RNA id: TCONS_00028436


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00028436
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.53
exon number 1
gene id XLOC_014316
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 45508865 ~ 45508981 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cgccacagccatatcaccctgcaacccaagaccggttactcactgaagctaagcagggctgagcctgatcAGTACCTGGACTGGAGGCCACATGGGAAAATTtgattgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000178385

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030045 lncRNA upstream 143138 45359277 ~ 45365727 (+) True XLOC_014315
TCONS_00029734 lncRNA upstream 549167 44917099 ~ 44959698 (+) False XLOC_014314
TCONS_00029733 lncRNA upstream 549167 44917099 ~ 44959698 (+) False XLOC_014314
TCONS_00029732 lncRNA upstream 549167 44917099 ~ 44959698 (+) True XLOC_014314
TCONS_00030043 lncRNA upstream 1704455 43800832 ~ 43804410 (+) False XLOC_014302
TCONS_00030046 lncRNA downstream 218233 45727214 ~ 45728062 (+) True XLOC_014317
TCONS_00030047 lncRNA downstream 582336 46091317 ~ 46093652 (+) True XLOC_014321
TCONS_00028445 lncRNA downstream 649161 46158142 ~ 46172318 (+) True XLOC_014324
TCONS_00029735 lncRNA downstream 707354 46216335 ~ 46219040 (+) False XLOC_014325
TCONS_00029736 lncRNA downstream 708128 46217109 ~ 46219040 (+) True XLOC_014325
TCONS_00028435 mRNA upstream 1461689 44039849 ~ 44047176 (+) True XLOC_014313
TCONS_00028434 mRNA upstream 1472073 44009473 ~ 44036792 (+) True XLOC_014312
TCONS_00028432 mRNA upstream 1502420 44004348 ~ 44006445 (+) True XLOC_014311
TCONS_00028431 mRNA upstream 1510804 43995936 ~ 43998061 (+) True XLOC_014310
TCONS_00028430 mRNA upstream 1519403 43987389 ~ 43989462 (+) True XLOC_014309
TCONS_00028437 mRNA downstream 335382 45844363 ~ 45963264 (+) True XLOC_014318
TCONS_00028438 mRNA downstream 453035 45962016 ~ 45967718 (+) True XLOC_014319
TCONS_00028439 mRNA downstream 461711 45970692 ~ 45980732 (+) True XLOC_014320
TCONS_00028440 mRNA downstream 586229 46095210 ~ 46100763 (+) True XLOC_014322
TCONS_00028441 mRNA downstream 604847 46113828 ~ 46122870 (+) False XLOC_014323
TCONS_00028433 other upstream 1476701 44009473 ~ 44032164 (+) False XLOC_014312
TCONS_00028411 other upstream 1843354 43665391 ~ 43665511 (+) True XLOC_014295
TCONS_00028401 other upstream 2056918 43439401 ~ 43451947 (+) False XLOC_014288
TCONS_00028380 other upstream 2427805 43080925 ~ 43081060 (+) True XLOC_014280
TCONS_00028379 other upstream 2430986 43077744 ~ 43077879 (+) True XLOC_014279
TCONS_00028450 other downstream 734639 46243620 ~ 46280931 (+) False XLOC_014327
TCONS_00028459 other downstream 1790185 47299166 ~ 47309383 (+) False XLOC_014336
TCONS_00028462 other downstream 1797642 47306623 ~ 47306738 (+) True XLOC_014337
TCONS_00028470 other downstream 2065634 47574615 ~ 47574823 (+) True XLOC_014344
TCONS_00028474 other downstream 2509025 48018006 ~ 48018346 (+) True XLOC_014351