RNA id: TCONS_00029981


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029981
length 4606
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_014187
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 35373533 ~ 35379985 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aattcacctgtaccatgtctAACTGTGGGagcaactggagcacccagaggaaacccatgcaaaaggCTCCTCAAAATAGTCCAAAATTGccataataataaatgaacaaaaaaagagTCAAACGTGCCACAAAGgagaaatgtttattttcatattgTTTTAAACACTCACAGCCAGTGCAGTTATCGTTGTGTGGATGTACAAAAACAATGCCAGATTTACCAAACCTTCTCTTCAGCATATTGCTTAAGTAACTGAATGAACACTCATTTCACCAGAACCAGTTTACAGTCAAATTATCAAGTAGTTTTCATGAAcctaaaaatataaaagcatttttacacaatcaacccccccccccccccccccaaaaaaaagcaAATGATGTGACCAAAAGtctctttttttgtgtgattACAAGACAAAGCTAATCCATCATTACATGTAAAAACTGAAATTTCTCTCTGCAGCCGAATATTATAATGAATTTCAGAAAGCAGAGCATGTTAAGAATGCAAAaccaaaaaatgtcaataattcaTTACAACCaaaattaaataagcaaaattCCCAGAGAAGCTGAATGTCAAAGAAAAAAGGACGGGAGTGCATAAATATAAGCCTACAATGATAAATAGAGGGATAAAGTGCAGGAGTGCTCATCCATCCAATCAAAACATCCATCCAGCGGGTCCAAATAAAATTACAACTGCGCAAAACAAACCCAAAAATGATTCTGTGTGcttaagaaagagaaaaaaagtaggccaaaaatcataataacataacaataacaacaacagacATGCATGTGAATGGCAGTTCCATCCTCGATACTATTATACAGTTTAATAGccagcaataaaatcaacactggtaaacatccacacatacatccATACGTACATCTCTCATTTCTCAGCTCAAGAGGGCACAAACAGTGTTGTCAGTGAGTCACAGACAGTGTAAGGGATCTGAGTGCATGTGCTGTGTCTGTAAGGCAGGCAGTCAGTGATTCAAGTCAAACTGTCTGCTAGTGAAGGTCCCATCAGTCTCCCATTGCACTGACCTCACTCtgtagggcttttcacacttacGGAATGCGTTAATCGTCATTTACTGATGATTATAAAGAGTTTCTTTTGTCTGCTGAACACAACGAAAAATATTCTGAAGattgttggaaaccggtaactattgacattcatagtaggaacacAAAtgactatggaagtgaatggttacaggtttccaacattcttcaaaatatcttctttttggaaaaaacttaaacaggtttgaaataactcaagggtgagtaaatagtcacttttgggtgaaattttactttaaattttatGAGGGACAACCAAATTTAATGGGTGAAAATGTCGTTATGATTTGCGATGTCTGGCACAGAGCAGTCTTTTGGCTTCTTggatgatttatatattttttatctttgatAGTGATATAAGATCAACTTAACATAACTTGTAGATTTGAGCTAAATGAGTGTTTTGAAGGCTGATTCAATAGTGTGCTTTTGAAAGGTTGCCATGTCCACTTAAAACAGGAGTGtacaaacttggtcctggagggccggtgtcatgcaaagtttagctccaacttccttcaacacagtTGCTTGCGAGATTCTAGTATACCtaaaaaagagcttgattagctggttcaggtgtttgattggggttagaactaaaatatgcaggacaccggccatccaggaccgagtttggacgcCCCTGACTTAAAATAAGGATGCTTAAAATGTGTCTTTgagcttaaaggcacagttcacccataTATGactattctgtcatcatttactgacccttgacttgttccaaacatatctgtttttcttctgttgaacacaaaagaagctattttgaagaatgttggaaacctgtaaccattgacttccatagtatctgtttttcttacaatggaagtcaacagttacaggtttccaacaatcttcaaaatagcttcttttggGAAACAACTCAGAAATATTTGGAACAACTTCAACAAGTTAAGGGtgcgtaaatgatgacagaaccttaatttttgggtaaactatcccttaaattTCAGGAGTGACAACCAAGTTTAAAGGTTAAAAATGTCCTTATGAATTGCGATGACTGGAACAGAGCAGTCTTTTGGCTTCTTGCATGATTTATATTCTGATAGTGATATAACAGAGACCTAATATAATAACTTGAGAGTTGTAGATTTGAgctaaataaatgtttggaaGGCTGCTTCAAGTGCGCTCCCGAAAGGTTGCCATGTCCACTTAAAATAAGAATGCTTATAAAGTGTCTttgagcttaaagggatagttcacccaaaaatgacaactCTGTCATCATATACTCACccttaacttgttccaaacctatcgAAGTGTAtcgactttcttctgttgaatactaaagaagatattttgaggaaagctgaaaacctgtaaccattaacttccatatatctgtttttctactatgggtgtcaatggttacaggttttcagctttcttcagaatgattccttttgtgttcaacagaggaaactcGTAAAGGTTTAAAGCCATTTGAGGGTGGATAAATATTCATTTTGGGTTAATTTAACTGATCCAGCTTCTGGATTTAATAAAGTAGACAGCTGCAGGTTGCAACATTTTAGTATATAGCTTATTTGTTTGTAGTTTAAGTGTTTGGGTTTATTATGAGCTTATTATGTTTGTTATGGCCTTGTccttaaatgctgtttttattatttgtcacAAGATCTGGCAACACTACATTCTAAAAATGAAGGGATGTTTTAATGAGAAAACCCAGCTGTTGggttaaaatatcatttaaaccTTTGAGCCAGTAGTTGGGCTTGTTTGTTCTGTACTGCAGTCAGTttggttgttcatttattcattcattttccctcgacttagtcccttatttatctggggtcgccacagcagaatgaaccgccaactgttccagcatatgttttacgcagcagatgccaaacagccgcaacccagtactggaaaacacccaaacactctcacaatcacacacccactcatacactacggccaatttagttcattcaatttacctatagtgcatgtctttggacttgtggaggaaaccggagcaacctTAGGAaacccacggggagaacatgcaaactccacacagaaacgccaactggcccagacgggattcaaaccagcaacctgatcactgagccactgtgctgcctaaaTATGGTTGTCACTCCTGTAAGTTACTGTACCTTGTGTGAGCAGAACAGGATTAAGCCCTACGTGACGCAACTGAATTTATCTCTAGTGGGTAGTTTATCTGGGGTTAACACTTAATCCTGGATATTCACACCTGGGTTAACAcacttatttgcatatttgctgTGTCAGTGATTGGACGAATGCAGCACGTGATCCGAGAGGTTTTTCCTGAATGGACTTGAATGAACTACAAAAGGTAAGAGTGATGAAACAGTCTTTTCTACACTTCAGCTGATGCTTTTCTCTTGAACTTGTGAACACTGAATTGATTATTGGTTTATAGTTATTTTGTGACTCCCTAAAGCactgtttcccaaccctgttcctggaggcacatcGACAGTaaattaacttcaggttttggagtctcttcttatgttctgatgagttCATTCAGGGGTTTTTGATTatggagaggttgaaaatgtgtactgttggtgtgccttcaggaacagggttgggaaacactgctgtaaAGCATGTGAATGACTGTTGTTTGCTATCTAGCTGTAAATTCGACACGTTTTATACTGTAATGCAGGGTTAACAGTGCAAAAAGTTGTGCTAGAACAAACCCTGCTTCTCGAATACCCGTCCAGTTTCATTAGCCTGTGGTAAAACTCTACATTTTGAATGATAAAGTCCGTGTGAAAAGCCCTCATACTGATCtgaagtgtgtgttttctgcaagtgtatctgtctgcggCGTAACATGAAGGGGGGTCACTTGTAGTAAGTTAGAGAGGTGTAACTTGCAGTTATCGAGATATCATTAAACAATGCGAGAAGTCACAATGAGATGTTGTTGGAAAGATGACAGAAAAACTCACCAGAGAAcattttcagcaaatgttttgATGAGTTTTCACCAAGTTTATCCACAACCTActcatttgatttattattatattcatttatttagtaacCCCACCATGCAATTCGCTGACTTTATctgttttgtcatgacagttCGTCTACTCGGTGTCGccccctgtggttgcaaataacagtacaatggcgAGCACGTCAAGCATGAAAGCCTCTGCAACTCACAGATgtacgttaataactgtgatggttgggttcagggttggggaaggtgtagacattaataactgatggttgggttcagggttggggaAAGTGTAAACGcaaataactgtgatggttgggttaagggttgggggaGGTGTAGATGTTATgaatgatgatggttgggtttaggtgtgaaGTATGTGTAAgtgtagacgttaaaaacgatgatggttg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00028236 lncRNA upstream 3696 35368602 ~ 35369837 (+) True XLOC_014186
