RNA id: TCONS_00030006


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00030006
length 925
lncRNA type intronic
GC content 0.43
exon number 1
gene id XLOC_014195
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 36578914 ~ 36579838 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTCACCAATCCACTTAAGAGAGTTACGACTGCGCTACACGTGTGCTTTTAGAGGACAACACAGAGCGGCGTTCTTTCACAGAGGGCACGACCACACTCTCTCTGATTCAGCGAAAATATCGATTAGAAAAGCAGGGGGTCTCTTTAACAAGTCCACTCCCTCCtgcagagatgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgcgagaAGAGTGCTGAAACGGCTCTTTCATGTAAGCCCCTGTTAAACTCTCTCATGGAGGATATGATCTCAGTCCTGTCAGGGAGGTGAGAAGGAATGGAAGCTGAATTACGATGAGGTATGGAGCTTGATGAGAAatagagcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcttctgtgCGCAGGTGTTGAGTGTATATCACTGTGAAATGTGTGTTGTTCGTGTGTGTGTTCGCAGGATTTAAAGCGTGAGCCTGTTCTTTTTACCAGCTCCGGGTGGAGAACACCAGCAAGTACATTCATCATAGTGATGCGTTTTAGTTAAGTGGTCCATTCACAGTGACTTTCAGAATAATGCTATTAATTAGTGGTGTGTCTTGCTAAACATTAAATTACGTGGATTTGCTTGGCTGTGAACCAAAGGAGGAAAAAACAGGCCACTATATTCCTCCCAAAACACCTTTCTCGACACAAACCCTTGCTTAGCTCTGCAGTGTTTCTGCTTTATTCCCAGGGAAGCTGTAATAATGGTCATTGTAAAGTGAGTTTGCTGATTAAACACTGGCGTTAGTGGCGATGCTGATTAAAGCTGATTAAAGGTTCTGCTGTTTAATGTGAAAAATCTCCAAGCAAAACTTGAGAATTATTCAAAGGTTGCTTAAATCACTGGTTTGTAACAGACTCATAAGTAATGGAGCCAAGTTGCAAGCAgtagaaaatgaattaaaaaaaatgaccatAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030005 lncRNA upstream 463073 36110942 ~ 36115841 (+) True XLOC_014192
TCONS_00030002 lncRNA upstream 559960 35863209 ~ 36018954 (+) False XLOC_014191
TCONS_00030004 lncRNA upstream 597623 35975603 ~ 35981291 (+) True XLOC_014191
TCONS_00030001 lncRNA upstream 644139 35863209 ~ 35934775 (+) False XLOC_014191
TCONS_00030000 lncRNA upstream 644139 35863209 ~ 35934775 (+) False XLOC_014191
TCONS_00030007 lncRNA downstream 45291 36625129 ~ 36627634 (+) False XLOC_014196
TCONS_00028241 lncRNA downstream 45437 36625275 ~ 36627634 (+) False XLOC_014196
TCONS_00028242 lncRNA downstream 45848 36625686 ~ 36627634 (+) True XLOC_014196
TCONS_00030008 lncRNA downstream 914481 37494319 ~ 37498679 (+) True XLOC_014202
TCONS_00030009 lncRNA downstream 989823 37569661 ~ 37570676 (+) True XLOC_014204
TCONS_00028238 mRNA upstream 726524 35799384 ~ 35852390 (+) True XLOC_014190
TCONS_00028234 mRNA upstream 1561867 35013129 ~ 35017047 (+) False XLOC_014184
TCONS_00028235 mRNA upstream 1562619 35013212 ~ 35016295 (+) True XLOC_014184
TCONS_00028233 mRNA upstream 1573967 35002479 ~ 35004947 (+) True XLOC_014183
TCONS_00028232 mRNA upstream 1621026 34952582 ~ 34957888 (+) True XLOC_014182
TCONS_00028244 mRNA downstream 538709 37118547 ~ 37119891 (+) True XLOC_014198
TCONS_00028245 mRNA downstream 540653 37120491 ~ 37134211 (+) True XLOC_014199
TCONS_00028246 mRNA downstream 555862 37135700 ~ 37139452 (+) True XLOC_014200
TCONS_00028247 mRNA downstream 878772 37458610 ~ 37492517 (+) True XLOC_014201
TCONS_00028248 mRNA downstream 929800 37509638 ~ 37519610 (+) True XLOC_014203
TCONS_00028240 other upstream 336006 36242791 ~ 36242908 (+) True XLOC_014194
TCONS_00028239 other upstream 375719 36203078 ~ 36203195 (+) True XLOC_014193
TCONS_00028237 other upstream 799957 35778842 ~ 35778957 (+) True XLOC_014189
TCONS_00028229 other upstream 1832181 34742706 ~ 34746733 (+) False XLOC_014179
TCONS_00028225 other upstream 2371634 34207162 ~ 34207280 (+) True XLOC_014173
TCONS_00028243 other downstream 100253 36680091 ~ 36680207 (+) True XLOC_014197
TCONS_00028250 other downstream 1089822 37669660 ~ 37669774 (+) True XLOC_014206
TCONS_00028259 other downstream 1676438 38256276 ~ 38256392 (+) True XLOC_014211
TCONS_00028260 other downstream 1842221 38422059 ~ 38426683 (+) False XLOC_014213
TCONS_00028262 other downstream 1884293 38464131 ~ 38466651 (+) True XLOC_014213

Expression Profile

//