RNA id: TU140354


Basic Information

Item Value
RNA id TU140354
length 12059
RNA type TUCP
GC content 0.46
exon number 2
gene id G121533
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 21288616 ~ 21346687 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

acacacacactagcctgtGTAATAGGTACATGTGAACGTAAGGGCAGTTCCTTCTGTCAGCCTGATTACGAGGGTCTCTAATTCCCCTCAAATAGCCCTTAAAGAGCCATAGTGTTCCCCCAGTACATGACACACACAATATTGGGCATCTTTAGTTAGACATATCCTGGCTTTTTGTACAAGTTTTGTGGTGTCATCATGAACACATTTTGTTAAAATGGGTTACCTATCTCCCTTCTGGACATAATGCATTCCTATGggtttcaaataaaataaaattgtattggtcatatacacgtgtttagcagatattGTGcgtttagcgaaatgcttgtggttcTAGCTCCGACATTGCAGTAATAATGGCCTCGAGTTAAAAGCTGTTTTtccgtctctcggtcccagctttgatgcacctgtactgaactcacattctggatgatagtgaggtgaacaggcagtggttgttgtattatctttttggccttcctgtgacatcgggtactgtaggtgtcttggagggcaggtagtttgcccacggtaatgcgttgggcagaccgcaccaccctctggagagaccATATTGTTgcggcggtgcagttgccgtaccaagcgatgatacagcccgataggatgctctcaattgtgcatctgtaatagtttgtgagggttttaggtgccaagccaaatttcttcagcctcctgaggttgaagagacactgtctgtgtgggtggaccttttcagtttgtcagtgatgtgtaacccgaggaacttgaagcttctccactgtggtcccgtcgatgtagatagggggggtgctccctaagctgtttcctgaagttcacaatcATCATTTACTTGGAGTGATGTGTACAGGGTAGGTTTCTTGACACATTTCTTAAGTGGCATTTTATAATATCATATTGTAATTGTAATTTATTAGATTCATTATTTTCTTGCATTTAAGTATATACTGTTATAACTAAGTGCTGATCTTCCTACCTTTTTCCTGTTTTACTGCCAGTATCAAATGTCTGCCCGTGTTGAATGTTATGGTTAAAGTTTGCTGCCAGACTTCGCCGAGGACACACTGATAATGTATCTGTGACACTGTGTGCTTCTGTAGCTGCTGATGTTGTGACTTCCTACAAGCCTTTAGGGCTGGTATTTAGTGAAAACTCGGGTAGTGTGTAATTAATATCTTAGGGCCTTCTCAGAAAAGAGCCTATTCAACATTTTCTCTTCTTCTGTGTTGGAGGTATCTCCCTGTTGCAACTAATAATTAAACAGAAAATATTTTTATTGAAGTTATCCCTGACTGCTCTCCTTTTTGTTCAGCTGGAAACTCCAGttacatatattatatatcattGTAATCAGTAGACTTCAGGGAACATAACTTTTTTACAGTGTAAAAGGTAACTTTGTATTTAATACATCACTTTCAAAGTAAGGAAATACCAATTTGTACAGCAATGTAAAATACATGTTTATCATTGTTGCAATCATCAAGGTAAAAACAAAGACAATATGGATTCAGTTGTTAATTCAATGTGTTCCCCAAACCAATACAAACATTTTAAGCTATATAGTGGTCATGTAGACCCAACACAGGGGAAGCCATTACACAAAATGTAAAAGAGTGCAAATGCATTTTCAGCATACTGACCAAGGCTTAGCTAAAATGGCACTCTATCAGGTTTTGTTCAGCGCCTATTTTCACACTTCTATACCAAATCAAAAAAATGTTATAGCTTATCTACTGGACTAAGAGAAgaagcgtttttttttttaaattattattatttttaaatgacgTAAAATACATAATGGAGGACCTTGTGTCCTTGAGACATATTTTTTCCTTGTAAGGGGAGGGATCCCTGTACTGAATTTCTGGACTCTAGCTCAAACAGGGGTCATGATGTTTCAAAGTTTGCATCTTCAATCCCTTGTTATAGCGCCACCATGTGGCCAATTCACATGGCATTACATGAAAGAGTATGGCCCATGAGCCTTTACCATCATGCCAAGTTGCACCCACCTAGGCCTTAAGTGATCCTTTCAACTCATCCTGTGGTATATAATCAAATTCTTAGCTATTTTATAACGTCTCAAATTCATCACTTACTTAAGCCGGGGTTTGTGAACATGCAGCCTGTGTAATagcagcagtggtggaaaaagtacccaattatcatacttgagtaaaggtaaagataccttaatagaaaatgactcaagtaaaagtaaaaaatctCCCAGtaaaaattctacttgagtatttggtttaaaacatGCTTATGTATCATTAAGctaaccagatggcaccattttcttgtttgttttttaaatttacggatagccaggggcaacctccaacattcagacattatttacaaattaagcctgtgtgtttaatgagtccaccaaatcagaggcagtagggatgaccagagatgttctgttgataagtgcgtgaattggaccattatcctgtcctgctaagcattcaaaatgtaaagaggacttttgggtgtcaaggtaaatgtatggagtaaaaagtggaatattttcttaaataatgtagtgaagtaaaagcaaaagtagtcaaaaaaatatataaatagtaaagtacagatacccacaaAAAGTAGTACTTAGTAGTACTTTTACTACTAAGTAgtaaaatatttttacttaagtactttacaccactgaatggCAGTTGTTATTAACAGCTGGCATTAGAGCGTATGACAAAAGGATGAACAGTATTCTATAACACTCATTATAACTAGCTTTATAAAATTGTATGCCATTAGCCACAACaatttaattaagcaataaggcactcGAGGTGAAAGCAgaggtacagtacaacaccacctcacgtgccttattgcttttatataGCATTTACCAACATATTATAATGACAATGAATGACACATTTTCATGAAACTTTATTTTGATAAGTCAATTCATACAATTTAATTCTTCCACCAGAGGAAATAGTCCGGACAGAAATGTGGTAGTTAGTCATTTTGGAGTTAGTGCTATCCGGATACCTTAAAGCCTAACACctgggtaaaaaaaaacaggttggcccagtgcagtaaaaatgtgatttttctgtgttttatgtatATTCCCACACTATGAGGATGTAACAATATTGCGAAATTGTGAAAATAATGATAATGCCGATTTAGTCTAAGAGCTGTTAGAAAAGACTGCATGAaaattcagcctgttttggtgggatggagttttggcctgcctggtgattTCAACTCGGTCACGTCAAACATTCCACATGGAACGACAGGCCTACACTAGCTTTTTTTCTAATGGCATTTACTTAGATAGATCCATAATAATGACGATGATGCAATATTTCGCCTGGCCAGAAAACTTTGACAAAAAGCCAGGATATGTCTAACTAAAGAtccaatattgtgtgtgtgtgtgtgtttaatgtacAGGGGGAAACTATGGCTCTTGTTCGAAACCCTCTTAAAAcctgggctaaatcagggtcatgTAGAGGGTTTCTTGGTCGTCTTATACAAAcctactttgaaacaaaattaTACACCTCACACAGGGTTGTGGGCATAAAATAAATTAGACACCTGCACCATGTCAGATATACTGTAGACTTGAAATGTATTCAGTTTTGAGTTtgtatcccaatattacactttatttacatcacagaagactgaaatataacaaaaccgtttgacgtAGAAACACCGGATTTGAAATGAAGAATATGAATAACTTTCTActcatgaggccactagagggcgctTTTGTCATTCGACTGCAGGAAAGAAACTGCCCTCACATTCACATGAAAGATCAAGTGAGGATGTCTAATGGACAGCAATGGGGGTATCAGTTTGATTACCAGGCCGGTAGAGTGACACTCTATAACGGTAGCTGAAGGAGAAGAATATACAGACCAGACTTTAGGAGTGGACTACGGGCTTGAAGAATGGCCGGTTTTTCACAAGGTTGTGTGTCCCGAACTGAGAGTTATCACAAAGGGGTATAGTGTGTTCACGGGCTACCAGACCCGTTGGAAAGGTACCCCTGTGTCAGGGTCATcataaggaggagaccaaggcgcagcgtgataagcgTACATTCTAATTTATTAAATGAATGcaatactgaacaaaactatacaaaataacaaaactaaCTGTGAAGCAATATGACTAGTgcgaacaggcaactaaacatagaataataacccacaaaatacccaaggaatatggctacctaaatatggtccccaatcagagacaacgataaacagctgcctctgattgagaaccaatctcggcaaccatagacatataaacaccttaGTCTAGGagaaacccctagacatacaaaaaaccatAGACAGTACacaaactaaacaaaccaccctcatcacaccctgacctaaccaaaataataaagaaaacaaagataactaagatCAGGACGTGACACCCTGACTCCTCAGGAAGAGTATTTCACAGGGtgaaaatacaaataaagaatGGACTTCCATGTGGATGCGTGTTCTATATCAGCAACGAGGaaacccgcaaccaaaacatttgTGATGGTGGCCTGACTGGAGACTTTATGTTGCGCATGCTTATTCCTTTTAAAAGTTGGGATCTAATGGAATTGTAAATGTTAGAGTTGTCGGACGCTCTTTTTGTACAGAGCCAAAAGCGGCAGAGCATTGTTCAGCTAAGGAAGTATATAATATATACAAATCCTGAGGATTATGATTCACAGGAATCCCAAGAAGGTACATCCTCAGAAGGGTCAGCCCCCGAAGAAAACTAAGTACGCGGCTGCGTTAACCTCGCCCTGATACGCAAAGGACTGGTGCAACATTAAAAGGAGTGCCCATAAAGCCTCCAGTTCTTCATTTCAGCATATACCATGGATATTCATACAACATACCAGGACTCCGACACGT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU140322 