TCONS_00029980 lncRNA upstream 9943 35361480 ~ 35363590 (+) True XLOC_014185
TCONS_00029979 lncRNA upstream 458734 34887575 ~ 34914799 (+) True XLOC_014181
TCONS_00029978 lncRNA upstream 621756 34749038 ~ 34751777 (+) True XLOC_014180
TCONS_00029977 lncRNA upstream 635168 34701677 ~ 34738365 (+) True XLOC_014178
TCONS_00029999 lncRNA downstream 342511 35720977 ~ 35723375 (+) True XLOC_014188
TCONS_00030001 lncRNA downstream 484743 35863209 ~ 35934775 (+) False XLOC_014191
TCONS_00030000 lncRNA downstream 484743 35863209 ~ 35934775 (+) False XLOC_014191
TCONS_00030002 lncRNA downstream 484743 35863209 ~ 36018954 (+) False XLOC_014191
TCONS_00029727 lncRNA downstream 484805 35863271 ~ 35934328 (+) False XLOC_014191
TCONS_00028234 mRNA upstream 356486 35013129 ~ 35017047 (+) False XLOC_014184
TCONS_00028235 mRNA upstream 357238 35013212 ~ 35016295 (+) True XLOC_014184
TCONS_00028233 mRNA upstream 368586 35002479 ~ 35004947 (+) True XLOC_014183
TCONS_00028231 mRNA upstream 415348 34950200 ~ 34958185 (+) False XLOC_014182
TCONS_00028232 mRNA upstream 415645 34952582 ~ 34957888 (+) True XLOC_014182
TCONS_00028238 mRNA downstream 420918 35799384 ~ 35852390 (+) True XLOC_014190
TCONS_00028244 mRNA downstream 1740081 37118547 ~ 37119891 (+) True XLOC_014198
TCONS_00028245 mRNA downstream 1742025 37120491 ~ 37134211 (+) True XLOC_014199
TCONS_00028246 mRNA downstream 1757234 37135700 ~ 37139452 (+) True XLOC_014200
TCONS_00028247 mRNA downstream 2080144 37458610 ~ 37492517 (+) True XLOC_014201
TCONS_00028229 other upstream 626800 34742706 ~ 34746733 (+) False XLOC_014179
TCONS_00028225 other upstream 1166253 34207162 ~ 34207280 (+) True XLOC_014173
TCONS_00028221 other upstream 1237838 34135607 ~ 34135695 (+) True XLOC_014171
TCONS_00028217 other upstream 1607808 33732162 ~ 33765725 (+) False XLOC_014168
TCONS_00028194 other upstream 2554959 32814320 ~ 32818574 (+) True XLOC_014160
TCONS_00028237 other downstream 400376 35778842 ~ 35778957 (+) True XLOC_014189
TCONS_00028239 other downstream 824612 36203078 ~ 36203195 (+) True XLOC_014193
TCONS_00028240 other downstream 864325 36242791 ~ 36242908 (+) True XLOC_014194
TCONS_00028243 other downstream 1301625 36680091 ~ 36680207 (+) True XLOC_014197
TCONS_00028250 other downstream 2291194 37669660 ~ 37669774 (+) True XLOC_014206

Expression Profile

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