RNA id: TCONS_00029960


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029960
length 704
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 4
gene id XLOC_014139
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 31250920 ~ 31348348 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGCTAAATCTGGTTATTTCAGCTACTAAATAATTTGTCCTCTCACTATTAGGTTTCATGCCCTTGCTATTTTCAGCACGGCAATTTAAAAGAACTTTATCCGCAAGGCATTTATGAGCTTTTATTTGATCTCCTGTCTGTTCCTTTAACAAAAAAGTCCATTATATTCACTGAATTATGCAACCGGGCGCCTCTTTATTCAACTGTGGTCAAGATGTTGATTTTGGAGCTGAGGATTATGGGAAGTAAAGTGCTCGGAGTGCTGTGGGTCAAGCCTGAGAGGAGAAATCAAACAAACAGACGTTTAAAGCTGCTTCACTGGACACGTACAGATGCACAGCACTAAAACTGCTCAAAATGTATGAGTTCTGTCTCTGCAAGTCTATTATCCGACGCTGCAGAACAATGAACGAGGATGAAATGCAGTGATCACCTCAGGGCTGAGATGTGTGGGAGAAAAAACTAGATTTTTCTGGAAGAACCGCGAGGAACGATGCCCTGGAAATCAGACTGGAAACACTGGTTGCTGAGGGAGGCACTGAGaaATCATACACTCTCTTACTGTACAACAAGTACAAGTTAAACAACAAGACAAGGGTCAAGATGGACCTACTAAAAACAGGACAATGTTAAAGAAGATTTGATACTGTGGTCCTTGGTGGTTCTTAAAAGGAAGTGTTCCAGTTACTCCAACACAGACTGAAC

Function

GO:

id name namespace
GO:0030496 midbody cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00029958 lncRNA upstream 32842 31157647 ~ 31218099 (+) False XLOC_014138
TCONS_00029957 lncRNA upstream 97851 31138827 ~ 31153090 (+) True XLOC_014137
TCONS_00029725 lncRNA upstream 280916 30969012 ~ 30970025 (+) True XLOC_014133
TCONS_00029724 lncRNA upstream 407708 30841639 ~ 30843233 (+) True XLOC_014130
TCONS_00029956 lncRNA upstream 414736 30832290 ~ 30836205 (+) True XLOC_014129
TCONS_00029962 lncRNA downstream 276139 31556045 ~ 31561224 (+) False XLOC_014142
TCONS_00028173 lncRNA downstream 307840 31587746 ~ 31588650 (+) False XLOC_014142
TCONS_00029963 lncRNA downstream 520599 31800505 ~ 31859540 (+) False XLOC_014146
TCONS_00029726 lncRNA downstream 544933 31824839 ~ 31827192 (+) True XLOC_014146
TCONS_00029964 lncRNA downstream 595113 31875019 ~ 31882377 (+) True XLOC_014147
TCONS_00028164 mRNA upstream 53161 31183495 ~ 31197780 (+) True XLOC_014138
TCONS_00028163 mRNA upstream 187921 31061718 ~ 31063020 (+) True XLOC_014136
TCONS_00028162 mRNA upstream 196615 31044487 ~ 31054326 (+) True XLOC_014135
TCONS_00028161 mRNA upstream 197563 31043002 ~ 31053378 (+) False XLOC_014135
TCONS_00028160 mRNA upstream 256781 30990815 ~ 30994160 (+) True XLOC_014134
TCONS_00028166 mRNA downstream 124780 31404686 ~ 31431027 (+) True XLOC_014140
TCONS_00028167 mRNA downstream 252137 31532043 ~ 31553518 (+) True XLOC_014141
TCONS_00028168 mRNA downstream 261701 31541607 ~ 31592425 (+) False XLOC_014142
TCONS_00028169 mRNA downstream 296943 31576849 ~ 31579383 (+) False XLOC_014143
TCONS_00028170 mRNA downstream 297027 31576933 ~ 31579383 (+) True XLOC_014143
TCONS_00028157 other upstream 359931 30885312 ~ 30891010 (+) True XLOC_014132
TCONS_00028153 other upstream 363690 30884984 ~ 30887251 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028149 other upstream 368485 30879788 ~ 30882456 (+) True XLOC_014131
TCONS_00028145 other upstream 619881 30630943 ~ 30631060 (+) True XLOC_014125
TCONS_00028142 other upstream 732368 30518455 ~ 30518573 (+) True XLOC_014123
TCONS_00028165 other downstream 62117 31342023 ~ 31348348 (+) True XLOC_014139
TCONS_00028174 other downstream 308025 31587931 ~ 31590491 (+) True XLOC_014142
TCONS_00028175 other downstream 311618 31591524 ~ 31591540 (+) True XLOC_014144
TCONS_00028183 other downstream 778571 32058477 ~ 32058599 (+) True XLOC_014151
TCONS_00028194 other downstream 1534414 32814320 ~ 32818574 (+) True XLOC_014160

Expression Profile

//