RNA id: TU176965


Basic Information

Item Value
RNA id TU176965
length 2487
lncRNA type intronic
GC content 0.51
exon number 3
gene id G154702
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 50844726 ~ 50853090 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tccatgctagatagggctgttgtgtaCTGATCCATGCTAGTTAGGGCTGTTGTGTACTGATCCATGCTAGTTAGGGCTGTTGTGTACTGATCCATGcttagggctgtgttgtgtgctgctacatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctacatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatatggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgtgtaCTGCTCCGTGCTAGATATGGCTGTTgggtactgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgctgtgtgctgctccatgctatatagggctgtgttgtgtgcttcTACATGCTAGATAGGATTGTTGTGttctgctccatgctagatagtgctgtgttgtgtactgctccatgcttacgcctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctttGTTGTGTACTGCGCCATGCTAGATagtgctgtgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctttgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgttctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtgctgcgccatgctagatagggcttttgtgtactgctccatgctagatagggttgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttggtactgctccatgctttgggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgTTGTGTTCTGCTCCATGcttagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttggtactgctccatgctagatagggccgtgttgtgtactgctccatgcgacatagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtgctgctccatgcttagggatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgtgtactgatccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttTTTTACTGCTCCATGCTTatggctgtgttgtgtgctgctacatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctttgggctgtgttgtgtgctgctccatactagatagggctgttgtgtgctgctcccTGCTAGATAGTGctgttgtgtactgctccatgctagatagggctatgttggtactgctccatgctagatagggctgttgcTGTGTGCTGCTCTATGCTATATAGGGCTGTGTTGtatactgctccatgctagatagtgctgtgttgtgtactgctccatgcttaGGGCTGTGTTGcgtactgctccatgctagatagggctttGTTGTGTACTGCGCCATGCTAGATAGTtctgtgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctttgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctttgggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgTTGTGTTCTGCTCCATGCTTAGGGCTGTttttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctacatagggctgtgttgtgtactgctccatgctagattgggctgtgttgtgtgctgctccatgctagataggtcTGTTGTGTACTgttccatgctagatagggctgttgagtactgctccatgctagatagagctgttgtgtgctgctccatgctagattgggctgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctacatagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggc

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU176912 lncRNA upstream 6166 50837797 ~ 50838560 (+) True G154655
TU176942 lncRNA upstream 43097 50801276 ~ 50801629 (+) True G154684
TU176937 lncRNA upstream 57773 50786357 ~ 50786953 (+) True G154679
TU176920 lncRNA upstream 61156 50733489 ~ 50783570 (+) True G154663
TU176978 lncRNA downstream 20996 50874086 ~ 50874616 (+) True G154715
TU176906 lncRNA downstream 27299 50880389 ~ 50884055 (+) True LOC110491126
TU177007 lncRNA downstream 124483 50977573 ~ 50979292 (+) True G154740
TU177070 lncRNA downstream 131044 50984134 ~ 50984935 (+) True G154776
TU177090 lncRNA downstream 165550 51018640 ~ 51018990 (+) True G154796
XR_002468779.2 mRNA upstream 155579 50678814 ~ 50689147 (+) True LOC110491108
XM_021564453.2 mRNA upstream 264510 50575416 ~ 50580216 (+) True zgc:56585
XM_021564446.2 mRNA upstream 265063 50575416 ~ 50579663 (+) False zgc:56585
XM_036950046.1 mRNA upstream 374601 50460347 ~ 50470125 (+) False LOC110515922
XM_021564551.2 mRNA downstream 107041 50960131 ~ 50971362 (+) False LOC110491193
XM_021564543.2 mRNA downstream 108036 50961126 ~ 50971362 (+) False LOC110491193
XM_036950173.1 mRNA downstream 108896 50961986 ~ 50972173 (+) True LOC110491193
XM_021564562.2 mRNA downstream 129868 50982958 ~ 51008552 (+) False sat2b
XM_036950213.1 mRNA downstream 129868 50982958 ~ 51008552 (+) False sat2b
TU176287 other upstream 744252 50098416 ~ 50100474 (+) True LOC110491026
TU174225 other upstream 2287040 48556782 ~ 48557686 (+) True G152167
TU172952 other upstream 3297147 47497948 ~ 47547579 (+) True G150997
TU172245 other upstream 3859500 46981719 ~ 46985226 (+) True uevld
TU169948 other upstream 5352347 45472745 ~ 45492379 (+) True G148191
TU177155 other downstream 312325 51165415 ~ 51167174 (+) True G154859
TU177860 other downstream 468706 51321796 ~ 51322433 (+) True LOC110501653
TU177846 other downstream 559176 51412266 ~ 51417118 (+) True rl28
TU177903 other downstream 567757 51420847 ~ 51421122 (+) True G155541
TU178397 other downstream 963420 51816510 ~ 51824182 (+) False G156000

Expression Profile