RNA id: TU138149


Basic Information

Item Value
RNA id TU138149
length 4138
lncRNA type intronic
GC content 0.38
exon number 4
gene id G119734
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 19220671 ~ 19247467 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

caacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAAACAATACTGCCTCCAaactactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaaaaACCACTACTGCctccactctactatcacaacaaccactactactaccactctactaccataacaaccactactactaccactctactataataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactattactgctttactatcataacgaccactactactaccactctactatcataacaacgactactactaccactctactatcataataaccacaactactaccagaacaaccacttctactaccactctAATATCACaacacccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactactaccactctactatcataacaacaactactacaaccactctacTTTCACAAAAAACAATACTGCCTCCAaactactatcacaacaaccactactactagtactatgaccactctactatcataacaaccactactactactgctctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcatgaCAAccactaccactctactatcataacaaccactactactaccactcaactatcataacaaccactactactactgctctactatcaaaacaaccactattactgctttactatcacaacaaccagtacaactactgctctactatcataacaaccactattactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactttcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaacaactactactaccactctactatcacaacaaccactattaccactatactatcataacaaccactattaatgctttactatcataacaaccactactactactgctctactatcaaaACAACCACTATTACTGATTTattatcacaacaaccactactactacaactctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcaatacatccactactactaccactctataataataacaaccactactacaacacctctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactgtactatcacaacaaccactattactaccactctacaatcacaacaaccactacaactactgctctactatcgtaacaaccactactactaccactctacaataataacaaccactactacaaccactcttccatcacaacaaccactactactaccactctactatcaaaacaaccactactactaccactgtactatcttaacaaccactacaactactgctctTCTATCagaacaaccactactactaccactcgaCTATCAAAATAACCACTTCTACTACTTCTGTACTATCACatcaaccactactactactgctctactatcattacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccgcTACTACTACctctctactatcacaacaaccactactactaacactctaatatcataacaaccactactactaccacttgactatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccactactactaccactctacaataataacaaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccaatattactgctttactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaacTTCTACTACCACTCGACTatcacaacaacaactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactttcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactacttCTCTACTATCATAATaaccacttctactaccactctactatcataacaaccaatacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactccactatcacaacaaccactactactactgttctactatcataacaaccactactactaccactctatacttctaccactctactatcataacaaccactattacaaccactctactatctcaacaaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccattctACTATCAtagcaaccactactactactcgactatcacaacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactgtcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactccTGCTCTGATATCATaacaaccaccactactaccactcaactttcataacaaccactactactaccactctactttcacaacaaccactactactaacactctactatcataacaaccactactactaccacttgactatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccactaccactaccactctactatcacaacaacaactacaactaccacactactatcataacaaccactactactaccactctactatcataactaccactactactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaaccactacaactaccactctactatcataacaaccactattactgctttactatcataacaaccactactactaccactctactatcataacaacaacTTCTACTACCACTCGACTatcacaacaacaactactactactgctctactatcataacaaccactacaactactgctctactatcataacaaccactactactaccactctatactactaccactctactatcataacaaccactacaactactgtCCTACTATCAATACAACCACTACTTCTACCACTCTACAATAATAACAACCACTATTACAACCACTCTACTATCTcaacaaccactacagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactatcacaacaaccacgactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctgatatcataacaaccactactactaccactcaaCTTTCATAACAAACACTACTaataccactctactatcataacaaccactacagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacacttTACTATCACACCAACCACTACagctactgctctactatcataacaaccactactactaccactctactatcatagcaaccactactactactactagactaTCACATCAACCACTACagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctgatatcataacaaccactactactaccactcaaCTTTCATAACAACcagtactactaccactctagTATCAtcacaaccactacagctactgctctactatcataacaaccactactacaaccactctactatcacaacaaccactactactaacactttactatcacaacaaccactactactaccactctactatcacaacaaccactactactactgctctgatatcataacaaccaccac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU138152 lncRNA downstream 12327 19207479 ~ 19214105 (-) True G119735
TU138132 lncRNA downstream 33348 19192860 ~ 19193084 (-) True G119722
TU138118 lncRNA downstream 82377 19143701 ~ 19144055 (-) True G119708
TU138054 lncRNA downstream 87030 19139177 ~ 19139402 (-) True G119644
TU138115 lncRNA downstream 90201 19135972 ~ 19136231 (-) True G119705
TU138157 lncRNA upstream 18287 19257625 ~ 19258069 (-) True G119740
TU138159 lncRNA upstream 20907 19260245 ~ 19262206 (-) True G119741
TU138162 lncRNA upstream 24057 19263395 ~ 19267923 (-) True G119742
TU138165 lncRNA upstream 28763 19268101 ~ 19268303 (-) True G119744
TU138168 lncRNA upstream 33489 19272827 ~ 19280003 (-) False G119747
XM_036940840.1 mRNA downstream 148479 19062094 ~ 19077953 (-) True LOC110508916
NM_001160513.2 mRNA downstream 468636 18755291 ~ 18757796 (-) True josd2
XM_036940644.1 mRNA downstream 517801 18695833 ~ 18708631 (-) False LOC110536927
XM_036940648.1 mRNA downstream 518398 18695833 ~ 18708034 (-) False LOC110536927
XM_021622588.1 mRNA downstream 532612 18688948 ~ 18693820 (-) True LOC110536908
XM_036940896.1 mRNA upstream 244990 19484328 ~ 19494911 (-) False cacng6b
XM_036940887.1 mRNA upstream 244990 19484328 ~ 19499142 (-) False cacng6b
XM_021622771.2 mRNA upstream 267330 19506668 ~ 19513980 (-) False u2af2a
XM_021622797.2 mRNA upstream 267335 19506673 ~ 19513980 (-) False u2af2a
XM_021622816.2 mRNA upstream 267335 19506673 ~ 19513980 (-) False u2af2a
TU138073 other downstream 177402 19048307 ~ 19049030 (-) True G119663
TU137868 other downstream 425045 18799500 ~ 18801387 (-) True G119512
TU137801 other downstream 579769 18637881 ~ 18646663 (-) True LOC110534340
TU137371 other downstream 683935 18541052 ~ 18542497 (-) False LOC110536756
TU137320 other downstream 749679 18476454 ~ 18476753 (-) True G119087
TU139386 other upstream 244999 19484337 ~ 19488232 (-) False cacng6b
TU139389 other upstream 246311 19485649 ~ 19488232 (-) False cacng6b
TU139490 other upstream 454351 19693689 ~ 19695564 (-) True LOC118944062
TU139615 other upstream 684760 19924098 ~ 19928460 (-) True LOC110537275
TU139782 other upstream 971730 20211068 ~ 20212367 (-) True G121046

Expression Profile