstream 138326 24896409 ~ 24917208 (+) True XLOC_014075
TCONS_00028035 other upstream 843552 23913182 ~ 23913300 (+) True XLOC_014055
TCONS_00028032 other upstream 1102138 23652399 ~ 23654714 (+) False XLOC_014053
TCONS_00028033 other upstream 1102138 23652781 ~ 23654714 (+) False XLOC_014053
TCONS_00028034 other upstream 1102138 23653700 ~ 23654714 (+) True XLOC_014053
TCONS_00028031 other upstream 1115521 23637789 ~ 23641331 (+) True XLOC_014052
TCONS_00028062 other downstream 417189 25175272 ~ 25175392 (+) True XLOC_014081
TCONS_00028068 other downstream 750710 25508793 ~ 25511562 (+) True XLOC_014083
TCONS_00028073 other downstream 1434739 26192822 ~ 26192936 (+) True XLOC_014087
TCONS_00028077 other downstream 1818511 26576594 ~ 26576708 (+) True XLOC_014090
TCONS_00028082 other downstream 2047683 26805766 ~ 26805882 (+) True XLOC_014093