RNA id: TU138145


Basic Information

Item Value
RNA id TU138145
length 8504
lncRNA type intronic
GC content 0.39
exon number 10
gene id G119734
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 19220671 ~ 19247467 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

aatttcataacaaccactactactaccactctactatcacaacacccactactactactgctctactatcaatacaaccactactactaccactctacaataattacaaccactactacaaccacgctactatcataacaacaactactacaaccactctactttcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactaccactctagtatcaatacaaccactactactaccactctacaataattacaaccactactacaaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctactttcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactatcactctaGTATTaaaacaaccactactactaccactcaaCTATCATAAcaaacactactactaccactctactatcataacaaccactactactacccctctactatcataacaaccactactgctactgctctactataaatacaaccactactactaccactctacaatAATaacaaccactaccacaaccactcttctatcacaacaaccactactactaccactctacaatCACAACATCCACTACTACTagtgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcataacaaccacttctactaccactctactatcacaacacccactactactactgatctactatcataacaaccactactactacccctctactatcataacaaccactactactactgctctactataaatacaaccactactactaccactctacaatAATaacaaccactaccacaaccactcttctatcacaacaaccactactactaccactctacaatCACAACAtccgctactactactgctctacaatcataacaaccactactacaaccactctactatcataacaaccacttctactaccactctactatcacaacacccaatactactactgcactactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaacTACCACTCTAtaatcataacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccacttctactaccactctactttcACAACACCCAATACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctactatcatgaCAACCACTACTAtgaccactctactatcataacaaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactacgactCTACTCTCACAACAACCTCTTCTACTACCACaacacccactactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccacctCTACTAcagctctactatcataacaaccactaacacTCTAGAataataacaaccactactacaaccactcttctatcacaacaaccactactactaccactctacaatcacaacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactgctacaactctactatcacaacaaccactacaactaccactctactatcacaacaaccactacaactactgctcaactatcataacaaccacaactactaccagaacaaccacttctactaccactctAATATCACaacacccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccattctctactatcataacaacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactacaactacttCTCTACTATCATAAAaaccacttctactaccactctagaataataacaaccactactacaaccactcttctatcacaacaaccactactactaccactctacaatctcaacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccacaaGTGCTaacactctactatcacaacaaccactactactaacactctacaaccataacaaccactacaactactgctcaactatcataacaaccactactactaccactctaccatcacaAAAACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactattactgctttactatcataacgaccactactactaccactctactatcataacaaccacaactactaccagaacaaccacttctactaccactctAATATCACaacacccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAAACAATACTGCCTCCAaactactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaaaaACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactaccataacaaccactactactaccactctactataataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactattactgctttactatcataacgaccactactactaccactctactatcataacaacgactactactaccactctactatcataataaccacaactactaccagaacaaccacttctactaccactctAATATCACaacacccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAAACAATACTGCCTCCAaactactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaaaaACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactataataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactgtcactgctttactatcataacgtccactactactaccactctactatcataacaaccactactacttacagaacaaccacttctactaccactctAATATCACAACACCCACTActtctactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactaccaccactcTACTCTCATAACAACAACTAATACAACCACTCTActttcacaacaaccactactactactgctctattatcataacaaccactactacaaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctactttcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactacttCTCTACTATCATAATAACCACCTCTACTACCACTCTAGAataataacaaccactactacaaccactcttctatcacaacaaccactactactaccactctacaatcacaacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactgctaccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctaccatcacaAAAACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactattactgctttactatcataacgaccactactactaccactctactatcataacaaccacaactactaccagaacaaccacttctactaccactctAATATCACaacacccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAAACAATACTGCCTCCAaactactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaaaaACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactaccataacaaccactactactaccactctactataataacaaccactattactgctttactatcataacgaccactactactaccactctactatcataacaacgactactactaccactctactatcataataaccacaactactaccagaacaaccacttctactaccactctAATATCACaacacccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAAACAATACTGCCTCCAaactactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaaaaACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactataataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactgtcactgctttactatcataacgtccactactactaccactctactatcataacaaccactactacttacagaacaaccacttctactaccactctAATATCACAACACCCACTActtctactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactaccaccactcTACTCTCATAACAACAACTAATACAACCACTCTActttcacaacaaccactactactactgctctattatcataacaaccactactacaaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctactttcataacaaccactactacaaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctactttcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactacttCTCTACTATCATAATAACCACCTCTACTACCACTCTAGAataataacaaccactactacaaccactcttctatcacaacaaccactactactaccactctacaatcacaacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactgctaccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactattactgcTTTAGTATCATAacgaccactactactacctctctactatcataacaacaactactacaaccactctactttcataacaaccactactactatcataacaaccactacaactacttCTCTACTATCATAATaaccacttctactaccactctactatcataacaaccaatacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactccactatcacaacaaccactactactactgttctactatcataacaaccactactactaccactctatacttctaccactctactatcataacaaccactattacaaccactctactatctcaacaaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccattctACTATCAtagcaaccactactactactcgactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactgtcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactccTGCTCTGATATCATaacaaccaccactactaccactcaactttcataacaaccactactactaccactctactttcacaacaaccactactactaacactctactatcataacaaccactactactaccacttgactatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccactaccactaccactctactatcacaacaacaactacaactaccacactactatcataacaaccactactactaccactctactatcataactaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccactattactgctttactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaacTTCTACTACCACTCGACTatcacaacaacaactactactactgctctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctatactactaccactctactatcataacaaccactacaactactgtCCTACTATCAATACAACCACTACTTCTACCACTCTACAATAATAACAACCACTATTACAACCACTCTACTATCTcaacaaccactacagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactatcacaacaaccacgactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctgatatcataacaaccactactactaccactcaaCTTTCATAACAAACACTACTaataccactctactatcataacaaccactacagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacacttTACTATCACACCAACCACTACagctactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcatagcaaccactactactactactagactaTCACATCAACCACTACagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctgatatcataacaaccactactactaccactcaaCTTTCataacaaccactactaccaccactctactatcacaacaaccactactactaacactctactatcataacaaccactactactaccactcgacaatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaatcactactactaccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactattaccactctactatcataacaaccactactactacaactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaaccaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactaccactgTACTATCATAAGACCCACTATTACTGctttactatcataacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaacaacTTCTATTACCACTCGACTatcacaacaacaactacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactccactatcacaacaaccactactagtACTgttctactatcataacaaccactactactaccactatactatCATAGCAACCACTACtcctaccactctactatcataacaaccactacaactacttCTCTACTATCATAATaaccacttctactaccactctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctatactactaccactctactatcacaacaaccacttctactaccactctactatcacaacaaccacta

