RNA id: TU190513


Basic Information

Item Value
RNA id TU190513
length 5698
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id G167229
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 61119735 ~ 61126534 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tttgtatttttattttttatttacagatagccaggggcacactacaacacaatttacaaattaagcatttgtgtttagtgagtccgccagatcggacggaggcaatagggatgaccagggacggtCTCTTGATaaggtgcgtgaattggaccatttcctgtgctgctaagcattcaaaatgtaatgagtacctTTGAGTGTTAAGAAAAATGTAtggtgtaaaaagtacattgttttctttaggaatgtagtggagtaaaggTTCTCAACAATATACATAGTAAAGCACAGATACcgcaaaaaacgacttaagtaggaTGCTACTTTAacgtatttttacttaagtagacTACTTTACAAGACTGTGCGCAAACAAATGTCCGGTGCCAAAGGATGACCAGACCTATTTCGAAAATAAActaggggctctattcaatctgtatcgtgGAAATTCATCGTTACATTGTGATGGAAATGTAATAAAAGCAATGTTCTCTCGTTAATGGAGACTGCATTCATAGTTAACGCTGCAGAGCCGACCGCTCAATAGGACATTTCTTtaaatgTCTTATACGGGATGGAATAGAGCCCTTGGTCTATGCGTATCTTGTCAACATTGACAAAGTTTAGCCACATGGTTGATACAGTGTTTATTGTGGTTGCCTGGCCAACTTAATTGCCCATAACAAGACAATATAAAATAGACAATCAAATTAGAATAGTCCACagataaaaataaagaaaataatatcCTAATTACTAATTGTTTACAAGTCAGGTAAATTATTGAACTGAGTACAGAGAACACTGCCAAACAATAAGCCACCACATTTCTAGGCTTAGGCTACTCAAATGTATGTTAAATAAATATGCATACTCAGTTATACGAAAATAGTCATACCTTTACTACTGTCAACAATATAGTTTACATTCAGTATTTTATAAACACAAAAAACCACGAGACTTCATGAAACATATATAATAATGCAAAGTAAACGCAAATGcttaatataataatatactgGGAATCTATGAAAAACCATCACATCTTCAACTTTATTTTTTCCAGAGTAAATAGTCTGGATTTATTTTCTTGCTGGTCATAAAGAAAGTGAAATATACTTATTTTAACAGTTGTTTTCAAATAGCCATGGTTTAAAATACAGTACAACATTATACAGTAAGGTCGTTCCAccaattaggtgccttttgaatAGTTAAACACGCTGGggataaaaacattttatttcacaAAATTGTAACATTCTGTCacaaagagcacatgttcaacttaacaaaaaaacaaaatgttcCCATCTGAAGAGGTAAAAAAAGAAATGACTACAGTAATTGCatgcctattaagtgccaaataaagtaacaaggTTGACAACTTAAAGCAGACatgaatccccttgtgacagtGGGAATAGAAGCTTGGTGTGTGCAACAAGGAgaggcaattgaatgcaagcttcactaAAAACATCGAAATTGTTAAAAtaatttctagcctgtctatgggCAACATCTTATGCTTTACCCACTCAGttctccaccacaaaacaccagaaattgacaaaaaaaatagtAGAACGAGCTCACCTGATTTGACTGTTCAAAGTTTAATGTCTcttttgaaaaaaaatatattttaaaaggaatagtttcagCATACTAAAATAGTGTTCAGTttacataacagggttgaccttaaaatgagggacagggtTTTTCTTAACCTTAAAATGTATCACTaataatattaaataaataaataatcttcagaaattacttggtcaaagcaacaaaataactagggctttacaatgatgatgaAATCCTGGAGAAATGTTGGGGTTAAGAAGAGGGTTAACATTTTCCTTGAGGTCACAGAGGATGCACAGAGAGGGATGTCAAAATGCTGActtttggcactttagcaagttTTTTATTCTTAttaaaaatcaaatgtattgaaatcCAATGTGATCTATATTCAATGGCACTTCATTTAAGaggcttttaaaatgcaatatttgtgcacaatttctacttcaaATATCAAAGGGAAGCAAAAGGCACTAATTTCGTGGAACAACCCTGTAGTATTTTTAAATGGCAATTGTTATGACTATTTACAATGAATAATAGTTTTTAGTTGTGGCATTGAAGCACCTCCTGGGGTAAAGAAAATAGTTTTGATGCCAGCCGAAATTGTCCCCAGAATAACGCAATCAACAAATTCCTCCTCAAGTCAAtaaggtttccatccaacctttgtATGCAAGTAAAGTACGTCTGATAAGAAATGGTATGACAGGCATAATGGAAACAGAACAAGTgttggtaaactttccaaatgtctaCAAAACAAAATACAGGATCTTTTTGTTTCGGTAAAATTAATTTTGCGGGAAATGTCGGTGGAAACGCTTTTAGGCGCAAGTATCGATAACCCtcatattgaagtaaacttggtTTGTGGTGTGGACCTCCCACTACAACTcgtcgggaaagcatgcagtttattagctacatattaaataaatgatgatgaattGAACAGGGttgtgaaagtgcaaggtgatgagcttaatgctccaataaatatcgaggttATTATTCTGGTGACGTGATCATCGacgcttgactgccgtttgaaaAACAATATCGCTCTTtaatccataataatctcatcatgttaCATGAGCCCTAGCTAACCGCGCGCAGATACACCGCTATATAACCCAAGATTGGTTGTGGGAAAACCATCAGTACAGTTGAAAATGCGAAAGAAATGCATTTGACGTGTATTTCTTTATTTGGTACATGGGGATTTAACCgcaaatgttatttttatttgcTCTATGTCATCACGCACAGTCGTTTATCCGCAACAAggaatttgatggaaacacatgtGCACATTGTTtttatgttgttttgtttttatgcggattttagaatagaatattcgcatgaaaatctgttgccaattggatggaaacctagctactgataATGACAACACATGATAGTCCTTTCCAATACATATTGTAGAGTCTTATCCTAGTGATATGATGATCTATgtttggctgccatttgacaaatataaATAATCTCGCTCTTtagtccataataatctcatcatgtatatgtaacagtatagctgtTACAGAGCGcacgtgccaataccagagtgggcacattcgcGATGACGCAACATACTGTATTTCATGACccaaccatcagtagagttgaaaatgcgaagGAAACCTATTTAGCGTGGGGATTTTtttcggtacatgggaatttaaccacaCAAGTTATTtgtatgtgcactatgtcatcactcactattttttttatccacaacaagtccgTTTGGTGGAATGAAAACACACCACtagtgggaaaatgtgcatattttctttatgccgattttagaatatttgcataaaTATCCGTCTCcatttggatggaaacctagctactgacagTACTAATGTGGAAGCTATGGGAAGTTGGTAGAGACAAATATGCAAAGTAGAGGAGAACACACAGGGAGTGTAGATGCCTAATATTGTTGTCCGATGCCTGGCCAATCTCGAATGGCTATTTATATCAATTTATTAATTACATATTCCTAATCTGTGGTGATCTGAATACATTAAGTGGCAGTACAACATTaccaatgtacagttgaagtaggaagtttacatacaccttagccaaatacatgtaaactcagtttttcaccattcctgacatttaatccttgtaaaaattccctgttttaggtcagttaggatcaccactttttttatgaatgtgaaatgtcagaataatagtagagtgaattatttatttcagcttttatttctttcatcacattcccagtgggtcagacgtttacatacactcaattagtatttggtagcattgcctttaaatagtttcacttgggtcaaacgtttgggtagctttccacaagcttcccacaataagttgggtaaatgttgtccaactcctcctgacagagctggtgtaactgagtcaggtttgtaggcctcctttcgcgcacacgctttttcagttctgcccacaaattttctatgggattgaggtcagggctttgtgatggccactccaataccttgactttgttgtccttaagccattttcccacaactttggaagtatgcttgtggtcattgtccatttggaagacccatttgcgaccaagatttgatttcctgactgatgtcttgagatgttacttcaatatatccacataaattcCCTTTCTCATgaatccatctattttgtgaagtgcaccaacctgtcttgcagcaaagcacccccacaacatgatgcttccatccccttgcttcacggttaggatggtgttcttcggcttgcaagcctccccctttttcctccaaacataacgatggtcattatgaccaaacagttcgaCTTTTgcttcatcagatcagaggacatttctccaaaagtacgacctttgtccccatgtgcatttgcaaaccgtagtctggcttttttaatggtgggtttggagcagtggcttcttccttgcggagcagcctttcaggttatgtcgatattgggctcggtttactgtggatatagatacttttgtacctgtttcctccagcatcttcacaaggttctttgctgttgttctgggattgatttgcacttttcacaccaaagtacgttcatctcttggagacagaatgcgtctccttcctgagcggtatgacggctgcgtggtcccatggtgtttatacttgcgtactattgtttgtacagatgaacgtggtaccttcaggcgtttagaaattgctcccaaggatgagacagacttatggaggtctacaatttgttttctgaggtcttggctgatttcttttgattttccagtgatgtcaagcaaagaggcactgagtttgaaggtaggccttgaaatacatccacaggtacacctccaattgacccaaataatgtcaattagcctatccggAGCTtttgaagccatgacatcattttctggaatattcccagctgtttaaaggcacagtcaatttagtgtatgtaaacttctgacccactggaattgtgatacagtgaattataagtgaaataatcggtttgtaaacaattgttggaaaaaattactcgtgtcatgcacaaagtagatgtcctaactgacttgccaaaactatagtttgttaacaagaaatttctgaagtggttgaaaaacgagtttaatgactccaacctaagtgcatgtaaacttccaacttcaactgtagttgtataaatgtgggtgtgtctgtctgtgtgatgcaTATCAGTTGTCAGACCCATTCTTCAAGAgaccacacatttttttttaaagctgccATATTTTGTTGAGTCCATAAGTCTGTAGGAACCTGTTACAAAGGGGAGCTGGAGACACGAAGGTGGACAGAAGCTTACTGTAGGAAAGGAACTGAGGGTAACCAGGGAAATATTTCTTACTCATCAAAAGAAAAGATTCACTGAAGATCCAACTTTGTAAGGTACAGTGTATTTGAGGGTTCTGTCCAAGTTGACTGTGATCAGAGATGATCACTCCTCTTCACTTGAATCCCTCTCCATGTCGCTGTGCTGCTGTCATTGGGTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU190602 lncRNA upstream 10197 61108636 ~ 61109538 (+) True G167311
TU190597 lncRNA upstream 15384 61103735 ~ 61104351 (+) True G167306
TU190532 lncRNA upstream 123377 60996153 ~ 60996358 (+) True G167245
TU190508 lncRNA upstream 144438 60974991 ~ 60975297 (+) True G167227
TU190500 lncRNA upstream 158358 60961097 ~ 60961377 (+) True G167219
TU190617 lncRNA downstream 3905 61130439 ~ 61193594 (+) True LOC110493175
TU190665 lncRNA downstream 69368 61195902 ~ 61196235 (+) True G167365
TU190625 lncRNA downstream 90124 61216658 ~ 61219639 (+) True G167326
TU190681 lncRNA downstream 104552 61231086 ~ 61231311 (+) True G167381
TU190627 lncRNA downstream 111876 61238410 ~ 61244489 (+) True G167328
XM_021567396.2 mRNA upstream 28315 60999577 ~ 61091420 (+) False LOC110493150
XM_036952286.1 mRNA upstream 28315 60999579 ~ 61091420 (+) True LOC110493150
XR_005034528.1 mRNA upstream 244298 60873225 ~ 60875437 (+) True LOC118937285
XM_021567388.2 mRNA upstream 253290 60851437 ~ 60866445 (+) False LOC110493059
XM_021567465.2 mRNA downstream 57309 61183843 ~ 61191849 (+) False LOC110493175
XR_005037411.1 mRNA downstream 131182 61257716 ~ 61259025 (+) False LOC118941124
XR_005037412.1 mRNA downstream 131185 61257719 ~ 61259025 (+) True LOC118941124
XR_005037416.1 mRNA downstream 184794 61311328 ~ 61312547 (+) False LOC118941126
XR_005037417.1 mRNA downstream 184794 61311328 ~ 61312547 (+) True LOC118941126
TU190578 other upstream 45144 61062593 ~ 61074591 (+) True G167288
TU190389 other upstream 253280 60851432 ~ 60866455 (+) False LOC110493059
TU190393 other upstream 253280 60851432 ~ 60866455 (+) True LOC110493059
TU190136 other upstream 603855 60515632 ~ 60515880 (+) True G166878
TU189317 other upstream 1166570 59945708 ~ 59953165 (+) True G166131
TU190618 other downstream 105662 61232196 ~ 61232545 (+) True G167325
TU190863 other downstream 405055 61531589 ~ 61532327 (+) True LOC110510683
TU190931 other downstream 600425 61726959 ~ 61727454 (+) True G167609
TU190972 other downstream 753236 61879770 ~ 61880424 (+) True LOC118936783
TU192528 other downstream 1658824 62785358 ~ 62785643 (+) True G169130

Expression Profile