RNA id: TCONS_00030030


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00030030
length 471
lncRNA type inter_gene
GC content 0.48
exon number 2
gene id XLOC_014244
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 41233808 ~ 41238528 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGCCGGTCACACAGATTGGGACCTTCTAAAATTACTCAGGTGGACTTCTTGCCCAGAGAAGTGGTTTCCTACTGTAAAGAGACTCAGACACCGAACGCCGCTCATCACTCTGAAGGTAGAAGCTTAGAGGAATCTGCACTTTGCACATTATGGTGTGGAGAATGCAGCGTTCAAACTGTACTGCAGTTAGGATGGTGCAAAAACTGCTGACCTTTTGGTTCACTAGCTGTGTGAGCattccctgctaaaaaaaatcctgcttaaaccagcctaagctggttggctggttttagctggttgaccaggctggatttagaggggttttggccatttccaggctggtttccagccatttccagcctggtcttagctggtcaggctggaaaaagaCCACCTAAAACCAACTAATACTAGCTTGAtcagtctggtttaagctggacacagctggttttggctggccTCCCAGACTG

Function

GO:

id name namespace
GO:0048871 multicellular organismal homeostasis biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030029 lncRNA upstream 42289 41187812 ~ 41191519 (+) True XLOC_014243
TCONS_00030028 lncRNA upstream 496824 40692428 ~ 40736984 (+) True XLOC_014234
TCONS_00028294 lncRNA upstream 893179 40337564 ~ 40340629 (+) True XLOC_014231
TCONS_00030027 lncRNA upstream 900714 40328712 ~ 40333094 (+) False XLOC_014230
TCONS_00030026 lncRNA upstream 900714 40328712 ~ 40333094 (+) True XLOC_014230
TCONS_00030031 lncRNA downstream 599223 41837751 ~ 41841201 (+) False XLOC_014252
TCONS_00030032 lncRNA downstream 599543 41838071 ~ 41841201 (+) True XLOC_014252
TCONS_00030033 lncRNA downstream 889395 42127923 ~ 42140654 (+) True XLOC_014255
TCONS_00028338 lncRNA downstream 992133 42230661 ~ 42231640 (+) False XLOC_014259
TCONS_00028346 lncRNA downstream 1267446 42505974 ~ 42516134 (+) False XLOC_014264
TCONS_00028310 mRNA upstream 51557 41169996 ~ 41182251 (+) False XLOC_014242
TCONS_00028311 mRNA upstream 55573 41173386 ~ 41178235 (+) True XLOC_014242
TCONS_00028307 mRNA upstream 72865 41075488 ~ 41160943 (+) False XLOC_014241
TCONS_00028309 mRNA upstream 91633 41132429 ~ 41142175 (+) True XLOC_014241
TCONS_00028308 mRNA upstream 104435 41080240 ~ 41129373 (+) False XLOC_014241
TCONS_00028312 mRNA downstream 180991 41419519 ~ 41466867 (+) False XLOC_014245
TCONS_00028313 mRNA downstream 180991 41419519 ~ 41466924 (+) False XLOC_014245
TCONS_00028314 mRNA downstream 226342 41464870 ~ 41467041 (+) True XLOC_014245
TCONS_00028315 mRNA downstream 241462 41479990 ~ 41499645 (+) True XLOC_014246
TCONS_00028316 mRNA downstream 271428 41509956 ~ 41513809 (+) False XLOC_014247
TCONS_00028303 other upstream 275192 40958500 ~ 40958616 (+) True XLOC_014238
TCONS_00028293 other upstream 889071 40337554 ~ 40344737 (+) False XLOC_014231
TCONS_00028276 other upstream 1107044 40116262 ~ 40126764 (+) False XLOC_014226
TCONS_00028268 other upstream 1178417 40025928 ~ 40055391 (+) False XLOC_014223
TCONS_00028266 other upstream 1358861 39874831 ~ 39874947 (+) True XLOC_014221
TCONS_00028333 other downstream 950462 42188990 ~ 42189104 (+) True XLOC_014257
TCONS_00028342 other downstream 1098789 42337317 ~ 42337431 (+) True XLOC_014261
TCONS_00028353 other downstream 1494160 42732688 ~ 42735285 (+) False XLOC_014270
TCONS_00028365 other downstream 1676891 42915419 ~ 42915541 (+) True XLOC_014274
TCONS_00028379 other downstream 1839216 43077744 ~ 43077879 (+) True XLOC_014279

Expression Profile

//