lncRNA downstream 52834 21235495 ~ 21235782 (-) True G121506
TU140319 lncRNA downstream 54411 21233975 ~ 21234205 (-) True G121503
TU140314 lncRNA downstream 60812 21227582 ~ 21227804 (-) True G121498
TU140312 lncRNA downstream 64817 21223493 ~ 21223799 (-) True G121496
TU140309 lncRNA downstream 69140 21219265 ~ 21219476 (-) True G121493
TU140371 lncRNA upstream 4440 21351127 ~ 21351431 (-) True G121550
TU140380 lncRNA upstream 14165 21360852 ~ 21361200 (-) True G121559
TU140392 lncRNA upstream 35049 21381736 ~ 21382042 (-) True G121571
TU140396 lncRNA upstream 36321 21383008 ~ 21435193 (-) True G121575
TU140405 lncRNA upstream 61818 21408505 ~ 21423391 (-) True G121584
XM_021590907.2 mRNA downstream 214411 21064067 ~ 21074205 (-) True LOC110509793
XM_036941455.1 mRNA downstream 599761 20673776 ~ 20688855 (-) True LOC110537483
XM_021623558.2 mRNA downstream 612584 20673776 ~ 20676032 (-) False LOC110537483
XM_021623547.2 mRNA downstream 615338 20668568 ~ 20673278 (-) True LOC110537475
XM_021623535.2 mRNA downstream 623397 20662992 ~ 20665219 (-) True LOC110537468
XM_036934603.1 mRNA upstream 29739 21376426 ~ 21379023 (-) True LOC110534425
XR_005035623.1 mRNA upstream 206831 21553518 ~ 21555867 (-) False LOC110537611
XM_036941772.1 mRNA upstream 231462 21578149 ~ 21586856 (-) True LOC118938339
XM_036961753.1 mRNA upstream 240291 21586978 ~ 21594470 (-) True LOC110534443
XM_036961756.1 mRNA upstream 248549 21595236 ~ 21596535 (-) True LOC118944069
TU140219 other downstream 229767 21056598 ~ 21058849 (-) True G121421
TU139978 other downstream 660916 20626557 ~ 20627700 (-) True G121208
TU139931 other downstream 788029 20498896 ~ 20500587 (-) True G121188
TU139863 other downstream 822827 20462682 ~ 20465789 (-) True LOC110509624
TU139782 other downstream 1076249 20211068 ~ 20212367 (-) True G121046
TU140595 other upstream 116006 21462693 ~ 21463030 (-) True G121738
TU140631 other upstream 143580 21490267 ~ 21547037 (-) False G121756
TU141778 other upstream 449820 21796507 ~ 21812432 (-) True G122733
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TU141887 other upstream 679612 22026299 ~ 22027717 (-) True G122829

Expression Profile