RNA id: TCONS_00029916


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029916
length 6980
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_014097
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 27033873 ~ 27041528 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTTTAAGAAAATGTAGCAAAAACAATATCTTTATTTCACCATAGACACCAGTCCAACCGAGTTGTACAGAATctatcaaatacaaatatatCTTCAATACCACATATGAATACCTTTGACTGTATATACTTCATGGTTTTGTTGTGCGAGAGAATACATTTAGCATTTACACAATTCACATTTGTGCATATCATTGTCACGATCATGATTATTGTTCGACCACCATTTGACGAGAAATGATGAGTAAAATGTTACAGTAGACCGATAATAAACAGCGCGGTGGGGTTTCATCACATCCTCCCCAGGATTCCGGGAGAGTTATCTGGTGGAGTCAGCATTTATGCAAATCAGCAGAGCGCCATTTAGCCAATCACAAGTGCTTGTGACACAGCAACTCGATGACATCATCACGATGCACTATGTTTGGAATGGAATACTGCAGCTGCAATTATATACTCTATTTTGAATTGTTTGTGAAAGACTTATGCTACGTTCAACTTTGTTTAATGGATAAACAGCTAAAGTTTAGGGagcttaatattatttttttgtccacAGAGTAAAAAAATACCTGCCAATATTTTTAGCACTCTTGCTTCTGGAAGTTTTTCATTTTCCCATatggattttaaaaaaggagTTATAAGTTATGAACCGAACCAACTGGCTAAAGACTGAATCAAAACATTACACAAgttttatttaaagcaaaaaagtgttttaaaatcagATAAAAAGACAATATAATCCCATCTTGCACTGCGAAGGACACAATCACATCAAAAATGATCGACAAATATAAAACCTAGTATTTAAATAcatcaaatatgtacatataaacattgttttttttaagtttattgcaAAATATGCATATAGAAATATTTGGAGTGCTTCATGGGATTGTATATCCTTTCATCAGTAAAGCTGTTCACAGTCTTGGGTAGAAAATTTGCATTGCTTTATCTGAAAACAAATATGTACTATGTTTCAATTTGTAGATAatatcccagcaaacaattttgtgtgtaatagacatctaatagacatctaaacgtagacagcttggctaaataCAAGACTAAACTTggcctgtcagtgaaaatctaatagacatctaagaaaagcccaaaactagactagtcgtcaagtGACAGActttgtgtagtcattcatttctgtttatttgatgactagtctagttttggcctattcttagggtgctttcacacctagacttttgttttggaacctagAGCGTTTCCTCAGTTAGCACGGTTCggttggcatatgtgaatccagcaattgcgctcggatccgcgccaaaacaatcagtccgagatcgcctgaatgaggtggtctcagctcaattgaaacaaactctggagcgaattgattgtagtgagaaagcattACGATCCGAAACAGgctatattacagtgtattatggaCATGTAACAGGCAAATAAGgcaatatgaagagagaattatgaataggACGGGATGTTATTCCTACcagtaaatgtgtgtttcatgtcaaatacgaaaTTGTAAGCATGTTAACTATTAAAGagagctgtttatctgttaggaaaaCTGACCAAACtacagtcttggtttatctgttatctctctcttaTGTATTGCCTTTAATGAATAAGCCAACAACTATGTAtaagaaagtcttacctctgatttacaTTTGGTGACGAtatctgtgggtgtcaccattcaaaattaaagcccAGCTTATCACTTATAATGTCTTATAGCTcattgtcataaattaaaataaggactcATGACAGCTAAGAGGtacaaaataaactgtgaaacttTGATTAATGTGAGGaatttactcgcacgtgacttgtttgtAGAatttttggtccgtttagaaattttgcagtgtgaaagcgaaacacaccaagaacaaagagcaacaatgtaacaattttactccctgtttcagaacaaaagaTTCAATCCACAGGTGTGTAAGCACTCATAGATGtcttttagattttcactgacagcccaaatttagccttgttttagccaaactgactatgtttagacgtctattagacatcttttaaaaacataaaatgcttgctgggataaCAGAATGACTACTAAAATCTCTCTCCTGATTGCATTATGGAGTCTTGTGTAATGGGGCTTTGTGCTTCATGTCAAATATGattattcaaaacatgatttgaaATAATGTGCACTGATGGCTTTGAAAGGAGATAAACAGTCTTCTAGTTTACAGCTGGTCTATCTTTACCGGTTgatatattattgtttaaaacCAATTCCCCGCTGAAGAAAATTGATAGGATCTACTTCTGGTTTCTGACTGTTGCGCTCTACAGACTGCATTAGTTACTGCTCACTTTTTTCATCAGCGCTGGATTCTGAAgtattttccaattttttttttttacccataggGATTGCAAAAAAGGTTTTGTTAATGTAAAACCCTAACCATGTACCAAAGCAACCAGCAAGGAGAATCACAACATTACAATCTTTGATTGTAAGCGAAGAAGTAaatgaaaatcaaacaaaaattgaCTGTACACGACAGCTTTAATAAGAAAAAGAACTACAATCCTATCAAGCATTGCGAATGATGgagaaataaaaaactatttgtttCCAGTTACTGATTGtatcaatataaatatatttatgtttattgcaAAATATGCACATTTATACAAAGGCTTCAgtatgcttaaaacacccaggcaggtgtgtttaggcaagttggagctaaaccctgcagggacaccgggcctccaggaccaagattggtgacccctggcattATGGTACCATGCCTGGTATATATACACAACAACGGTATTCTAGTATACTCATCCAAACATAGCCTCTGATTGTTTTATAAACCAGTGAAACCTTCTGTCACTTAAGAGGTATTAACAGTTCCCTTAAATATGTTCCCTAAATGAGCAAAGTGCTACTGTCACAAGCACTTATAAGCAGACAAATGACTCTCACAGTCCCTGTAgggattttttcttcttctgtacaTCCCATCTCTCCAAATGAGAAAGTCTTTGTCACCGCAAAGAAGAAAATGAGGAAGGTGAGACGAACCATTAAAAGTCCAGCTGAAAACGTTTCTGTACAGGCCTGCAGATGAATCCAAGCCGAGCACACCGAGATTAAACAAGAAGAAGCGAAAAAGCTGCCATTGAAGATGCAAACACAAAACTGAAACCACGCATGATGACCATCTGAACAAGGAACAGTTCCTCTGTGCTCACCATTTCAGTTTGTGTTTAAATCAGAATGTGGTTTGAGTGATGAGGAAGCAGCTGATGTTGAAGTGAAGTACCATATTGCACACTCACATGAAGTCTGCTTAATGAACTAATTCCCCTTTACCGTCGCTTTGTACCAGACACATGACAAATATGGCTGCACGATGTGCGTTCAATGCTATTTGCATTGTAGAGTAGCAGCATCCAGTGACGGCTCCAATATGGCAGGTGCCATTTAGAAGCAAACCGCATTACAATGCTGGGAGATTCAATCTGTAGCTCTCAGATACTCAGGGGATCTAATAAAAAACCAAACCCCCAAATCTATGATGAAATTACGGCTTCTCTGTACAAACGCCTTCGACAGCTTGTGACTGCTAATATATTATCCCAGCATGCTCTGGGAGAAACGCTGGCTATAAGCGAACCAGCATCATTTCATTACTTCTTATCAGCTTATTGTGAagcttgatgttttgttttttttattaaagaattgtGAGGGATTTTTGTCTGAGCACACATCACCTCAGGTTGGCTGTGCAGTTACACTTTATTTAGTGTCTGCTTAGTGAAAATCATATGTTTCATTACTTTATAATAGTAATGGCACACCGCTCTTCGACATGTTACACAATTTGAGGTATTTCACTGATCCATGTTATAAATCCCtacatgcttttcttacttagagattttgacttgtttctagtccatatATCAGTCAAAACTaattgagtttttctttaaaacaactaagtaatctgccaatggggttagcaaaaaagaaatattatttcaaatggaaaacaagattattttgtttacacCATTGACAgatgattttatttgttttaaggaaaactcaattaattttaattctgaaaacaaagctattttttttgcttgtctagcaAATGTTTCTTGAGATATTTGGAcaggaaacaagacaaaaactctaagaaggaaataaaagtgtaaaatgGATCCAAAATGGTGTAATGGGTTAACAAACAGGAATTATGAACCTGTTGATCTTGATAACAGTGTTATGTAATACTGTCAGCTACACATTAGGGAAGAATAATCATGTTGTCATGATGAAACTGGGAAATTTGGAGAGCAACAACAGGATATGATGTATTTTGATGAAAGTGAGGAAAATGCATTATAATTATGATGCAGCAAAGGCCAAGGTCAATGATTCAATCCTTAGGAAACAAGTATGGTGCGTCTGGAATCACATACTTTCCTACTATAAAGAAGTATAGGGCCAAGTACTATCatagcaggcacacaatgtcataagacgctaatattaggttagatttaggttgtgatgtcagatgaccaaaattcaatgtttagaCAGAGTCTAAGGACCACATTATTTTGACTTCCAATAACAATGTTAAATGACGTTAatatatttagttaatattaggttgtgttgaaaagtgaaaaaaatccaacatcgagccaatgtcatattgacatcaaatactgacatttattcatcaggtacgGCAACTAAAATTCAACGTCCtatagatgtcatattggtaacgtccaaaCAAATCAAGCTGTAactttagacgttgatatttggttgattttaggttgtgttggaaagtgaccaaaaccaaTCTTaagccaacatcatattgatgtcaaataatgacatttattcgttaggta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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00028060 lncRNA upstream 1881296 25151416 ~ 25152577 (+) True XLOC_014079