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU138152 lncRNA downstream 6566 19207479 ~ 19214105 (-) True G119735
TU138132 lncRNA downstream 27587 19192860 ~ 19193084 (-) True G119722
TU138118 lncRNA downstream 76616 19143701 ~ 19144055 (-) True G119708
TU138054 lncRNA downstream 81269 19139177 ~ 19139402 (-) True G119644
TU138115 lncRNA downstream 84440 19135972 ~ 19136231 (-) True G119705
TU138157 lncRNA upstream 10158 19257625 ~ 19258069 (-) True G119740
TU138159 lncRNA upstream 12778 19260245 ~ 19262206 (-) True G119741
TU138162 lncRNA upstream 15928 19263395 ~ 19267923 (-) True G119742
TU138165 lncRNA upstream 20634 19268101 ~ 19268303 (-) True G119744
TU138168 lncRNA upstream 25360 19272827 ~ 19280003 (-) False G119747
XM_036940840.1 mRNA downstream 142718 19062094 ~ 19077953 (-) True LOC110508916
NM_001160513.2 mRNA downstream 462875 18755291 ~ 18757796 (-) True josd2
XM_036940644.1 mRNA downstream 512040 18695833 ~ 18708631 (-) False LOC110536927
XM_036940648.1 mRNA downstream 512637 18695833 ~ 18708034 (-) False LOC110536927
XM_021622588.1 mRNA downstream 526851 18688948 ~ 18693820 (-) True LOC110536908
XM_036940896.1 mRNA upstream 236861 19484328 ~ 19494911 (-) False cacng6b
XM_036940887.1 mRNA upstream 236861 19484328 ~ 19499142 (-) False cacng6b
XM_021622771.2 mRNA upstream 259201 19506668 ~ 19513980 (-) False u2af2a
XM_021622797.2 mRNA upstream 259206 19506673 ~ 19513980 (-) False u2af2a
XM_021622816.2 mRNA upstream 259206 19506673 ~ 19513980 (-) False u2af2a
TU138073 other downstream 171641 19048307 ~ 19049030 (-) True G119663
TU137868 other downstream 419284 18799500 ~ 18801387 (-) True G119512
TU137801 other downstream 574008 18637881 ~ 18646663 (-) True LOC110534340
TU137371 other downstream 678174 18541052 ~ 18542497 (-) False LOC110536756
TU137320 other downstream 743918 18476454 ~ 18476753 (-) True G119087
TU139386 other upstream 236870 19484337 ~ 19488232 (-) False cacng6b
TU139389 other upstream 238182 19485649 ~ 19488232 (-) False cacng6b
TU139490 other upstream 446222 19693689 ~ 19695564 (-) True LOC118944062
TU139615 other upstream 676631 19924098 ~ 19928460 (-) True LOC110537275
TU139782 other upstream 963601 20211068 ~ 20212367 (-) True G121046

Expression Profile