RNA id: TU141296


Basic Information

Item Value
RNA id TU141296
length 1705
lncRNA type intronic
GC content 0.45
exon number 4
gene id G122330
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 22580504 ~ 22583666 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gtgtgacagtgtgtggttgtgtttgtgatcgtgtgtggttgtgttcgtggttgtgtgtggttgtgtttgtgtggttgtgtttgtggtcgtgtgtggttgtgtttggttgtggttgtgtttgtggttgtgtgtgtggttgtgtttgtggtcgtgtgtggttgtggtcgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtagttgtgtgtgtggttgtgtttgtggtcgtgtgtggttgtgtttgtggttgtctttgtggttgtggttgtgtgtgtggttgtgtttgtggtcgtgtgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggtcgTGTGTGGTTCTGTTTGTGGTTGtctttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtagtCGTGTGTGGTTATGTTTGTGGTCGTGTTTGTGATTGTGTGTGGTTGAGTGTTTGgttgtgtgtttggttgtgtttgtggttgtgtgtgtggttgttgttgtgtgtgtggttgtgtgtgtggtcatgtgtgtttgtgtttctggtTGTGTTTGGttgggtgtgtggttgtgtgtagttgtggttgtggtcatgtgtggttgtgtttggttgtgtttgtggttgttgttgtgtgtgtgtctgtgcttgtgtgtcattgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggtcgtgtgtggttgtgtttgtgtggttgtgtttgtggtcgtgtgtggttgtgtttggttgtgattttgtttgtggttgtgtgtgtggttgtggttgtggtcgtgtgtggttgtgtttgtggttgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtagttgtgtgtgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgcggttgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtggtcgTGTGTGGTTCTGTTTGTGGTTGtctttgtggttgtgtgtggctgtgtttgtggTCGTGTGTGGTTAtgtttgtggttgtgtttgtgattgtgtgtggttgagtgtttggttgtgtttgtggttgtgtgtttggttgtttgtggttgtgtgtgtggtcgttgttgtgtgtgtggttgtgtgtgtggtcatgtgtGGTTGTGTTTCTGGTTGTGTTTGGttgggtgtgtggttgtgtgtagttgtggttgtggtcatgtgtggttgtgtttggttgtatttgtggttttgtgtgtggttgttgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtggttgtctttgtggttgtgtttgtggttgtcTTTGTGGTTGTGGTCAAGTGTGGTTGTGGTGAAGTGTGGCGGTGTTTGTGGTTGtctttgtggttgtgtgtgtggtggtgtttgtggttgtgtgtggttgtgtttgtctttgtgattgtgtgtggttgtgtttgtggttgtgtttgtctttgtgattgtgtgtggttgtgtttctgGTTGTGTtt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU141290 lncRNA upstream 2453 22574117 ~ 22578051 (+) True G122325
TU141217 lncRNA upstream 149140 22429810 ~ 22431364 (+) False G122256
TU141216 lncRNA upstream 149140 22430447 ~ 22431364 (+) True G122256
TU141198 lncRNA upstream 168096 22411861 ~ 22412408 (+) True G122242
TU141180 lncRNA upstream 205854 22373992 ~ 22374650 (+) True G122225
TU141308 lncRNA downstream 32766 22616432 ~ 22620371 (+) True G122340
TU141322 lncRNA downstream 47662 22631328 ~ 22631883 (+) True G122350
TU141388 lncRNA downstream 144716 22728382 ~ 22728884 (+) True G122415
TU141424 lncRNA downstream 207822 22791488 ~ 22791841 (+) True G122449
TU141425 lncRNA downstream 208436 22792102 ~ 22792349 (+) True G122450
XM_021624473.2 mRNA upstream 36100 22496121 ~ 22544404 (+) False LOC110537974
XM_036942454.1 mRNA upstream 36100 22529959 ~ 22544404 (+) False LOC110537974
XM_021624466.2 mRNA upstream 36100 22534035 ~ 22544404 (+) True LOC110537974
XM_036961789.1 mRNA upstream 188325 22390731 ~ 22392179 (+) True LOC118944072
XM_021624444.2 mRNA upstream 195747 22381333 ~ 22384757 (+) True LOC110537956
XM_021625029.2 mRNA downstream 271073 22854739 ~ 22856678 (+) True LOC110538298
XM_021625050.2 mRNA downstream 272904 22856570 ~ 22858072 (+) True LOC110538314
XM_021624836.2 mRNA downstream 410085 22993751 ~ 22997374 (+) True LOC110538188
XM_021625038.2 mRNA downstream 472115 23055781 ~ 23069547 (+) True LOC110538306
XM_036942767.1 mRNA downstream 493680 23077346 ~ 23119231 (+) False kcnn4
TU141081 other upstream 230568 22348583 ~ 22349936 (+) True apoc4
TU141079 other upstream 233889 22342527 ~ 22346615 (+) False LOC110537939
TU141080 other upstream 233999 22342527 ~ 22346505 (+) True LOC110537939
TU140958 other upstream 561689 22016662 ~ 22018815 (+) False G122030
TU140829 other upstream 755410 21821214 ~ 21825094 (+) True LOC110537735
TU141439 other downstream 227101 22810767 ~ 22811263 (+) True G122459
TU143220 other downstream 1241027 23824693 ~ 23825502 (+) True G123980
TU143245 other downstream 1278251 23861917 ~ 23881636 (+) False LOC110538497
TU143247 other downstream 1278251 23861917 ~ 23881636 (+) True LOC110538497
TU143372 other downstream 1563195 24146861 ~ 24148593 (+) True G124121

Expression Profile