TCONS_00029915 lncRNA upstream 1972906 25003517 ~ 25060967 (+) True XLOC_014078
TCONS_00029914 lncRNA upstream 2050365 24959229 ~ 24983508 (+) True XLOC_014077
TCONS_00028059 lncRNA upstream 2098578 24922531 ~ 24935295 (+) True XLOC_014076
TCONS_00028055 lncRNA upstream 2147928 24885116 ~ 24885945 (+) True XLOC_014074
TCONS_00028095 lncRNA downstream 312817 27354345 ~ 27354866 (+) True XLOC_014098
TCONS_00028103 lncRNA downstream 845790 27887318 ~ 27892055 (+) True XLOC_014102
TCONS_00029917 lncRNA downstream 933137 27974665 ~ 27976483 (+) True XLOC_014104
TCONS_00029918 lncRNA downstream 1072986 28114514 ~ 28187683 (+) False XLOC_014105
TCONS_00029919 lncRNA downstream 1074277 28115805 ~ 28195442 (+) False XLOC_014105
TCONS_00028092 mRNA upstream 9854 27019432 ~ 27024019 (+) True XLOC_014096
TCONS_00028087 mRNA upstream 101044 26922780 ~ 26932829 (+) False XLOC_014095
TCONS_00028086 mRNA upstream 101044 26922780 ~ 26932829 (+) False XLOC_014095
TCONS_00028090 mRNA upstream 101879 26923288 ~ 26931994 (+) False XLOC_014095
TCONS_00028089 mRNA upstream 102576 26923274 ~ 26931297 (+) False XLOC_014095
TCONS_00028093 mRNA downstream 298320 27339848 ~ 27357682 (+) False XLOC_014098
TCONS_00028094 mRNA downstream 300951 27342479 ~ 27358545 (+) False XLOC_014098
TCONS_00028096 mRNA downstream 407097 27448625 ~ 27453644 (+) True XLOC_014099
TCONS_00028097 mRNA downstream 438035 27479563 ~ 27506368 (+) False XLOC_014100
TCONS_00028098 mRNA downstream 438062 27479590 ~ 27515651 (+) False XLOC_014100
TCONS_00028091 other upstream 102440 26928624 ~ 26931433 (+) True XLOC_014095
TCONS_00028082 other upstream 227991 26805766 ~ 26805882 (+) True XLOC_014093
TCONS_00028077 other upstream 457165 26576594 ~ 26576708 (+) True XLOC_014090
TCONS_00028073 other upstream 840937 26192822 ~ 26192936 (+) True XLOC_014087
TCONS_00028068 other upstream 1522311 25508793 ~ 25511562 (+) True XLOC_014083
TCONS_00028109 other downstream 1101607 28143135 ~ 28143254 (+) True XLOC_014106
TCONS_00028114 other downstream 1249848 28291376 ~ 28315953 (+) False XLOC_014108
TCONS_00028117 other downstream 1280151 28321679 ~ 28331097 (+) False XLOC_014108
TCONS_00028118 other downstream 1289699 28331227 ~ 28334164 (+) True XLOC_014108
TCONS_00028122 other downstream 2161614 29203142 ~ 29203257 (+) True XLOC_014111

Expression Profile

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